[發明專利]染色體DNA含量的檢測方法

在審

• 申請號: 201610334755.4
• 申請日: 2016-05-18
• 公開（公告）號: CN105779637A
• 公開（公告）日: 2016-07-20
• 發明（設計）人: 陳紹宇;黎美燕;張巨永
• 申請（專利權）人: 廣州安必平醫藥科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G06F19/12
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 林青中;萬志香

1.一種染色體DNA含量的檢測方法，其特征在于，包括如下步驟：

步驟一：提取外周血血漿中的游離DNA，構建高通量測序文庫并測序基因 組部分的序列，生成DNA序列數據；

步驟二：將測序生成的所述DNA序列數據比對至人類參考基因組，將所述 DNA序列數據定位到人類基因組的對應位置上；

步驟三：將人類參考基因組劃分為預設長度的連續區間，計算各區間內參 考序列的GC含量和比對能力mapbl，計算落在各個區間中的序列數目RC_raw， 根據比對能力得到校正后的序列數目RC_mapbl＝RC_raw/mapbl；

步驟四：使用LOESS算法擬合各區間內的GC含量和對應的RC_mapbl，計算 特定GC含量時對應的序列數目RC_loess；

步驟五：計算各區間上GC校正后的序列數目RC_GC＝RC_raw*Mean/RC_loess，其 中Mean為各區間上序列數目的平均值；

步驟六：計算目標染色體i上的DNA含量NCR_i＝sumRCⁱ_GC/sumRC^chrK_GC， 其中，sumRCⁱ_GC為落在目標染色體i區間上序列數目的總和，sumRC^chrK_GC為落 在特定染色體集合chrK區間上序列數目的總和，所述特定染色體集合chrK為 計算出的人類參考基因組中染色體序列數目總和sumRC^chrK_GC的變異系數CV的 最小值對應的染色體組合。

2.如權利要求1所述的染色體DNA含量的檢測方法，其特征在于，在所 述步驟一之后，若有多個樣本同時測序時，還包括使用特定的短序列片段作為 索引序列以用于區分樣本、分拆測序數據，得到不同樣本的DNA序列數據的步 驟。

3.如權利要求1所述的染色體DNA含量的檢測方法，其特征在于，在所 述步驟一之后，還包括在所述DNA序列數據中去除測序接頭以及低質量序列的 步驟，所述低質量序列為N值或者測序Q值小于13的堿基比例不小于10％的 測序序列。

4.如權利要求1所述的染色體DNA含量的檢測方法，其特征在于，所述 人類參考基因組為hg19基因組。

5.如權利要求1所述的染色體DNA含量的檢測方法，其特征在于，在所 述步驟二之后，還包括去除測序中起始位置一樣的序列的步驟。

6.如權利要求1所述的染色體DNA含量的檢測方法，其特征在于，在所 述步驟三中，所述預設長度為50kb。

7.如權利要求1所述的染色體DNA含量的檢測方法，其特征在于，在所 述步驟三中，還包括去除比對能力弱的區間的步驟，然后計算落在各個剩余區 間中的序列數目RC_raw。

8.如權利要求1所述的染色體DNA含量的檢測方法，其特征在于，當所 述目標染色體i為13號染色體時，所述染色體集合chrK包括12號染色體、14 號染色體、2號染色體、22號染色體及3號染色體，或者所述染色體集合chrK 包括14號染色體、17號染色體、2號染色體及3號染色體；

當所述目標染色體i為18號染色體時，所述染色體集合chrK包括12號染 色體、19號染色體、20號染色體、3號染色體及8號染色體，或者所述染色體 集合chrK包括11號染色體、12號染色體、15號染色體、19號染色體及8號染 色體；

當所述目標染色體i為21號染色體時，所述染色體集合chrK包括19號染 色體及6號染色體，或者所述染色體集合chrK包括19號染色體、22號染色體、 4號染色體及6號染色體；

當所述目標染色體i為Y染色體時，所述染色體集合chrK只包括14號染 色體，或者所述染色體集合chrK只包括19號染色體。