[發明專利]胃癌環狀RNA的處理方法

在審

• 申請號: 201610329156.3
• 申請日: 2016-05-17
• 公開（公告）號: CN107384909A
• 公開（公告）日: 2017-11-24
• 發明（設計）人: 眭維國;戴勇;史舟芳;薛雯
• 申請（專利權）人: 眭維國;戴勇;史舟芳;薛雯
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12Q1/68
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司44224
• 代理人: 何平

技術領域

本發明涉及一種獲取作為中間結果的胃癌基因信息，特別是涉及一種胃癌環狀RNA的處理方法。

背景技術

胃癌(Gastric cancer，GC)是一種發生于消化道中胃粘膜上皮的惡性腫瘤。據有關報道表明，全世界有超過100萬的胃癌患者，其中每年死于胃癌的病人高達700,000人。胃癌已成為全球第四大常見癌癥，并且位居癌癥死亡病因的第二位。由于胃癌具有高發病率、無明顯的臨床癥狀、侵襲轉移特征以及其低治愈率等特征，使其成為目前臨床面臨的主要疾病之一。近20年來，胃癌發病率呈現不斷上升的趨勢，而我國胃癌的發病率及其死亡率都處于全世界較高的水平。胃癌不但嚴重危害著人體健康，還給家庭、國家、社會帶來嚴重負擔，阻礙社會經濟發展，它已成為一個需要迫切解決的社會公共衛生問題。

目前，治療胃癌的主要手段是手術切除。早期胃癌患者手術切除病灶后5年生存率可達90％以上，是理想的治療手段，但多數患者在確證為胃癌時已屬于進展期。造成胃癌死亡率居高不下的主要原因是其早期癥狀多缺乏特異性，處于I期時的檢出率僅占10％，約三分之二的患者在確診時已經處于中晚期或已出現淋巴結、血行轉移，其五年生存率僅為20～30％。胃癌的發生涉及多種因素，包括幽門螺旋桿菌感染、飲食、環境、遺傳等，因此對其檢測和預防具有很大困難。近年來，盡管不斷有與胃癌相關的癌基因、抑癌基因以及腫瘤信號通路等被發現和證實，但其發病機制尚未完全清楚。因此，尋找新的生物學靶標用于監測和干預胃癌的癌變，成為胃癌防治急需解決的重要問題。

發明內容

基于此，有必要針對上述問題，提供一種胃癌環狀RNA的處理方法。

一種胃癌環狀RNA的處理方法，包括以下步驟：

獲取已經脫離人體的胃癌組織和正常癌旁組織，并冷凍；

分別提取所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA；

分別篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA中的circRNA及mRNA，并分別與表達芯片雜交；

分別篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織差異表達的circRNA及mRNA，并對所述胃癌組織及正常癌旁組織顯著差異的circRNA與mRNA進行整合分析。

在其中一個實施例中，在篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA中的circRNA及mRNA步驟之前，還包括：檢測所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA的濃度及純度，以及檢測所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA的完整性。

在其中一個實施例中，使用NanoDrop ND-1000分光光度計檢測所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA的濃度及純度。

在其中一個實施例中，使用變性瓊脂糖凝膠電泳法檢測所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA的完整性。

在其中一個實施例中，利用TRIzol試劑提取所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA。

在其中一個實施例中，篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA中的circRNA，包括如下步驟：

利用核糖核酸酶R分別消化所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA，去除所述總RNA中的線性RNA并富集circRNA；

對富集后的circRNA進行擴增，并利用隨機引物法將擴增后的circRNA轉錄成熒光cRNA探針；

利用試劑盒純化熒光cRNA探針；

利用NanoDrop ND-1000分光光度計檢測熒光cRNA探針的濃度和活性。

在其中一個實施例中，篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織差異表達的circRNA，包括如下步驟：

分別掃描與circRNA雜交后的表達芯片，并將掃描圖片導入Agilent Feature Extraction軟件并讀值，得到原始數據；

采用R軟件包對所述原始數據進行歸一化及后續分析；

利用Fold Change和P-value篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織差異表達的circRNA。

在其中一個實施例中，所述胃癌組織及正常癌旁組織的circRNA的差異表達基因包括：hsa_circRNA_400071、hsa_circRNA_000792、hsa_circRNA_000543、hsa_circRNA_001959、hsa_circRNA_400066及hsa_circRNA_001066。

在其中一個實施例中，所述胃癌組織及正常癌旁組織的mRNA的差異表達基因包括：MYH9、CD44、MALAT1、CXXC5、ARVCF及ARIH1。