[發明專利]胃癌環狀RNA的處理方法

在審

• 申請號: 201610329156.3
• 申請日: 2016-05-17
• 公開（公告）號: CN107384909A
• 公開（公告）日: 2017-11-24
• 發明（設計）人: 眭維國;戴勇;史舟芳;薛雯
• 申請（專利權）人: 眭維國;戴勇;史舟芳;薛雯
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12Q1/68
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司44224
• 代理人: 何平

1.一種胃癌環狀RNA的處理方法，其特征在于，包括以下步驟：

獲取已經脫離人體的胃癌組織和正常癌旁組織，并冷凍；

分別提取所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA；

分別篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA中的circRNA及mRNA，并分別與表達芯片雜交；

分別篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織差異表達的circRNA及mRNA，并對所述胃癌組織及正常癌旁組織顯著差異的circRNA與mRNA進行整合分析。

2.根據權利要求1所述的處理方法，其特征在于，在篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA中的circRNA及mRNA步驟之前，還包括：檢測所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA的濃度及純度，以及檢測所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA的完整性。

3.根據權利要求2所述的處理方法，其特征在于，使用NanoDrop ND-1000分光光度計檢測所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA的濃度及純度。

4.根據權利要求2所述的處理方法，其特征在于，使用變性瓊脂糖凝膠電泳法檢測所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA的完整性。

5.根據權利要求1所述的處理方法，其特征在于，利用TRIzol試劑提取所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA。

6.根據權利要求1所述的處理方法，其特征在于，篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA中的circRNA，包括如下步驟：

利用核糖核酸酶R分別消化所述胃癌組織及正常癌旁組織的總RNA，去除所述總RNA中的線性RNA并富集circRNA；

對富集后的circRNA進行擴增，并利用隨機引物法將擴增后的circRNA轉錄成熒光cRNA探針；

利用試劑盒純化熒光cRNA探針；

利用NanoDrop ND-1000分光光度計檢測熒光cRNA探針的濃度和活性。

7.根據權利要求1所述的處理方法，其特征在于，篩選出所述胃癌組織及 正常癌旁組織差異表達的circRNA，包括如下步驟：

分別掃描與circRNA雜交后的表達芯片，并將掃描圖片導入Agilent FeatureExtraction軟件并讀值，得到原始數據；

采用R軟件包對所述原始數據進行歸一化及后續分析；

利用Fold Change和P-value篩選出所述胃癌組織及正常癌旁組織差異表達的circRNA。

8.根據權利要求1所述的處理方法，其特征在于，所述胃癌組織及正常癌旁組織的circRNA的差異表達基因包括：hsa_circRNA_400071、hsa_circRNA_000792、hsa_circRNA_000543、hsa_circRNA_001959、hsa_circRNA_400066及hsa_circRNA_001066。

9.根據權利要求1所述的處理方法，其特征在于，所述胃癌組織及正常癌旁組織的mRNA的差異表達基因包括：MYH9、CD44、MALAT1、CXXC5、ARVCF及ARIH1。

10.根據權利要求1所述的處理方法，其特征在于，還包括采用RT-PCR驗證差異表達的circRNA及mRNA。