[發(fā)明專(zhuān)利]基于微衛(wèi)星標(biāo)記Thymall-01的新疆北極茴魚(yú)檢測(cè)引物和方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201610241439.2
• 申請(qǐng)日: 2016-04-19
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN105779616B
• 公開(kāi)（公告）日: 2019-07-02
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 劉云國(guó)
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 新疆大學(xué)
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
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• 代理人: 暫無(wú)信息

本發(fā)明公開(kāi)了一種基于微衛(wèi)星標(biāo)記Thymall?01的新疆北極茴魚(yú)檢測(cè)引物和方法。首先提取新疆北極茴魚(yú)肌肉中的基因組DNA并稀釋備用；再利用新疆北極茴魚(yú)DNA序列中含有的微衛(wèi)星核心序列，在其序列兩端設(shè)計(jì)特異性引物；然后使用該引物對(duì)新疆北極茴魚(yú)不同地理群或新疆北極茴魚(yú)群內(nèi)個(gè)體的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè)；利用產(chǎn)物出現(xiàn)的條帶進(jìn)行分析，確定每個(gè)個(gè)體的基因型，并獲得新疆北極茴魚(yú)的遺傳多態(tài)性圖譜。本發(fā)明的特點(diǎn)是可快捷的獲得新疆北極茴魚(yú)遺傳標(biāo)記Thymall?01的遺傳變異圖譜，方法簡(jiǎn)便。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于新疆北極茴魚(yú)（Thymallus arcticus grubei）DNA分子遺傳標(biāo)記技術(shù)，涉及一種檢測(cè)新疆北極茴魚(yú)微衛(wèi)星標(biāo)記Thymall-01的技術(shù)方法，具體是新疆北極茴魚(yú)微衛(wèi)星標(biāo)記Thymall-01的基因型檢測(cè)方法。

背景技術(shù)

新疆北極茴魚(yú)（Thymallus arcticus grubei）屬鮭形目(Salmoniformes)、鮭科(Salmonidae)、茴魚(yú)亞科(Thymallinae)、茴魚(yú)屬(Thymallus)，俗稱(chēng)草斑、油斑，又名棒花魚(yú)、花翅子。體長(zhǎng)形，側(cè)扁，背鰭長(zhǎng)且高大，上緣圓凸，呈旗狀，有幾條赤褐色斑點(diǎn)形成的紋帶，體色鮮艷。野生資源主要分布在新疆阿勒泰市富蘊(yùn)縣和布爾津縣額爾齊斯河的上游各支流中。北極茴魚(yú)屬典型冷水高耗氧魚(yú)，常年生活在山澗溪流，水質(zhì)清澈無(wú)污染，水流湍急，河底多礫石的地方。北極茴魚(yú)外觀華麗，肉質(zhì)尤其細(xì)膩，不僅是名貴的新疆特有魚(yú)類(lèi)，也是我國(guó)重要的水產(chǎn)種質(zhì)資源，有極高的經(jīng)濟(jì)開(kāi)發(fā)價(jià)值。由于近年來(lái)的環(huán)境污染、森林破壞和過(guò)渡捕撈等人為因素，該魚(yú)的資源面臨枯竭，已被新疆維吾爾自治區(qū)人民政府列為新疆Ⅱ類(lèi)重要水生野生保護(hù)動(dòng)物。近年來(lái)，新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)水產(chǎn)技術(shù)推廣總站的向偉等研究人員已經(jīng)開(kāi)始了北極茴魚(yú)的人工繁育、資源增值及人工馴化養(yǎng)殖研究，并取得了一定的研究成果，有望實(shí)現(xiàn)養(yǎng)殖的產(chǎn)業(yè)化。新疆北極茴魚(yú)作為一種新興的養(yǎng)殖品種，遺傳學(xué)研究相對(duì)薄弱，還沒(méi)有微衛(wèi)星標(biāo)記開(kāi)發(fā)的報(bào)道。雖然同工酶標(biāo)記、RAPD標(biāo)記及AFLP標(biāo)記技術(shù)也可以用于研究新疆北極茴魚(yú)的遺傳結(jié)構(gòu)及其遺傳多樣性，然而由于這些標(biāo)記都屬于顯性遺傳標(biāo)記，檢測(cè)效率不如微衛(wèi)星標(biāo)記等共顯性標(biāo)記高。另外，同工酶標(biāo)記的缺點(diǎn)是多態(tài)性低， RAPD標(biāo)記的穩(wěn)定性不好，AFLP標(biāo)記操作繁瑣，這些都大大限制了它們的應(yīng)用。而微衛(wèi)星序列廣泛分布于真核生物基因組中，其特點(diǎn)是種類(lèi)多，等位基因數(shù)目多，多態(tài)性高，共顯性，孟德?tīng)栠z傳方式，并隨機(jī)分布于基因組中，而且微衛(wèi)星標(biāo)記檢測(cè)效率高，結(jié)果穩(wěn)定。但由于缺乏新疆北極茴魚(yú)微衛(wèi)星標(biāo)記，限制了其分子遺傳學(xué)研究的發(fā)展，所以迫切需要獲取微衛(wèi)星標(biāo)記以進(jìn)行新疆北極茴魚(yú)遺傳多樣性、個(gè)體識(shí)別和系譜認(rèn)證等方面的研究和應(yīng)用。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一種高多態(tài)性的新疆北極茴魚(yú)DNA分子遺傳標(biāo)記技術(shù)，即新疆北極茴魚(yú)微衛(wèi)星標(biāo)記Thymall-01的快速檢測(cè)方法，以彌補(bǔ)已有技術(shù)的不足。

本發(fā)明的基本構(gòu)思主要是利用新疆北極茴魚(yú)DNA序列中含有的微衛(wèi)星核心序列，在其兩端設(shè)計(jì)特異性引物并進(jìn)行PCR檢測(cè)，從而快速地檢測(cè)新疆北極茴魚(yú)每個(gè)個(gè)體在此微衛(wèi)星區(qū)的遺傳變異，獲得該引物（微衛(wèi)星標(biāo)記Thymall-01）對(duì)新疆北極茴魚(yú)的多態(tài)性圖譜，通過(guò)圖譜直觀地檢測(cè)出每個(gè)個(gè)體的基因型。基于上述背景現(xiàn)狀和實(shí)際要求，本發(fā)明從新疆北極茴魚(yú)DNA序列中獲取了一個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記，命名為T(mén)hymall-01，該微衛(wèi)星標(biāo)記Thymall-01可用于新疆北極茴魚(yú)遺傳多樣性分析和系譜認(rèn)證。

本發(fā)明是按照以下操作技術(shù)方案完成的：首先提取新疆北極茴魚(yú)肌肉中的基因組DNA并稀釋備用；再利用新疆北極茴魚(yú)基因組DNA序列中含有的微衛(wèi)星核心序列，在其序列兩端設(shè)計(jì)特異性引物；然后使用該引物對(duì)新疆北極茴魚(yú)不同地理群或新疆北極茴魚(yú)群內(nèi)個(gè)體的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行變性聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測(cè)，從而確定每個(gè)個(gè)體的基因型，獲得新疆北極茴魚(yú)的遺傳多態(tài)性圖譜。