[發明專利]一種與牙鲆數量性狀相關的SNP標記、其篩選方法及應用

有效

• 申請號: 201610172234.3
• 申請日: 2016-03-24
• 公開（公告）號: CN105713974B
• 公開（公告）日: 2019-04-19
• 發明（設計）人: 張曉彥;王桂興;侯吉倫;王玉芬;劉海金;于清海;楊立更
• 申請（專利權）人: 中國水產科學研究院北戴河中心實驗站
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京細軟智谷知識產權代理有限責任公司 11471
• 代理人: 王金寶

本發明提供了一種與牙鲆數量性狀相關的SNP位點、其篩選方法及應用。通過候選基因關聯分析法，對MSTN基因中SNP與牙鲆數量性狀進行關聯分析，獲得了一個與數量性狀相關的SNP標記，所述SNP標記可用于牙鲆標記輔助選育，縮短育種周期。

技術領域

本發明屬于水產養殖中的篩選技術領域，具體涉及一種與牙鲆數量性狀相關的SNP標記、其篩選方法及應用。

背景技術

牙鲆(Paralichthys olivaceus)，又名偏口、左口、左偏、牙片等，隸屬于鰈形目(Pleuronectiformes)，牙鲆科(Bothidae)，牙鲆屬，主要分布在俄羅斯遠東地區、日本、韓國和我國沿海，屬于土著種類。它個體大，生長快，味道鮮美，深受東亞各國的青睞。

體重、體長等數量性狀一直以來都是魚類育種的主要選育性狀。肌肉生長抑制素基因(Myostatin，MSTN)作為與肌肉生長相關的候選基因成為各種動物育種研究的熱點。該基因又稱為生長分化因子-8(GDF-8),屬于轉化生長因子β(Transforming growth factor-β，TGF-β)家族，是肌肉細胞生長的負調控因子。1997年美國John Hopkins大學醫學院的McPherron等在研究轉化生長因子β(TGF-β)時，在小鼠的骨骼肌細胞中發現并首次擴增出該基因的cDNA。研究表明，敲除MSTN基因的小鼠肌肉是正常野生型小鼠的2～3倍，且肌肉的脂肪含量也比較低。通過轉基因技術和RNAi技術抑制斑馬魚的MSTN基因發現試驗魚的肌肉明顯比正常魚發達，因此認為該基因在動物肌肉生長發育中起重要的抑制作用，也可能參與脂肪生成的調節。近年來的一些研究還發現魚類的MSTN基因可以在除肌肉外的多個組織中表達，如腦、腸、鰓、腎、性腺等,還有可能影響其他組織的發育。由于MSTN在遺傳育種上的潛在應用價值,自其被發現以來，一直備受科研工作者的廣泛關注，目前，已克隆得到多種魚類的MSTN基因，如斑馬魚、虹鱒、大口黑鱸、眼斑擬石首魚、大黃魚、加州鱸、鯉魚、日本牙鲆、斑點叉尾鮰等。人們期望通過對該基因的控制來增加肌肉產量。

鑒于MSTN在水產養殖中潛在的應用前景，本發明對牙鲆魚的MSTN基因在進行重測序，篩查SNP，與數量性狀進行關聯分析，確定與數量性狀相關的SNP標記，標記可用于牙鲆分子標記輔助選育。

發明內容

為了解決現有技術存在的上述問題，本發明提供了一種與牙鲆數量性狀相關的SNP標記、其篩選方法及應用。通過候選基因關聯分析法，對MSTN基因中SNP與牙鲆數量性狀進行關聯分析，獲得了一個與數量性狀相關的SNP標記，所述SNP標記可用于牙鲆標記輔助選育，縮短育種周期。

本發明所采用的技術方案為：一種與牙鲆數量性狀相關的SNP標記，所述SNP標記包括：SNP1標記、SNP2標記和SNP3標記，所述SNP標記位于MSTN基因上，所述MSTN基因具有SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列；

所述SNP1標記位于MSTN基因第2個內含子第741bp位置，其堿基為C或T；

所述SNP2標記位于MSTN基因第3個外顯子第30bp位置，其堿基為C或T；

所述SNP3標記位于MSTN基因3’UTR第330bp位置，其堿基為C或A。

本發明還提供了一種上述的MSTN基因的擴增方法，其特征在于，使用第一引物組和第二引物組從所述MSTN基因中裁剪出MSTN2片段和MSTN3片段，所述SNP1標記和SNP2標記位于所述MSTN2片段上，所述SNP3標記位于所述MSTN3片段上；所述第一引物組包括第一上游引物和第一下游引物，所述第二引物組包括第二上游引物和第一下游引物；第一上游引物的序列如SEQ ID NO：2所示，第一下游引物的序列如SEQ ID NO：3所示，第二上游引物的序列如SEQ ID NO：4所示，第二下游引物的序列如SEQ ID NO：5所示。

其中，SEQ ID NO：2的序列為GTGAATAGTGTGGGTGCATGC；