[發(fā)明專(zhuān)利]由母本生物樣品進(jìn)行胎兒基因組的分析

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201610127207.4
• 申請(qǐng)日: 2010-11-05
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN105779280B
• 公開(kāi)（公告）日: 2018-09-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 盧煜明;陳君賜;趙慧君;查爾斯·坎特
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 香港中文大學(xué);塞昆納姆股份有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12M1/34
• 分類(lèi)號(hào): C12M1/34;C12Q1/6869;G06F19/18
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11204
• 代理人: 王達(dá)佐;洪欣

提供了確定胎兒基因組的至少一部分的系統(tǒng)、方法和裝置。可以分析來(lái)自母本樣品(母本和胎兒DNA)的DNA片段以鑒定某些基因座處的等位基因。綜合分析這些基因座處各自等位基因的DNA片段的量，以確定這些基因座的單倍型的相對(duì)量，并確定從親本基因組遺傳了哪種單倍型?？梢苑治鲇H本為純合和雜合的特定組合的基因座，以確定胎兒基因組的區(qū)域?？梢允褂萌后w中共有的參照單倍型，同時(shí)分析母體樣品的DNA片段，以確定母本和父本基因組。還提供了突變、母本樣品中部分胎兒DNA濃度以及母本樣品測(cè)序覆蓋度比例的確定。

相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用

本申請(qǐng)要求2009年11月5日提交的題目為“Fetal Genomic Analysis(胎兒基因組分析)”的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)第61/258567號(hào)、2009年11月6日提交的題目為“Fetal GenomicAnalysis from a Maternal Biological Sample(由母本生物樣品進(jìn)行胎兒基因組的分析)”的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)第61/259075號(hào)和2010年9月10日提交的題目為“Fetal GenomicAnalysis from a Maternal Biological Sample(由母本生物樣品進(jìn)行胎兒基因組的分析)”的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)第61/381854號(hào)的權(quán)益，并且是這些臨時(shí)申請(qǐng)的非臨時(shí)申請(qǐng)，通過(guò)引用將這些臨時(shí)申請(qǐng)的全部?jī)?nèi)容并入本文，用于所有目的。

本申請(qǐng)還涉及2008年7月23日提交的題目為“Diagnosing Fetal ChromosomalAneuploidy Using Massively Parallel Genomic Sequencing(利用大規(guī)模平行基因組測(cè)序診斷胎兒染色體的非整倍性)”的美國(guó)申請(qǐng)第12/178,181號(hào)(代理人案號(hào)016285-005220US)、題目為“Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using GenomicSequencing With Enrichment(利用基因組測(cè)序與富集診斷胎兒染色體的非整倍性)”的美國(guó)申請(qǐng)第12/614350號(hào)(代理人案號(hào)016285-005221US)和同時(shí)提交的題目為“Size-BasedGenomic Analysis(基于大小的基因組分析)”的美國(guó)申請(qǐng)(代理人案號(hào)016285-006610US)，通過(guò)引用將這些申請(qǐng)的全部?jī)?nèi)容并入本文，用于所有目的。

發(fā)明背景

本發(fā)明通常涉及基于母本樣品分析胎兒基因組，更具體而言，涉及基于母本樣品中基因片段的分析確定全部或部分胎兒基因組。

1997年，母本血漿中無(wú)細(xì)胞胎兒核酸的發(fā)現(xiàn)已為非侵入性產(chǎn)前診斷開(kāi)啟了新的可能性(Lo YMD et al Lancet 1997；350:485-487；和美國(guó)專(zhuān)利6,258,540)。這項(xiàng)技術(shù)被快速轉(zhuǎn)化于臨床應(yīng)用，用于檢測(cè)胎兒來(lái)源的、從父系遺傳的基因或序列，例如用于胎兒性別確定、胎兒RhD狀態(tài)確定和確定胎兒是否遺傳了父系遺傳性突變(Amicucci P et al ClinChem 2000；46:301-302；Saito H et al Lancet 2000；356:1 170；以及Chiu RWK et alLancet 2002；360:998-1000)。最近在該領(lǐng)域內(nèi)的進(jìn)展已經(jīng)能夠由母本血漿核酸分析進(jìn)行胎兒染色體非整倍性如三體性21的產(chǎn)前診斷(Lo YMD et al Nat Med 2007；13:218-223；Tong YK et al Clin Chem 2006；52:2194-2202；美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)2006/0252071；Lo YMD etal Proc Natl Acad Sci USA 2007；104:131 16-13121；Chiu RWK et al Proc Natl AcadSci USA 2008；105:20458-20463；Fan HC et al Proc Natl Acad Sci 2008；105:16266-16271；美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)2007/0202525；以及美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)2009/0029377)。