[發(fā)明專利]由母本生物樣品進(jìn)行胎兒基因組的分析

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201610127207.4
• 申請日: 2010-11-05
• 公開（公告）號: CN105779280B
• 公開（公告）日: 2018-09-25
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 盧煜明;陳君賜;趙慧君;查爾斯·坎特
• 申請（專利權(quán)）人: 香港中文大學(xué);塞昆納姆股份有限公司
• 主分類號: C12M1/34
• 分類號: C12M1/34;C12Q1/6869;G06F19/18
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11204
• 代理人: 王達(dá)佐;洪欣

1.鑒定懷孕女性的未出生胎兒的基因組中新生突變的計算機(jī)系統(tǒng)，所述胎兒有父親和身為所述懷孕女性的母親，所述父親具有父本基因組，所述母親具有母本基因組，所述計算機(jī)系統(tǒng)包括：

接受獲自懷孕女性的生物樣品的多個核酸分子測序的測序結(jié)果的裝置，其中所述生物樣品含有母本核酸和胎兒核酸的混合物，

鑒定所述多個核酸分子的每一個在人類基因組中的位置的裝置；

對于所述位置的至少一部分的每一個，確定所述位置處母本基因組中的一個或多個母本序列和父本基因組中的一個或多個父本序列的裝置；

利用計算機(jī)系統(tǒng)鑒定所述多個核酸分子在第一位置處的第一序列的裝置，所述第一序列不存在于在所述第一位置處確定的母本序列中并且不存在于在所述第一位置處確定的父本序列中；

確定生物樣品中在所述第一位置處的第一序列的第一部分濃度的裝置；

確定生物樣品中在第二位置處的第二序列的第二部分濃度的裝置，所述第二序列在第二位置處由胎兒遺傳自父親，其中所述第二序列存在于第二位置處的父本基因組中，不存在于第二位置處的母本基因組中；以及

如果所述第一和第二部分濃度大致相同，將所述第一序列歸類為在第一位置處的新生突變的裝置。

2.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述核酸分子測序是提供對應(yīng)于所述核酸分子兩端的一對序列的雙末端測序，以及其中鑒定所述核酸分子在人類基因組中的位置包括將所述一對序列定位到人類基因組。

3.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中鑒定核酸分子在人類基因組中的位置的裝置包括：

將所述核酸分子的序列定位到人類基因組的裝置，以及其中所述定位不需要所述核酸分子的序列的精確匹配。

4.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中對于所述人類基因組中的位置的至少一個，所述父本序列從來自父親的樣品確定。

5.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中對于所述人類基因組中的位置的至少一個，所述母本序列從所述生物樣品確定。

6.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中鑒定在所述第一位置處的第一序列的裝置包括：

將鑒定為在第一位置處的核酸分子的序列與在所述第一位置處的一個或多個母本序列以及一個或多個父本序列進(jìn)行比較的裝置；以及

將所述核酸分子的序列的第一序列鑒定為不與在第一位置處的所述一個或多個母本序列以及所述一個或多個父本序列中任一個相匹配的裝置。

7.如權(quán)利要求6所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其還包括：

用于計數(shù)顯示所述第一序列的核酸分子數(shù)量的裝置；以及

需要所述數(shù)量大于將所述第一序列視為新生突變的指定數(shù)量的裝置。

8.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中確定所述第一部分濃度的裝置包括：

用于確定在第一位置處顯示所述第一序列的核酸分子的比例的裝置。

9.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述第二序列存在于Y染色體上或者是基因多態(tài)性。

10.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述母親在第二位置處的第一等位基因是純合的，以及所述父親在第二位置處的第二等位基因是純合的，所述第二等位基因?qū)?yīng)于所述第二序列。

11.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，還包括：

通過以下確定所述第一和第二部分濃度大致相同的裝置：

計算第一和第二部分濃度之間的差異，以及

將所述差異與截止值進(jìn)行比較。

12.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述第二序列是單核苷酸多態(tài)性或者是插入-缺失多態(tài)性。