[發明專利]一種用于鑒別豬種及其毛色的基因MC1R的SNP標記及方法和應用

在審

• 申請號: 201610105978.3
• 申請日: 2016-02-26
• 公開（公告）號: CN105648071A
• 公開（公告）日: 2016-06-08
• 發明（設計）人: 李晶;寧眺;陳善元;趙智勇
• 申請（專利權）人: 昆明學院;云南妙哉科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京國智京通知識產權代理有限公司 11501
• 代理人: 孫文彬

1.一種用于鑒別豬種及其毛色的基因MC1R的SNP標記，其特征在于，基因MC1R 的六個單倍型MC1R*1、MC1R*2、MC1R*3、MC1R*4、MC1R*5和MC1R*6的核苷酸序 列分別如SEQIDNO.9、SEQIDNO.11、SEQIDNO.13、SEQIDNO.15、SEQIDNO.17 及SEQIDNO.19所示，上述核苷酸序列所對應的氨基酸序列分別如SEQIDNO.10、SEQ IDNO.12、SEQIDNO.14、SEQIDNO.16、SEQIDNO.18及SEQIDNO.20所示；其中， 毛色、豬種與基因變異對應的關系如下表1所示：

表1毛色、豬種與MC1R變異對應表

其中，表中的變異位置是完整編碼區中的實際變異位置；

上表1中各單倍型的核苷酸與氨基酸變異如下表2所示：

表2各單倍型的核苷酸與氨基酸變異

其中，表2中核苷酸變異位置是以472bp所測序列第一位為起點，完整編碼區中的 實際位置應在本位置上增加269個；氨基酸變異的實際位置應在本位置上增加90個。

2.一種用于鑒別豬種及其毛色的基因MC1R的SNP標記引物，其特征在于，該引 物序列如下：

正向引物MC1RF1，其核苷酸序列如SEQIDNO.3所示，具體為： 5'-ACCTGCACTCGCCCATGTACT-3'；

反向引物MC1RR1，其核苷酸序列如SEQIDNO.4所示，具體為： 5'-GAGAGGTGCAGGAAGAAGGGT-3'。

3.一種用于鑒別豬種及其毛色的基因MC1R的SNP標記方法，其特征在于，包括 如下步驟：

步驟1、采用酚/氯仿法提取家豬品種的血液或組織的基因組DNA；

步驟2、利用步驟1中提取的基因組DNA為模板進行特異性PCR擴增，并進行回 收和純化，得到純化后的PCR產物；

步驟3、對步驟2的純化后的PCR產物進行克隆與測序；

步驟4、對測序結果進行序列分析、單倍型劃分、相關性統計，對變異位點以及單 倍型進行判定。

4.根據權利要求3所述的用于檢測豬毛色基因MC1R的SNP標記方法，其特征在 于，所述步驟4中將克隆產物進行測序，對基因型進行判定具體為：應用DNASTAR軟 件包中Seqman程序對測序結果進行人工核對與校正并保存為一樣長的序列；只有正反 鏈測序結果一致的序列才用于下一步的分析；然后使用MegAlign程序進行序列比對，最 后在Bioedit程序里進行檢查；使用MEGA軟件統計單倍型及變異位點：

表1毛色、豬種與MC1R變異對應表

其中，表中的變異位置是完整編碼區中的實際變異位置；

上表1中各單倍型的核苷酸與氨基酸變異如下表2所示：

表2各單倍型的核苷酸與氨基酸變異

其中，表2中核苷酸變異位置是以472bp所測序列第一位為起點，完整編碼區中的 實際位置應在本位置上增加269個；氨基酸變異的實際位置應在本位置上增加90個。

5.權利要求1所述的用于鑒別豬種及其毛色的基因MC1R的SNP標記在豬肉樣品 的鑒別與遺傳關系中的應用。