[發(fā)明專利]基于AllGlo探針的VKORC1基因多態(tài)性檢測分型試劑盒及其分型方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201610083703.4
• 申請日: 2016-02-06
• 公開（公告）號: CN105483280A
• 公開（公告）日: 2016-04-13
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 方宜臻;葉輝銘;張忠英
• 申請（專利權(quán)）人: 廈門大學(xué)附屬中山醫(yī)院;張忠英
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 廈門南強(qiáng)之路專利事務(wù)所(普通合伙) 35200
• 代理人: 馬應(yīng)森

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及單核苷酸多態(tài)性(SNP)，尤其是涉及一種基于AllGlo探針的VKORC1基因多 態(tài)性檢測分型試劑盒及其分型方法。

背景技術(shù)

單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotidepolymorphism，SNP),主要是指在基因組水平上由單個核 苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳的變異中最常見的一種。SNPs在人 類基因組中廣泛存在，平均每500～1000個堿基對中就有1個，估計其總數(shù)可達(dá)300萬個甚 至更多。作為第三代遺傳標(biāo)志，SNP與人體許多表型差異、藥物易感性與疾病易感性密切相 關(guān)。SNP在基因組中的大量存在，使其成為一個強(qiáng)有力的工具，在疾病定位與克隆、藥物的 設(shè)計和測試以及生物學(xué)的基礎(chǔ)研究中起了非常重要的作用。

個體化診斷治療是未來醫(yī)學(xué)發(fā)展的大方向。將個體化的靶點(diǎn)定位于某個基因，甚至是單 個核苷酸，發(fā)現(xiàn)疾病的遺傳標(biāo)志物，將有助于根據(jù)每個患者的不同遺傳背景來開展疾病預(yù)防、 診斷和治療。基因的SNP是形成個體間差異的重要遺傳學(xué)基礎(chǔ),通過SNP與疾病和藥物治療 的關(guān)聯(lián)性分析，使得醫(yī)生不僅可以通過所檢測出的SNP預(yù)測、確定與疾病有關(guān)的基因，同時 也將能夠事先把握患者個體對于某種藥物的反應(yīng)特點(diǎn)，并根據(jù)這一特點(diǎn)選擇治療效果最好， 不良反應(yīng)等危險性最小的藥物對患者進(jìn)行精準(zhǔn)治療。

SNP在疾病的預(yù)防、診斷、治療及個體化醫(yī)學(xué)發(fā)展中扮演著重要的角色，因此準(zhǔn)確快速 的進(jìn)行SNP檢測分型具有重大的意義。

目前，SNP分型的方法主要有直接測序技術(shù)法、限制性片段長度多態(tài)性技術(shù)(RFLP)、 Tagman熒光探針法、擴(kuò)增阻滯突變系統(tǒng)(ARMS)、高分辨熔解曲線分析法(HRM)等。其 中，直接測序法是目前最直觀，準(zhǔn)確性相對而言最高的SNP分型方法，但其步驟多而分散， 成本較高，工作量大，周期長，價格昂貴，不適合大樣本多位點(diǎn)檢測；限制性片段長度多態(tài) 性技術(shù)(RFLP)作為一種最早的DNA標(biāo)記技術(shù)，對儀器要求低，只需要一臺PCR儀以及電 泳儀器即可進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，但其實(shí)驗(yàn)操作繁瑣，檢測周期長，不適合大樣本檢測；Tagman熒光探 針法準(zhǔn)確度較好，但其設(shè)計合成程序復(fù)雜，并且不適合多位點(diǎn)少量樣本的分型，尤其是頻率 偏低的位點(diǎn)；擴(kuò)增阻滯突變系統(tǒng)(ARMS法)快速、簡便，但是不能閉管操作，對基因多態(tài) 性分析難以實(shí)現(xiàn)高通量、自動化；高分辨熔解曲線分析法(HRM)具有簡單、快速等優(yōu)點(diǎn)， 但該方法特異性不足，儀器選擇少。

AllGlo探針作為新一代的熒光探針，在具備TaqMan-MGB探針優(yōu)點(diǎn)的基礎(chǔ)上，大大提高 信噪比，減少背景熒光信號。目前，AllGlo探針已經(jīng)成功應(yīng)用于檢測皰疹病毒、乙型肝炎病 毒基因突變(Feng,Z.L.Yu,X.Y.Lu,Z.M.Geng,D.Y.Zhang,L.Chen,S.J.Rapiddetectionofthe hepatitisBvirusYMDDmutantusingAllGlo^TMprobes[J].ClinChimActa,2011，412(11-12)： 1018-1021)、侵襲性曲霉菌病(Wu,D.S.Shen,J.Z.Zhou,X.Q.Shen,S.F.Wu,X.M.The establishmentandevaluationofdiagnosticaccuracyofAllGlo(TM)probe-basedtechniquesfor invasiveaspergillosis[J].ZhonghuaNeiKeZaZhi,2010,49(2):142-145)。