[發明專利]一組用于鑒別豬種的SNP標記及其應用

在審

• 申請號: 201610075499.1
• 申請日: 2016-02-03
• 公開（公告）號: CN105603089A
• 公開（公告）日: 2016-05-25
• 發明（設計）人: 龍毅;溫慶琪;肖俊峰;吳德;丁能水
• 申請（專利權）人: 漳州傲農現代農業開發有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 廈門市新華專利商標代理有限公司 35203
• 代理人: 李寧

技術領域

本發明涉及SNP標記的技術領域，尤其涉及一組用于鑒別豬種的SNP標記及其應 用。

背景技術

中國是世界上養豬最早的國家之一，歷史達幾千年之久，豬在中國被譽為六畜之 首。由于自然環境、經濟條件和民俗文化的影響，中國的地方豬種資源豐富且各具特色，是 世界豬種基因庫中的寶貴資源。但迄今為止，用于品種鑒定的SNP標記組合以及個體識別的 SNP標記組合還較少。

隨著豬高密度SNP芯片的應用、全基因組測序技術的普及和發展，及基因分型、測 序成本的不斷下降，建立基于DNA標記或全基因組序列的個體追蹤溯源技術和品種鑒定 技術成為可能。有鑒于此，本發明人研究和設計了一組用于鑒別豬種的SNP標記及其應用， 本案由此產生。

發明內容

本發明的目的在于提供一組用于鑒別豬種的SNP標記及其應用，以純種大白 （LargeWhite）、長白（Landrace）為研究對象，利用Illumina60KSNP芯片對長白、大白 進行全基因組基因分型，分析并篩選出盡可能少的能夠用于長白和大白品種鑒定的SNP 標記組合。

為了實現上述目的，本發明解決其技術問題所采取的技術方案是：

一組用于鑒別豬種的SNP標記，其特征在于：包含16個SNP標記，分別為豬全基因組 ALGA0010391位置的G或A、ASGA0106427位置的A或G、MARC0074457位置的G或A、ALGA0035291 位置的G或A、ASGA0092666位置的G或A、MARC0097281位置的G或A、ALGA0036113位置的G或A、 ALGA0046197位置的G或A、ASGA0094206位置的G或A、ASGA0051087位置的C或A、ALGA0063798 位置的G或A、CASI0006417位置的G或A、MARC0070175位置的C或A、H3GA0043987位置的C或A、 DBMA0000205位置的G或A及ALGA0093437位置的G或A。

作為實施例的優選方式，所述SNP標記從豬全基因組60K中進行SNP基因型檢測及 全基因組關聯分析得到，所述SNP基因型檢測包括采用標準酚氯仿法提取基因組DNA，將DNA 溶解于TE緩沖液中；對提取出來的DNA進行質量檢測和濃度測定，A260/280比值在1.8— 2.0，A260/230比值在1.7—1.9判定為合格。

作為實施例的優選方式，所述SNP基因型檢測還包括將所述合格的DNA樣品統一稀 釋成50ng/μL，利用IlluminaInfiniumSNP分型平臺，采用PorcineSNP60DNAAnalysis Kit芯片，根據IlluminaInfinium的使用說明和標準流程進行芯片雜交與結果掃描，通過 GenomeStudio軟件讀取基因型數據；用PLINKv1.07對獲得的基因型數據進行質量控制，剔 除檢出率<99.7%、次等位基因頻率<0.01或偏離哈代溫伯格平衡P≤10^-6的SNP標記，排除檢 出率<90%、家系孟德爾錯誤率高于0.1的個體，得到48165個SNP和200個個體用于數據分析。

作為實施例的優選方式，所述全基因組關聯分析使用PLINK軟件對長白和大白開 展Case-Control分析，長白為Case，大白為Control；采用Bonferroni法確定在長白、大白 豬種存在顯著差異的SNP位點，基因組水平顯著閾值為0.05除以有效SNP位點數量。

一組用于鑒別豬種的SNP標記的應用，用于長白豬和大白豬的鑒別。

本發明人采用60KSNP芯片對長白、大白進行全基因組基因分型，利用長白、大白 的全基因組60K信息，經過全基因組關聯分析、篩選最后挑選出16個可用于長白、大白品種 鑒別的SNP位點組合。

附圖說明

圖1為本發明對長白和大白進行主成分分析圖：其中，pc1：主成分1；pc2：主成分2。

具體實施方式

以下結合附圖和具體實施方式以對本發明作進一步說明。

實驗豬群：本發明使用的材料來自100頭長白個體、100頭大白個體。