[發明專利]一組用于鑒別豬種的SNP標記及其應用

在審

• 申請號: 201610075499.1
• 申請日: 2016-02-03
• 公開（公告）號: CN105603089A
• 公開（公告）日: 2016-05-25
• 發明（設計）人: 龍毅;溫慶琪;肖俊峰;吳德;丁能水
• 申請（專利權）人: 漳州傲農現代農業開發有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 廈門市新華專利商標代理有限公司 35203
• 代理人: 李寧

1.一組用于鑒別豬種的SNP標記，其特征在于：包含16個SNP標記，分別為豬全基因組 ALGA0010391位置的G或A、ASGA0106427位置的A或G、MARC0074457位置的G或A、ALGA0035291 位置的G或A、ASGA0092666位置的G或A、MARC0097281位置的G或A、ALGA0036113位置的G或A、 ALGA0046197位置的G或A、ASGA0094206位置的G或A、ASGA0051087位置的C或A、ALGA0063798 位置的G或A、CASI0006417位置的G或A、MARC0070175位置的C或A、H3GA0043987位置的C或A、 DBMA0000205位置的G或A及ALGA0093437位置的G或A。

2.如權利要求1所述的一組用于鑒別豬種的SNP標記，其特征在于：所述SNP標記從豬全 基因組60K中進行SNP基因型檢測及全基因組關聯分析得到，所述SNP基因型檢測包括采用 標準酚氯仿法提取基因組DNA，將DNA溶解于TE緩沖液中；對提取出來的DNA進行質量檢測和 濃度測定，A260/280比值在1.8—2.0，A260/230比值在1.7—1.9判定為合格。

3.如權利要求2所述的一組用于鑒別豬種的SNP標記，其特征在于：所述SNP基因型檢測 還包括將所述合格的DNA樣品統一稀釋成50ng/μL，利用IlluminaInfiniumSNP分型平臺， 采用PorcineSNP60DNAAnalysisKit芯片，根據IlluminaInfinium的使用說明和標準流 程進行芯片雜交與結果掃描，通過GenomeStudio軟件讀取基因型數據；用PLINKv1.07對獲 得的基因型數據進行質量控制，剔除檢出率<99.7%、次等位基因頻率<0.01或偏離哈代溫伯 格平衡P≤10^-6的SNP標記，排除檢出率<90%、家系孟德爾錯誤率高于0.1的個體，得到48165 個SNP和200個個體用于數據分析。

4.如權利要求2所述的一組用于鑒別豬種的SNP標記，其特征在于：所述全基因組關聯 分析使用PLINK軟件對長白和大白開展Case-Control分析，長白為Case，大白為Control； 采用Bonferroni法確定在長白、大白豬種存在顯著差異的SNP位點，基因組水平顯著閾值為 0.05除以有效SNP位點數量。

5.如權利要求1所述的一組用于鑒別豬種的SNP標記的應用，用于長白豬和大白豬的鑒 別。