[發明專利]高通量測序突變檢測結果的統計學驗證方法

有效

• 申請號: 201610046810.X
• 申請日: 2016-01-22
• 公開（公告）號: CN105574365B
• 公開（公告）日: 2018-10-26
• 發明（設計）人: 劉志源;張靜波;陳威
• 申請（專利權）人: 北京圣谷同創科技發展有限公司
• 主分類號: G06F19/24
• 分類號: G06F19/24
• 代理公司: 北京中政聯科專利代理事務所(普通合伙) 11489
• 代理人: 柴智敏

本發明涉及高通量測序突變檢測結果的驗證方法，所述方法包括，首先建立感興趣突變的陰性背景突變頻率庫，基于該陰性背景突變頻率庫，通過Z檢驗來驗證高通量測序突變檢測結果中單核苷酸取代類型的突變檢測結果，通過卡方檢驗來驗證高通量測序突變檢測結果中連續多核苷酸缺失類型的突變檢測結果。本發明方法可以實現對高通量測序突變檢測結果的零成本驗證，并且具有較高的正確性和靈敏度。

技術領域

本發明涉及高通量測序突變檢測結果的驗證方法。

背景技術

惡性腫瘤是威脅人類健康的主要疾病之一，也是全球發病和死亡的主要原因。根據世界衛生組織公布的數據表明，2012年約有1400萬新發癌癥病例和820萬例癌癥相關死亡。據全球癌癥統計數據顯示，肺癌死亡率位于男性相關癌癥的首位，在發達國家的女性相關癌癥死亡率，則超越了乳腺癌躍居第一。肺癌分為小細胞肺癌(SCLC)和非小細胞肺癌(NSCLC)。基因突變是肺癌的發生、發展、惡化的關鍵因素。肺癌的發生是各種環境的和遺傳的致癌因素引起的基因突變和多種突變長期積累的結果。突變的發生和積累導致了原癌基因的激活和抑癌基因的失活，進而引起DNA損傷修復和(或)細胞周期和(或)編程性死亡機制的失調，繼而引起細胞的轉化。轉化的細胞在與正常體細胞生存競爭的過程中，不斷進化，最終變成具有無限增殖潛力的癌細胞，從而導致腫瘤的發生。在癌細胞成克隆性的無限擴增過程中，其中一些克隆會獲得新的附加突變，選擇性地形成具有不同特點的亞克隆(異質化)，從而獲得浸潤和轉移的能力。目前，已確認的與肺癌相關的突變基因包括K-RAS、EGFR、HER2、MEK、p16、p53、ALK、ROS1、RET等。

近年來，隨著生物醫藥技術的不斷發展，以及“精準醫學”概念的提出，癌癥的治療觀念正在發生著由非特異性轉變為個體化的根本性轉變。該模式根據癌癥患者的個體信息，提供個性化的高效治療方案。高通量測序技術的興起以及測序成本的大幅降低為個體化醫療的實現提供了極大的便利，已開始廣泛應用于腫瘤組織的基因突變位點檢測。通過對癌癥患者活檢樣本提取的DNA進行測序及后續生物信息分析，就可快速得到患者的突變信息，根據突變信息對患者進行分組，進行針對性的治療及療效評估。據2014美版NCCN記載，EGFR、BRAF、KRAS、PIK3CA等基因上的突變信息，可協助醫生選擇易瑞沙和特羅凱等靶向藥物的有效非小細胞型肺癌人群進行個體化治療。因此，準確的突變檢測信息，無論是對非小細胞肺癌患者的分組還是個性化靶向藥物的選擇和治療過程中的動態療效檢測都具有至關重要的作用。只有這樣，才能真正有益于病人節省費用、減少毒副作用以及提高治療效率。

高通量測序技術為DNA的測序提供了便利，對高通量測序結果進行數據分析可以獲得DNA的突變信息，但這種通過數據分析獲得的DNA突變信息的準確性還有待提高，通常需要進行進一步驗證，目前用驗證高通量測序檢出(即通過對高通量測序結果進行數據分析獲得)突變的主要方法是Sanger測序和多重PCR。盡管單個位點的驗證費用不高，但如果一次性檢測位點較多且檢測頻繁則成本較高。

發明內容

本發明涉及高通量測序突變檢測結果的驗證方法，所述方法包括，首先建立特定疾病患者DNA陰性突變背景庫，通過Z檢驗來驗證單核苷酸取代類型的突變檢測結果，通過卡方檢驗來驗證插入和缺失類型的突變檢測結果。

根據本發明的一個方面，提供感興趣突變的高通量測序突變檢測結果的驗證方法，所述方法包括以下步驟：