[發明專利]高通量測序突變檢測結果的統計學驗證方法

有效

• 申請號: 201610046810.X
• 申請日: 2016-01-22
• 公開（公告）號: CN105574365B
• 公開（公告）日: 2018-10-26
• 發明（設計）人: 劉志源;張靜波;陳威
• 申請（專利權）人: 北京圣谷同創科技發展有限公司
• 主分類號: G06F19/24
• 分類號: G06F19/24
• 代理公司: 北京中政聯科專利代理事務所(普通合伙) 11489
• 代理人: 柴智敏

1.高通量測序樣本的高通量測序突變檢測結果的驗證方法，所述方法包括以下步驟：

(1)建立感興趣突變的陰性背景突變頻率庫：對來自多個參考樣本的白細胞的DNA進行測序，獲得白細胞DNA中感興趣突變中每一個位點上的特定突變的突變頻率；對于位點i上的特定突變，將突變頻率低于5‰的所有參考樣本作為一個集合，計算該集合中該特定突變的平均突變頻率μ_i0和平均突變頻率的標準差σ_i0，由此獲得一組或多組數據，每組數據分別來自于每個集合，每組數據包括一個位點i上的特定突變的位置和突變類型、平均突變頻率μ_i0和平均突變頻率的標準差σ_i0的信息，所述一組或多組數據構成所述感興趣突變的陰性背景突變頻率庫；

(2)驗證：

對于所述高通量測序突變檢測結果中單堿基取代類型的感興趣突變的檢測結果，利用高通量測序結果中該突變的突變頻率μ_i，以及所述感興趣突變的陰性背景突變頻率庫中對應于該感興趣突變的平均突變頻率μ_i0和標準差σ_i0，通過Z檢驗進行驗證；和/或

對于所述高通量測序突變檢測結果中連續多堿基缺失類型的感興趣突變的檢測結果，利用高通量測序結果中該連續多堿基缺失類型的感興趣突變的每一個位點上的缺失突變的突變頻率μ_i，以及所述感興趣突變的陰性背景突變頻率庫中對應于該連續多堿基缺失類型的感興趣突變的每一個位點上的缺失突變的平均突變頻率μ_i0和標準差σ_i0，通過卡方檢驗進行驗證；

由此驗證高通量測序突變檢測結果中對于上述感興趣突變的檢測結果是否正確。

2.根據權利要求1所述的驗證方法，步驟(2)中通過Z檢驗對該單堿基取代類型的感興趣突變進行驗證包括：對單堿基取代類型的感興趣突變，根據下式a計算Z值：

式a：

其中，μ_i為高通量測序結果中對應于該單堿基取代類型的感興趣突變的突變頻率，μ_i0為所述感興趣突變的陰性背景突變頻率庫中對應于該感興趣突變的平均突變頻率，σ_i0為所述感興趣突變的陰性背景突變頻率庫中對應于該感興趣突變的平均突變頻率的標準差，n_i為所述感興趣突變的陰性背景突變頻率庫中對應于該感興趣突變的集合的參考樣本量；

如果計算得到的Z值小于臨界Z值，則該高通量測序樣本中的該單堿基取代類型的感興趣突變屬于背景點，驗證結果為該高通量測序樣本不存在該突變；如果計算得到的Z值大于等于臨界Z值，則該高通量測序樣本中的該單堿基取代類型的感興趣突變不屬于背景點，驗證結果為該高通量測序樣本存在該突變。

3.根據權利要求2所述的驗證方法，所述臨界Z值為1.65。

4.根據權利要求1所述的驗證方法，步驟(2)中通過卡方檢驗對該連續多堿基缺失類型的感興趣突變進行驗證包括對連續多堿基缺失類型的感興趣突變，通過下式b計算χ²值：

式b：

其中，μ_i為高通量測序結果中對應于所述連續多堿基缺失中第i個缺失位點的缺失突變的突變頻率，μ_i0為所述感興趣突變的陰性背景突變頻率庫中對應于所述連續多堿基缺失中第i個缺失位點的缺失突變的平均突變頻率，σ_i0為所述感興趣突變的陰性背景突變頻率庫中對應于所述連續多堿基缺失中第i個缺失位點的缺失突變的平均突變頻率的標準差，m是所述連續多堿基缺失中缺失位點的總數；

如果計算得到的χ²值小于臨界χ²值，則該高通量測序樣本中的該連續多堿基缺失類型的感興趣突變屬于背景點，驗證結果為該高通量測序樣本不存在該突變；如果計算得到的χ²值大于等于臨界χ²值，則該高通量測序樣本中的該連續多堿基缺失類型的感興趣突變不屬于背景點，驗證結果為該高通量測序樣本存在該突變。

5.根據權利要求4所述的驗證方法，所述臨界χ²值為5.99。