[發明專利]一種引物組及其在擴增SIV/SHIV基因組中的應用與試劑盒

有效

• 申請號: 201610041772.9
• 申請日: 2016-01-21
• 公開（公告）號: CN105624153B
• 公開（公告）日: 2018-10-12
• 發明（設計）人: 王衛;高峰;秦川;魏強
• 申請（專利權）人: 中國醫學科學院醫學實驗動物研究所;吉林大學
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12N15/10
• 代理公司: 北京集佳知識產權代理有限公司 11227
• 代理人: 趙青朵

本發明涉及分子生物學領域，尤其涉及一種引物組及其在擴增SIV/SHIV基因組的中的應用與試劑盒。本發明提供的引物組能夠具有特異性的、穩定而準確的擴增出目標序列。經瓊脂糖凝膠電泳檢測，未見非特異性條帶產生，未見拖尾或彌散現象產生。經測序后與Genbank中登錄的SIVmac239全基因組序列比對，匹配度為100％，未見堿基置換或缺失(gap)。實驗表明，本發明提供的引物組對SIV/SHIV基因組具有良好的靈敏性，在病毒拷貝數為10^0.5～1.0之間皆能起到良好的檢測效果，分析認為靈敏性的差異性與病毒序列變異度有關。

技術領域

本發明涉及分子生物學領域，尤其涉及一種引物組及其在擴增SIV/SHIV基因組中的應用與試劑盒。

背景技術

艾滋病，又稱為獲得性免疫缺陷綜合癥(Acquired Immune DeficiencySyndrome，AIDS)是由人類免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus，HIV)引起的一類死亡率極高的傳染性疾病，對全球、尤其是亞洲和非洲等廣大發展中國家人民的生命健康安全威脅極大。HIV最獨特的特征之一就是基因組的高變異性。基于基因變異，流行于全球的HIV-1分為四組，M組、O組、N組和P組，M組內又可分為A～J 10個亞型，各亞型間的基因離散率是20％～35％，同時，還有數十種循環重組型存在。病毒基因組基因分析在HIV研究的很多重大發現中扮演了重要角色，而且高水平的基因變異分析也是艾滋病廣譜疫苗研發的重要障礙。因此，高水平的病毒基因獲取技術對HIV研究至關重要。

SIV(Simian immunodeficiency virus)是一種猴免疫缺陷病毒，發現于非洲靈長類動物，與HIV-1病毒非常相似。SHIV(Simian-Human immunodeficiency virus)是人/猿嵌合免疫缺陷病毒，是應用分子生物學技術將HIV-1重要基因與SIV重組成的嵌合體病毒。由于恒河猴感染SIV和人感染HIV-1存在著相似性，繼而發展出的癥狀也和AIDS相似，這些特點可以使SIV/恒河猴動物模型用于HIV/AIDS研究。因此，SIV、SHIV病毒基因組序列的獲得及分析就顯得尤為重要。

起初，人們使用普通PCR(Bulk PCR)擴增早期血漿病毒以獲得SIV或SHIV病毒的基因組片段，然后進行Sanger測序。該方法具有簡單、易操作及成本低等優勢，也得到了急性期和早期病毒群體的大概復雜性。但是，由于SIV病毒或SHIV病毒的基因組序列長度較長，約為10000bp，普通的PCR技術往往存在重組、序列選擇及擴增序列有限的問題，這就使擴增所獲得的片段會產生一定的突變，降低了精確度，給后續序列分析造成困擾。

因此，需要進一步研究能夠精確擴增SIV或SHIV病毒基因組的引物。

發明內容

有鑒于此，本發明要解決的技術問題在于提供一種引物組及其在擴增SIV/SHIV基因組中的應用與試劑盒，本發明提供的引物特異性好，精確度高、敏感性高。

本發明提供的引物組包括SEQ ID NO:1～4所示核苷酸序列的4條引物和/或SEQID NO:5～8所示核苷酸序列的4條引物。

本發明提供的引物組在擴增SIV/SHIV基因組的中的應用。

本發明提供的引物組根據SIVmac239全基因組序列(Genbank No.M33262)保守區設計，分別位于LTR和Pol區。其中，SEQ ID NO:1～4所示核苷酸序列的4條引物用于擴增SIV/SHIV基因組的5’半長(基因組全長的509位～6236位，共計5728bp)，SEQ ID NO:5～8所示核苷酸序列的4條引物用于擴增SIV/SHIV基因組的3’半長(基因組全長的5244位～10087位，共計4844bp)。以本發明提供引物組擴增得到的5’半長和3’半長存在重復序列，經測序后能夠拼接獲得完整的SIVmac239全基因組序列。