[發(fā)明專利]用于富集循環(huán)腫瘤DNA的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201580058989.4
• 申請(qǐng)日: 2015-10-29
• 公開（公告）號(hào): CN107209190B
• 公開（公告）日: 2021-07-16
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: J.V.米卡萊夫;M.赫佐格;M.E.埃克萊斯頓
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 比利時(shí)意志有限責(zé)任公司
• 主分類號(hào): G01N33/68
• 分類號(hào): G01N33/68
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 彭昶;黃希貴

本發(fā)明涉及組蛋白結(jié)合劑用于從生物樣品中檢測(cè)、分離和/或純化腫瘤來源的無細(xì)胞核小體或循環(huán)腫瘤DNA的用途。本發(fā)明亦涉及使用所述組蛋白結(jié)合劑的方法和試劑盒。

發(fā)明領(lǐng)域

本發(fā)明涉及一種方法，其用于從血液、血清或血漿中純化或富集腫瘤來源的循環(huán)無細(xì)胞核小體及相關(guān)的循環(huán)腫瘤DNA。

發(fā)明背景

細(xì)胞DNA以稱為染色質(zhì)的蛋白質(zhì)-核酸復(fù)合物形式存在。核小體為染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的基本單元，且由纏繞在蛋白質(zhì)復(fù)合物周圍的雙鏈DNA (dsDNA)而組成。所述DNA以常常稱為類似“串珠”的結(jié)構(gòu)纏繞在連續(xù)的核小體周圍，這形成開放染色質(zhì)或常染色質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)。在壓縮染色質(zhì)或異染色質(zhì)中，所述繩串以緊密且復(fù)雜的結(jié)構(gòu)為螺旋的和超螺旋的。

染色質(zhì)中的各個(gè)核小體由八個(gè)高度保守的核心組蛋白(包含各一對(duì)組蛋白H2A、H2B、H3和H4)的蛋白質(zhì)復(fù)合物組成。圍繞該復(fù)合物纏繞著約146個(gè)堿基對(duì)(bp)的DNA。據(jù)報(bào)道無細(xì)胞核小體包含160-200 bp DNA，其可能是因?yàn)榇嬖诹硗獾慕宇^DNA。另一種組蛋白H1或H5，充當(dāng)接頭并涉及染色質(zhì)壓縮。

成年人中的正常細(xì)胞更新包括通過細(xì)胞分裂每天產(chǎn)生約10¹¹個(gè)細(xì)胞并主要通過凋亡使類似數(shù)量死亡。在凋亡的過程中，染色質(zhì)分解成單核小體和寡核小體，其中的某些可存在于循環(huán)中。在正常條件下，在健康受試者中發(fā)現(xiàn)的循環(huán)核小體的水平報(bào)道為較低的。在具有多種病況的受試者中發(fā)現(xiàn)升高的水平，所述病況包括許多癌癥、自身免疫性疾病、炎性病況、中風(fēng)和心肌梗死(Holdenreider Stieber，2009)。

DNA異常為所有癌癥疾病的特征。癌細(xì)胞的DNA在許多方面都與健康細(xì)胞的DNA不同，包括但不限于點(diǎn)突變、易位、基因拷貝數(shù)、微衛(wèi)星異常、DNA鏈完整性和核苷酸修飾(例如第5位胞嘧啶的甲基化)。在DNA結(jié)構(gòu)或序列上的這些腫瘤相關(guān)的改變，通常在活檢或手術(shù)時(shí)移除的癌細(xì)胞或組織中進(jìn)行研究，以用于臨床診斷、預(yù)后和治療目的。腫瘤遺傳特征和表觀遺傳特征，在不同的腫瘤類型之間以及在患有相同腫瘤疾病的不同患者之間均不同。此外，隨著所述疾病進(jìn)展以及在形成對(duì)藥物或其他療法的獲得性耐藥期間，在相同患者的相同癌癥中，這些特征亦隨時(shí)間改變。因此，對(duì)手術(shù)或活檢時(shí)移除的細(xì)胞中的腫瘤DNA的連續(xù)研究，可幫助臨床醫(yī)師監(jiān)測(cè)疾病進(jìn)展并在早期(可能比放射學(xué)檢測(cè)早許多個(gè)月)檢出任何復(fù)發(fā)或獲得性治療耐藥性，并允許療程中有可能的成功的變化。

然而，組織DNA檢測(cè)具有局限性，因?yàn)椴荒軐?duì)患者反復(fù)進(jìn)行侵入性活檢程序來用于監(jiān)測(cè)目的。對(duì)于一些患者而言，根本不能使用活檢。進(jìn)行活檢很昂貴，對(duì)患者而言為不適的，造成患者風(fēng)險(xiǎn)，且可能導(dǎo)致手術(shù)并發(fā)癥。此外，患者中的腫瘤可由位于相同腫瘤的不同區(qū)域內(nèi)或不同轉(zhuǎn)移內(nèi)(在轉(zhuǎn)移癌中)的多個(gè)腫瘤樣克隆組成，其并非全部都可在活檢上取樣。因此，在處于時(shí)間上的特定時(shí)刻的位于腫瘤的不同區(qū)域內(nèi)的不同腫瘤克隆之中，組織活檢DNA研究同時(shí)在時(shí)間上和空間上提供腫瘤的快照(snap-shot)。