[發明專利]用于鑒定多種癌癥類型和亞型的糖基轉移酶基因表達譜

有效

• 申請號: 201580056079.2
• 申請日: 2015-10-15
• 公開（公告）號: CN107075586B
• 公開（公告）日: 2021-03-26
• 發明（設計）人: K·J·奈杜;J·阿什卡尼
• 申請（專利權）人: 開普敦大學
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 北京市鑄成律師事務所 11313
• 代理人: 郗名悅;王建秀

本發明涉及一種通過檢測來自受試者的樣品中的糖基轉移酶基因表達對所述受試者中的癌癥類型或亞型分類的方法。具體而言，所述方法用于對所述受試者中的癌癥亞型分類時，所述糖基轉移酶基因可以是生存相關的糖基轉移酶基因。本發明還涉及包含與所述方法一起使用的糖基轉移酶基因生物標志物的試劑盒，以及使用本發明的所述方法或試劑盒治療癌癥的方法。

技術領域

本發明涉及一種鑒定受試者中的癌癥類型的方法，其包括使用已經訓練的監督算法評價來自所述受試者的樣品中的量化糖基轉移酶基因表達。另外，所述方法涉及癌癥亞型分類和/或鑒定特定癌癥類型中的癌癥亞型的方法，該方法包括使用已經訓練的無監督和監督算法評價量化糖基轉移酶基因表達。本發明還涉及包含與所述方法一起使用的糖基轉移酶基因捕獲探針或引物的試劑盒，及治療癌癥的方法，該方法包括使用本發明的方法和/或試劑盒來為受試者選擇適當的治療方案和/或監測受試者對癌癥治療的反應。

發明背景

癌癥是是本世紀最可怕的疾病之一，可危及生命。與癌癥類型有關的早期診斷和治療可以改善對癌癥患者的預后。每種類型或亞型的癌癥的分子特征影響其對治療的敏感性，這表示精確預后在使功效最大化和使治療毒性最小化中的重要性。盡管通過使用高通量技術的基因組和表觀遺傳學研究證明使用全基因表達分析的影響，在闡明癌癥的分子特征時，在生物學行為、臨床預后、治療敏感性和治療靶點上常常觀察到廣泛的多樣性。這突出了表征癌癥類型中這些可能的亞類的重要性。通過鑒定癌癥生物學中的關鍵驅動因素，可以在基因表達的背景下實現這種分類。

腫瘤細胞具有改變的細胞生物化學性質，其有利于避開生長抑制因子和凋亡以及獲得侵襲性、血管生成和轉移性質。更明確地說，具體糖基化機制的程度在多大程度上與這些途徑相互關聯是不清楚的。已知在聚糖中發生變化，并且包括在癌細胞中和癌細胞上的蛋白質和脂質上的聚糖，使這些改變的聚糖成為有前景的候選物，以用作可用于癌癥患者的早期診斷、監測和治療的癌癥生物標志物。然而，由于缺乏適于聚糖-生物標志物鑒定和檢測的分析方法，大多數現有的癌癥標志物是糖基化蛋白本身，因為敏感性和特異性差而不推薦用于早期檢測。

此外，盡管在不同癌癥亞型分型方法中使用的特征選擇算法上有進展，但是涉及不同類型癌癥的驅動基因的鑒定仍具有挑戰性。因此，為改進早期診斷和有效的癌癥治療顯著需要開發新型策略。

發明概要

根據本發明的第一個實施方案，提供了一種鑒定受試者中的癌癥類型的方法，其通過由來自所述受試者的試樣中的糖基轉移酶基因集合獲得糖基轉移酶基因表達譜，并且將來自所述試樣的基因表達譜與來自已知癌癥類型的糖基轉移酶基因表達質心的參考集進行對比，其中將所述受試者的癌癥類型鑒定為對應于與來自所述試樣的糖基轉移酶基因表達譜相比最近的參考集糖基轉移酶基因質心的癌癥類型。

所述方法可包括以下步驟：

(a)由來自所述受試者的試樣中的糖基轉移酶基因集合獲得糖基轉移酶基因表達譜，其中所述糖基轉移酶基因選自表1中所列的糖基轉移酶基因；

(b)計算所述試樣的基因表達譜與來自已知癌癥類型的參考糖基轉移酶基因表達質心集合中的每一個的距離；和

(c)將所述試樣分配為一個癌癥類型，其中所述癌癥類型確定為對應于與來自所述試樣的糖基轉移酶基因表達譜相比最近的參考集糖基轉移酶基因質心的類型。

所述方法還可包括以下步驟：

(a)獲得來自具有已知癌癥類型的受試者的癌癥樣品訓練集中每一份的糖基轉移酶基因表達譜，其中所述糖基轉移酶基因選自表1中所列的糖基轉移酶基因；

(b)使用監督算法構建所述訓練集中每種癌癥類型的基因表達質心；

(c)由來自所述受試者的試樣中的糖基轉移酶基因集合獲得糖基轉移酶基因表達譜，其中所述糖基轉移酶基因選自表1中所列的糖基轉移酶基因；