[發明專利]用于鑒定多種癌癥類型和亞型的糖基轉移酶基因表達譜

有效

• 申請號: 201580056079.2
• 申請日: 2015-10-15
• 公開（公告）號: CN107075586B
• 公開（公告）日: 2021-03-26
• 發明（設計）人: K·J·奈杜;J·阿什卡尼
• 申請（專利權）人: 開普敦大學
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 北京市鑄成律師事務所 11313
• 代理人: 郗名悅;王建秀

1.選自表1中所列的糖基轉移酶基因的糖基轉移酶基因多核苷酸序列或其片段在制造用于從由六種癌癥類型組成的組中體外鑒定來自受試者的試樣中的癌癥類型的試劑中的用途，所述六種癌癥類型選自乳腺浸潤性癌、卵巢漿液性囊腺癌、結腸腺癌、肺鱗狀細胞癌、多形性成膠質細胞瘤和腎透明細胞癌，其包括以下步驟：

(a)由來自所述受試者的所述試樣中的表1中所列的那些組成的210種糖基轉移酶基因多核苷酸序列的集合獲得糖基轉移酶基因表達譜；

(b)計算所述試樣的所述糖基轉移酶基因表達譜與來自所述六種癌癥類型的糖基轉移酶基因表達質心的參考集的距離；和

(c)將所述試樣分配為一種癌癥類型，其中將所述癌癥類型鑒定為對應于與來自所述試樣的所述糖基轉移酶基因表達譜相比所述六種癌癥類型糖基轉移酶基因表達質心的最近的糖基轉移酶基因質心參考集的癌癥類型。

2.根據權利要求1所述的用途，其包括以下步驟：

(a)獲得來自具有所述六種癌癥類型的每種的受試者的癌癥樣品的訓練集中每一份的糖基轉移酶基因表達譜，其中所述糖基轉移酶基因選自表1中所列的210種糖基轉移酶基因；

(b)使用監督算法構建所述訓練集中所述六種癌癥類型的每種的基因表達質心；

(c)由來自所述受試者的試樣中的糖基轉移酶基因集合獲得糖基轉移酶基因表達譜，其中所述糖基轉移酶基因選自表1中所列的210種糖基轉移酶基因；

(d)計算所述試樣的所述糖基轉移酶基因表達譜與來自所述六種癌癥類型的所述訓練集的每個糖基轉移酶基因表達質心的距離；和

(e)將所述試樣分配為一種癌癥類型，其中所述癌癥類型鑒定為對應于與來自所述試樣的所述糖基轉移酶基因表達譜相比所述六種癌癥類型的最近的訓練集糖基轉移酶基因質心的類型。

3.根據權利要求1所述的用途，其中所述癌癥類型的參考集或訓練集或兩者由選自以下的癌癥類型組成：乳腺浸潤性癌、卵巢漿液性囊腺癌、結腸腺癌、肺鱗狀細胞癌、多形性成膠質細胞瘤和腎透明細胞癌。

4.根據權利要求1所述的用途，其中所述用途還包括對具有所述六種癌癥類型之一的測試受試者中癌癥的亞型分類的步驟，其中所述亞型分類包括以下步驟：

(a)由來自所述測試受試者的試樣中的糖基轉移酶基因集合獲得糖基轉移酶基因表達譜，其中所述糖基轉移酶基因選自表1中所列的所述210種糖基轉移酶基因；

(b)提供來自與所述受試者的癌癥類型對應的所述癌癥類型的亞型的糖基轉移酶基因表達譜參考集，其中所述糖基轉移酶基因選自表1中所列的210種糖基轉移酶基因；

(c)對所述測試受試者糖基轉移酶基因表達譜和所述糖基轉移酶基因表達譜參考集進行無監督聚類分析；以及

(d)通過將測試糖基轉移酶基因表達譜分成對應于亞型的最近參考糖基轉移酶基因表達譜的一個或多個亞型，將測試受試者亞型分類。

5.根據權利要求4所述的用途，其中所述用途還包括對具有所述六種癌癥類型之一的測試受試者中的所述癌癥的所述亞型分類的步驟，其中所述亞型分類可選地包括以下步驟：

(a)獲得來自所述測試受試者的試樣中的糖基轉移酶基因集合的糖基轉移酶基因表達譜，其中所述糖基轉移酶基因選自表1中所列的210種糖基轉移酶基因；

(b)使用監督算法構建來自與所述受試者的所述癌癥類型對應的所述癌癥類型的亞型的參考糖基轉移酶基因表達質心的集合，其中所述糖基轉移酶基因選自表1中所列的210種糖基轉移酶基因；

(c)計算所述試樣的所述糖基轉移酶基因表達譜與來自與所述受試者的所述癌癥對應的所述癌癥的所述亞型的所述參考糖基轉移酶基因表達質心的距離；和

(d)將所述試樣分配為一種癌癥亞型，其中所述癌癥亞型鑒定為對應于與來自所述試樣的所述糖基轉移酶基因表達譜相比所述最近的參考集糖基轉移酶基因質心的亞型。