[發明專利]用于類風濕性關節炎的生物標記物及其用途

有效

• 申請號: 201580053213.3
• 申請日: 2015-07-07
• 公開（公告）號: CN108064263B
• 公開（公告）日: 2022-04-26
• 發明（設計）人: 馮強;張東亞;賈慧玨;王東輝;王俊
• 申請（專利權）人: 深圳華大生命科學研究院
• 主分類號: C12M1/34
• 分類號: C12M1/34;C12M1/00;C12Q1/6883;C12N15/11
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 趙天月

1.一種用于獲得受試者患有疾病的概率的系統，其包括：

處理器；和

存儲介質，所述存儲介質包含由所述處理器執行的程序指令，所述程序指令使所述處理器執行包括以下的步驟：

獲得從樣品提取的DNA的序列，所述樣品從受試者收集；

基于所述DNA的序列計算生物標記物的相對豐度，其中所述生物標記物包含唾液乳桿菌（Lactobacillus salivarius）基因組中的DNA序列；以及

基于所述相對豐度獲得所述受試者患有所述疾病的概率；

其中所述樣品包括從所述受試者收集的糞便樣品、牙齒樣品和唾液樣品中的至少一種；

其中所述生物標記物包括以下宏基因組連鎖群（MLG）中的至少一個：

對應于所述糞便樣品并由MLG ID NO: 2169組成的MLG；

對應于所述牙齒樣品并由MLG ID NO: 16600組成的MLG；和

對應于所述唾液樣品并且由MLG ID NO: 4643組成的MLG；其中所述疾病是類風濕性關節炎；

所述MLG為：

MLG ID NO: 2169由具有SEQ ID NO: 1~593的多核苷酸序列的基因組成，

MLG ID NO: 16600由具有SEQ ID NO: 594~1536的多核苷酸序列的基因組成，

MLG ID NO: 4643由具有SEQ ID NO: 1537~2594的多核苷酸序列的基因組成。

2.根據權利要求1所述的系統，其中基于所述DNA的序列計算所述生物標記物的相對豐度包括：

計算所述DNA的序列中所述生物標記物的每一個DNA序列的拷貝數；

對于所述DNA的序列中所述生物標記物的每一個DNA序列，基于所述DNA序列的拷貝數與所述樣品中所有DNA序列的拷貝數的總和之間的比率計算所述DNA序列的相對豐度；以及

基于所述生物標記物的至少一些DNA序列的相對豐度計算所述生物標記物的相對豐度。

3.根據權利要求2所述的系統，其中計算所述DNA的序列中所述生物標記物的每一個DNA序列的拷貝數還包括：

確定在所述樣品中能夠檢測到所述DNA序列的次數；

確定所述DNA序列的長度；以及

基于所述次數和所述長度之間的比率來計算所述拷貝數。

4.根據權利要求1所述的系統，其中獲得所述DNA的序列包括使用與所述DNA中的至少一些雜交的引物的PCR。

5.根據權利要求1所述的系統，其中獲得所述DNA的序列包括使用特異性識別所述DNA中的至少一些的一種或多種探針。

6.根據權利要求1所述的系統，其中大于預定閾值的概率指示所述受試者患有所述疾病或有風險患有所述疾病。

7.根據權利要求1所述的系統，其中基于分類器獲得所述概率。

8.根據權利要求7所述的系統，其中使用訓練集產生所述分類器，所述訓練集包括來自患有所述疾病的多個受試者和未患有所述疾病的多個受試者的樣品中所述生物標記物的相對豐度。