[發明專利]用于類風濕性關節炎的生物標記物及其用途

有效

• 申請號: 201580053213.3
• 申請日: 2015-07-07
• 公開（公告）號: CN108064263B
• 公開（公告）日: 2022-04-26
• 發明（設計）人: 馮強;張東亞;賈慧玨;王東輝;王俊
• 申請（專利權）人: 深圳華大生命科學研究院
• 主分類號: C12M1/34
• 分類號: C12M1/34;C12M1/00;C12Q1/6883;C12N15/11
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 趙天月

提供了用于預測疾病(特別是RA)的風險的生物標記物和方法。獲得DNA的序列。所述DNA可由從受試者收集的樣品中提取。然后基于DNA的序列計算生物標記物的相對豐度。所述生物標記物包含唾液乳桿菌基因組中的DNA序列。基于所述相對豐度獲得受試者患有疾病的概率。

相關申請的交叉引用

本專利申請要求PCT專利申請No.PCT/CN2014/088068、PCT/CN2014/088069和PCT/CN2014/088060的權益和優先權，其均于2014年9月30日提交，并且通過引用整體并入本文。

技術領域

本公開涉及生物醫學領域，并且具體地涉及用于預測疾病，特別是類風濕性關節炎(rheumatoid arthritis，RA)的風險的生物標記物和方法。

背景

類風濕性關節炎(RA)是一種使人衰弱的自身免疫性疾病，其影響全世界數千萬人，并增加患有心血管和其它系統性并發癥的患者的死亡率。盡管在使用疾病緩解性抗風濕藥(disease-modifying antirheumatic drug，DMARD)的許多RA患者體內成功減輕病癥，但是由于對引起或促進疾病的因素了解不足而阻礙了特異性的和更有效的療法的開發。對微生物組的研究可以揭示出預防或減輕RA的益生菌。腸道微生物群是人類健康的關鍵環境因素，在肥胖、糖尿病、結腸癌等中具有確定的作用。與腸道微生物群相比，口腔微生物群相對研究不足。一直缺乏對口腔微生物組在疾病中的作用的宏基因組分析。還不知道口腔和腸道微生物疾病標記物在其特征或功能上一致到什么程度。

發明內容

本公開涉及生物醫學領域，并且具體地涉及用于預測疾病，特別是類風濕性關節炎(RA)的風險的生物標記物和方法。

在本教導中公開了用于獲得受試者患有疾病的概率或評估關于疾病的治療的系統。

在一個實例中，公開了用于獲得受試者患有疾病的概率的系統。所述系統包括處理器和包含由處理器執行的程序指令的存儲介質。程序指令使處理器執行以下步驟。從受試者收集樣品。從樣品中提取DNA。獲得DNA的序列。然后基于DNA的序列計算生物標記物的相對豐度。生物標記物包含唾液乳桿菌(Lactobacillus salivarius)基因組中的DNA序列。基于相對豐度獲得受試者患有疾病的概率。

在另一個實例中，公開了用于評估關于疾病的治療或鑒定治療劑的系統。所述系統包括處理器和包含由處理器執行的程序指令的存儲介質。程序指令使處理器執行以下步驟。對于多個患有疾病的受試者中的每個受試者，獲得從第一樣品提取的第一DNA序列和從第二樣品提取的第二DNA序列。在受試者接受治療之前從受試者收集第一樣品。在受試者接受治療之后從受試者收集第二樣品。對于每個受試者，基于第一DNA序列計算生物標記物的第一相對豐度；并且基于第二DNA序列計算所述生物標記物的第二相對豐度。生物標記物包含唾液乳桿菌基因組中的DNA序列。然后基于針對多個受試者計算的第一相對豐度和第二相對豐度來評估治療。

在不同的實例中，公開了用于評估關于疾病的治療或鑒定治療劑的系統。所述系統包括處理器和包含由處理器執行的程序指令的存儲介質。程序指令使處理器執行以下步驟。對于多個患有疾病的受試者中的每個受試者，獲得DNA序列，其中可以從在受試者接受治療后從受試者收集的樣品中提取DNA；并且基于DNA的序列計算生物標記物的相對豐度。生物標記物包含唾液乳桿菌基因組中的DNA序列。然后基于針對多個受試者計算的相對豐度來評估治療。

本教導還公開了用于獲得受試者患有疾病的概率或評估關于疾病的治療或鑒定治療劑的方法。

在一個實例中，公開了一種方法。從受試者收集樣品。從樣品中提取DNA。獲得DNA的序列。然后基于DNA的序列計算生物標記物的相對豐度。生物標記物包含唾液乳桿菌基因組中的DNA序列。基于相對豐度獲得受試者患有疾病的概率。