[發(fā)明專利]用于在基因材料樣本中檢測微小變異體的方法和系統(tǒng)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201580052677.2
• 申請日: 2015-08-14
• 公開（公告）號: CN107077535B
• 公開（公告）日: 2021-06-22
• 發(fā)明（設計）人: H·梁;E·施賴伯
• 申請（專利權）人: 生命技術公司
• 主分類號: G16B40/00
• 分類號: G16B40/00;G16B20/00;G01N27/447
• 代理公司: 北京派特恩知識產權代理有限公司 11270
• 代理人: 胡春光;張穎玲

1.一種計算機實施的用于確定微小變異體的方法，所述方法包括：

接收來自測試樣本的電泳圖序列數據，

接收來自對照樣本的電泳圖序列數據，

使用所述對照樣本使所述測試樣本中的噪聲最小化，所述最小化包括：

從所述電泳圖中移除主要序列數據以生成所述測試樣本和所述對照樣本的非主要電泳圖，

通過修改所述對照樣本的非主要電泳圖，使所述測試樣本和所述對照樣本的非主要電泳圖之間的差異最小化，和

從所述測試樣本的所述電泳圖中減去所述對照樣本的經過修改的非主要電泳圖，

識別來自所述測試樣本的所述電泳圖序列數據的電泳圖中的任何非主要峰，

使用至少一個信號特征表征所識別的非主要峰，其中所述表征包括對非線性參數進行優(yōu)化以將表征精確度最大化，其中所述至少一個信號特征涉及峰特性，所述峰特性包括峰振幅、峰寬、峰位置、峰下面積、峰清晰度、峰對稱性、峰 不對稱性、相對于單模態(tài)模型的擬合良好度、相對于峰幅度在峰旁邊的最小值的高度、峰位置或其任何組合；

在所識別的非主要峰之間分析所述至少一個信號特征以識別離群值，其中所述離群值包括候選變異體，

評估所述候選變異體中的每個候選變異體的至少一個峰特性，以及

基于對所述候選變異體的峰特性的評估，將所述候選變異體分類成真正變異體。

2.根據權利要求1所述的方法，其中所述信號特征包含將所述非主要峰的特性與主要峰的特性比較的特征。

3.根據權利要求2所述的方法，其中所述信號特征包含將所述非主要峰的特性與所述非主要峰的主要峰的特性比較的特征。

4.根據權利要求1所述的方法，其進一步包括：

識別所述對照樣本的所述電泳圖中的任何非主要峰，

使用至少一個信號特征表征所述對照樣本的所識別的非主要峰，以及

在所述測試樣本和對照樣本的所識別的非主要峰之間分析所述至少一個信號特征以識別所述測試樣本中的所述候選變異體。

5.根據權利要求1所述的方法，其進一步包括：

接收正向和反向朝向的電泳圖序列數據，

識別正向朝向和反向朝向上的任何非主要峰，

使用至少一個信號特征來表征在所述正向朝向和所述反向朝向上所識別的非主要峰，以及

在所述正向朝向和所述反向朝向上所識別的非主要峰之間分析所述至少一個信號特征以識別所述候選變異體，其中在一個朝向上找到的每個候選變異體在相反朝向的所述電泳圖中得到確認。

6.根據權利要求1所述的方法，其中來自所述對照樣本的所述電泳圖序列數據是對照電泳圖的數字版本，所述數字版本由與所述測試樣本具有相同主要序列的第一電泳圖數據庫建構而成。

7.根據權利要求6所述的方法，其中所述對照電泳圖的所述數字版本由不與所述測試樣本具有相同主要序列的第二電泳圖數據庫數字合成，其中從所述第二電泳圖數據庫將序列片段編織在一起以建構與所述測試樣本的主要序列匹配的主要序列。