[發明專利]通過數字化轉座子的單倍體組測定

有效

• 申請號: 201580040110.3
• 申請日: 2015-05-21
• 公開（公告）號: CN107075509B
• 公開（公告）日: 2021-03-09
• 發明（設計）人: 奚雷;汪小輝;馬克·恩格;大衛·魯夫
• 申請（專利權）人: 數字基因公司
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12Q1/6806
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 鄭霞

1.一種標記樣品核酸的方法，該方法包括：

使來源于10個或更少相同細胞的樣品核酸與轉座酶接觸以形成許多轉座子-核酸區段組合，所述轉座酶能夠將轉座子隨機地并入所述樣品核酸中并且是負載的，其中轉座子與表現基因座的核酸區段相關聯；以及

檢測包含至少一個基因座的轉座子-核酸區段組合的數目，

其中所述轉座子包括一組兩個或更多個轉座子，其中：

每個轉座子包含不同的第一轉座子條形碼序列；

所述接觸形成條形編碼的核酸分子，其中特定的轉座子條形碼與表現基因座的核酸區段相關聯；

所述檢測包括檢測包含至少一個基因座的不同轉座子-核酸區段組合的數目，并且

其中所述方法包括將至少10個不同的條形碼并入所述樣品核酸中。

2.根據權利要求1所述的方法，其中不同轉座子-核酸區段組合包含在不同位點插入的相同的轉座子序列。

3.根據權利要求1所述的方法，其中不同轉座子-核酸區段組合包含通過不同的轉座酶插入的不同的轉座子序列。

4.根據權利要求1所述的方法，其中所述轉座子包括單鏈轉座子。

5.根據權利要求1所述的方法，其中所述樣品核酸包含來源于單個細胞的基因組DNA。

6.根據權利要求1所述的方法，其中所述方法包括平均每200個堿基對至10千個堿基對的基因組DNA并入一個轉座子。

7.根據權利要求1所述的方法，其中所述樣品核酸的一個子組對于允許轉座的負載的轉座酶是充分可及的，且所述樣品核酸的另一個子組對于允許轉座的負載的轉座酶不是充分可及的。

8.根據權利要求7所述的方法，其中所述樣品核酸包含染色質，并且所述對于允許轉座的負載的轉座酶充分可及的樣品核酸的子組包括在所述染色質中處于開放構型的核酸。

9.根據權利要求7所述的方法，其中所述樣品核酸包含具有關聯的甲基-CpG結合域，即MBD蛋白的染色質，并且所述對于允許轉座的負載的轉座酶不是充分可及的樣品核酸的子組包括在CpG島中的核酸。

10.根據權利要求1所述的方法，其中所述方法另外包括進行所述樣品核酸的全基因組擴增。

11.根據權利要求1所述的方法，其中所述檢測包括DNA測序。

12.根據權利要求11所述的方法，其中當所檢測的轉座子-核酸區段組合包含兩個不同的組合并且其中在所檢測的基因座處包含相同核酸序列的核酸區段與在不同插入位點處的一個或更多個轉座子、一個或更多個不同的轉座子序列和/或一個或更多個不同的條形碼、其組合相關聯時，允許將所述樣品核酸鑒別為二倍體或單倍體并且對于所述基因座是純合的或雜合的。

13.根據權利要求11所述的方法，其中當所檢測的轉座子-核酸區段組合包含兩個不同的轉座子-核酸區段組合并且其中在所檢測的基因座處包含不同核酸序列的核酸區段各自與在相同插入位點處的相同轉座子或條形碼相關聯時，允許將所述樣品核酸鑒別為在擴增或測序期間已將錯誤引入所述樣品核酸序列中的樣品核酸。

14.根據權利要求11所述的方法，其中所述轉座子包含條形碼，并且所述檢測轉座子-核酸區段組合包括檢測條形碼-核酸區段組合。

15.根據權利要求11所述的方法，其中所述方法包括以平均小于10千堿基的分辨率確定全基因組拷貝數變異。

16.根據權利要求15所述的方法，其中所述方法包括以平均500個堿基的分辨率確定全基因組拷貝數變異。