[發明專利]用于確定患有BRAF?陽性癌癥的患者為BRAF抑制劑非響應者且為MAPK/ERK抑制劑響應者的工具和方法

在審

• 申請號: 201580038260.0
• 申請日: 2015-07-13
• 公開（公告）號: CN107148481A
• 公開（公告）日: 2017-09-08
• 發明（設計）人: M.P.萊韋斯克;R.杜默;D.維德默;M.I.G.拉伊吉馬克斯
• 申請（專利權）人: 蘇黎世大學醫學與自然科學院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;A61K31/7088;A61K39/395;A61P35/00
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司72001
• 代理人: 梁謀,黃希貴

本發明涉及診斷學領域，特別是癌癥診斷。更具體地，本發明涉及用于確定患有BRAF-陽性癌癥的對象是否為BRAF抑制劑的非響應者，和/或MAPK/ERK抑制劑的響應者，用于診斷癌癥的方法，用于評估對象對靶向療法的響應性的方法，以及用于評估對象的癌癥的方法。此外，本發明還涉及用于診斷癌癥的試劑盒和設備。進一步地，本發明涉及MAPK/ERK抑制劑，其用于治療患有BRAF-陽性癌癥的對象。

用于晚期疾病的黑素瘤療法在最近幾年取得了巨大的進展^1-3，但一些患者對靶向療法原生內在抗性，以及在大多數其他患者中的延遲獲得性抗性的發作，仍構成轉移性黑素瘤的臨床管理的主要挑戰 ⁴。

然而，下一代測序(NGS)技術的出現允許解決常規療法如何影響患者體內遺傳變異的異質情形，以及確定治療抗性的來源的問題。除了闡明癌癥進展的新機制，NGS應用還提供了用于隨時間的克隆多樣性變化的量化和建模的大型數據集。在一些癌癥中，整體遺傳多樣性量度已顯示預示腫瘤進展 ⁵。

特別地，轉移性黑素瘤具有任何癌癥中最高的突變率之一 ⁶。一些研究已經確定基因組特征，例如在原位瘤和轉移瘤之間不同的異質性損失，其他研究已顯示這種遺傳異質性也存在于單個腫瘤內。

在治療抗性背景下，現已在大量患者群之間證實了對靶向治療響應的很多遺傳和轉錄機制，但對系統治療的個體癌癥基因組進化仍了解不足^9,10。已顯示少數亞克隆展示出對療法的敏感性降低 ⁷，并且更近期的研究已揭示接受靶向BRAF抑制劑的患者具有不同的抗性機制，其源自這種潛在的腫瘤內分子異質性。

通常可以區分兩種不同的治療抗性機制：內在(原生)的和獲得(次生)的。內在抗性腫瘤或者一開始就不響應或者包含抗性亞克隆，其在治療期間被快速地選擇，導致不能減小腫瘤負荷和快速復發。獲得性抗性機制在治療期間產生，并且可包括MAPK途徑的基因中的其他活化突變的選擇和發生 ^10,24,25或MAPK抑制劑中的失活突變 ²⁶。另外，還報道了BRAF轉錄物的可變剪接和其他非遺傳機制在治療抗性中發揮作用 ²⁷。盡管有大量研究涉及這個問題，但已知抗性機制的列表遠遠沒有完成，并且在很多個體病例中，抗性的機制還是未知的。

活化BRAF或NRAS突變常見于人黑素瘤中。盡管BRAF和NRAS活化突變可共存于相同的黑素瘤中，但認為在單細胞水平上它們是相互排斥的 ⁴⁵。此外，NRAS突變或BRAF突變的存在與明顯的體外和體內生長性質相關，并可直接影響突變黑素瘤的臨床管理 ⁴⁵。

根據上述腫瘤抗性機制，非常期望表征用于適合的治療干預的癌癥，并且特別是關于其響應BRAF抑制劑治療的能力。

可見，本發明的主要技術問題是提供遵照上述需求的工具和方法。所述技術問題通過權利要求書和下文中表征的實施方式解決。

因此，本發明涉及用于確定患有BRAF-陽性癌癥的對象是否為BRAF抑制劑非響應者和/或為MAPK/ERK抑制劑響應者的方法，所述方法包括以下步驟：

(a)測定所述對象的樣品中是否至少在NRAS基因中存在至少一個突變；和

(b) 如果已測定出在NRAS基因中的所述至少一個突變，則將所述對象確定為BRAF抑制劑非響應者和MAPK/ERK抑制劑響應者。

本發明的方法優選為離體方法。此外，其可包括上文明確提及的那些之外的步驟。例如，進一步的步驟可涉及樣品預處理或對所述方法獲得的結果的評價。所述方法可以手工或由自動操作輔助進行。優選地，步驟(a)和/或(b)可以完全或部分地由自動操作輔助，例如，通過用于步驟(a)的測定的適合的機器人和傳感設備，和/或用于步驟(b)中的確定的在數據處理設備上的計算機實現的計算算法。