[發明專利]用于確定患有BRAF?陽性癌癥的患者為BRAF抑制劑非響應者且為MAPK/ERK抑制劑響應者的工具和方法

在審

• 申請號: 201580038260.0
• 申請日: 2015-07-13
• 公開（公告）號: CN107148481A
• 公開（公告）日: 2017-09-08
• 發明（設計）人: M.P.萊韋斯克;R.杜默;D.維德默;M.I.G.拉伊吉馬克斯
• 申請（專利權）人: 蘇黎世大學醫學與自然科學院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;A61K31/7088;A61K39/395;A61P35/00
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司72001
• 代理人: 梁謀,黃希貴

1.用于確定患有BRAF-陽性癌癥的對象是否為BRAF抑制劑非響應者和/或為MAPK/ERK抑制劑響應者的方法，所述方法包括以下步驟：

(a) 測定所述對象的樣品中是否至少在NRAS基因中存在至少一個突變；和

(b) 如果已測定出在NRAS基因中的所述至少一個突變，則將所述對象確定為BRAF抑制劑非響應者和MAPK/ERK抑制劑響應者。

2.權利要求1的方法，其中所述方法進一步包括測定BRAF基因中至少一個突變的存在與否，由此所述至少一個突變的存在進一步將所述對象確定為BRAF抑制劑非響應者和MAPK/ERK抑制劑響應者。

3.權利要求1或2的方法，其中所述BRAF-陽性癌癥是黑素瘤癌癥。

4.權利要求1至3中任一項的方法，其中所述BRAF-陽性癌癥由源自單細胞克隆的細胞群組成。

5.權利要求4的方法，其中所述細胞群的細胞在其基因組中包含在BRAF基因中的至少一個突變和在NRAS基因中的至少一個突變。

6.權利要求1至5中任一項的方法，其中所述BRAF-抑制劑是BRAF活性的小分子抑制劑，并且優選LGX818、PLX4032和/或GSK2118436。

7.權利要求1至6中任一項的方法，其中所述MAPK/ERK抑制劑是MEK或ERK活性的小分子抑制劑，并且優選GSK1120212、MEK162，并且所述ERK活性的抑制劑是SCH772984。

8.權利要求1至7中任一項的方法，其中所述NRAS基因的突變導致在對應于人NRAS蛋白的外顯子2的氨基酸61的位置的氨基酸取代。

9.權利要求8的方法，其中所述氨基酸取代是谷氨酰胺至賴氨酸的取代(Q61K)、谷氨酰胺至精氨酸的取代(Q61R)，或谷氨酰胺至亮氨酸的取代(Q61L)。

10.權利要求2至9中任一項的方法，其中所述BRAF基因的突變導致在對應于人BRAF蛋白的外顯子15的氨基酸600的位置的氨基酸取代。

11.權利要求10的方法，其中所述氨基酸取代是纈氨酸至谷氨酸的取代(V600E)、纈氨酸至賴氨酸的取代(V600K)、纈氨酸至精氨酸的取代(V600R)，或纈氨酸至天冬氨酸的取代(V600D)。

12.權利要求1至11中任一項的方法，其中通過以下測定NRAS核酸的催化亞基的外顯子2中的所述至少一個突變的存在：

a) 使來自所述對象的樣品中的核酸接觸一種或多種選自以下的基因座特異性寡核苷酸：GGTGAAACCTGTTTGTTGGACAT (SEQ ID NO:7)；TGTATTGGTCTCTCATGGCACTGT (SEQ ID NO:8)；GATAGGCAGAAATGGGCTTGA (SEQ ID NO:9)；和ATCATCCTTTCAGAGAAAATAATGC (SEQ ID NO:10)；

b) 在允許所述寡核苷酸與其在NRAS核酸中的靶序列的特異性雜交的條件下溫育所述樣品；

c) 檢測所述雜交；和

d) 基于步驟c)中檢測的所述雜交測定所述至少一個突變。

13.權利要求12的方法，其中步驟b)進一步包括生成包含NRAS核酸內的靶序列的擴增產物的步驟，其通過使用以下寡核苷酸引物中的一個或兩個擴增樣品中的NRAS核酸：具有SEQ ID NO:11的正向寡核苷酸引物和具有SEQ ID NO:12的反向寡核苷酸引物。