[發明專利]一種預測細胞表型不穩定性的方法

有效

• 申請號: 201580027265.3
• 申請日: 2015-04-02
• 公開（公告）號: CN106662574B
• 公開（公告）日: 2018-07-17
• 發明（設計）人: B·湯普森;D·詹姆斯;J·克利福德
• 申請（專利權）人: 瓦里泰細胞有限公司
• 主分類號: C12Q1/02
• 分類號: C12Q1/02;G01N33/50
• 代理公司: 廣州嘉權專利商標事務所有限公司 44205
• 代理人: 江側燕

一種預測細胞系表型穩定性的方法，包括步驟：在測定期培養細胞系，以及在測定期的多個不同時間點產生細胞系的環境響應指紋，其中每個環境響應指紋通過在多種化學細胞應激源存在時測定細胞的環境響應產生。比較多個環境響應指紋以檢測測定期所述環境響應指紋的改變。在測定期所述環境響應指紋的改變程度指示所述細胞系中預測的表型不穩定性程度。該環境響應可以是生長響應、產量響應或者其它可檢測的環境響應。

簡介

本發明涉及一種預測細胞(通常是哺乳動物生產細胞)表型不穩定性的方法。

發明背景

從調控的角度來看穩定性的主要方面僅指產物，即該產物一致的特性(例如一致的糖型和更普遍的體內活性)。

但是，從生產的角度來看，穩定性的重要方面理所當然的是產物的質量，還有生產克隆細胞系的一致生長和產率。例如，根據Lonza^TM指南，倍增數超過40(大約10次傳代)產物滴定度的變化超過30％則被認為是不穩定的細胞系。

該細胞系的改變可以歸因于基因復制數目、mRNA復制數目的改變，以及整個細胞潛在的改變(即蛋白質組和代謝組的改變)。細胞基因組的改變表明一定程度的表型基因的不穩定或者“突變表型”(Loeb等，1999)。任何已經變成這種表型的克隆細胞系很有可能會出現表型中其它相關改變。

本發明的目的是至少解決一個上文提及的問題。

發明內容

本發明提供了一種預測細胞系表型穩定性的方法，包括以下步驟：

-在測定期培養所述細胞系；

-在測定期的多個不同時間點產生細胞系的環境響應指紋，其中每個環境響應指紋通過在多種化學細胞應激源存在時測定細胞的環境響應產生；以及

-比較多個環境響應指紋以檢測測定期所述環境響應指紋的改變，其中在測定期所述環境響應指紋的改變程度指示所述細胞系中預測的表型不穩定性程度。

典型地，比較多個環境響應指紋以檢測測定期環境響應指紋改變的步驟包括：檢測所述或每種化學細胞應激源特異性環境響應的改變的步驟。

合適地，所述環境響應是生長響應。

優選地，所述多個不同時間點在測定期跨越一代或多代。

典型地，所述環境響應指紋在測定期內產生三個或更多個時間點。

合適地，所述環境響應指紋在測定期內產生四個或更多個時間點。

通常，每個環境響應指紋通過在至少三種不同的化學細胞應激源中的每種存在時測定細胞的環境響應而產生。

優選地，每個環境響應指紋通過在至少五種不同的化學細胞應激源中的每種存在時測定細胞的環境響應而產生。

合適地，該化學細胞應激源選自于氨基酸轉運抑制劑、細胞周期抑制劑、碳源、滲透壓應激源、氧化應激源、細胞凋亡誘導劑、代謝效應物、pH調節劑、糖酵解抑制劑和毒素。

通常，所述細胞系是哺乳動物的生產細胞系。

典型地，在測定期的環境響應指紋的改變是測定的數學模型方法，適當地是使用一個或多個具有已知的表型穩定性或不穩定性或二者的細胞環境響應指紋產生的數學模型。典型地，所述數學模型使用選自于歐幾里得距離、馬哈拉諾比斯距離、LDA距離、PCA距離的方法。

本發明也提供一種鑒定細胞的系統，該系統包括：

-包括多個反應室的裝置；

-單獨設置在所述反應室中的多種化學細胞應激源；

-在多種化學細胞應激源中的每種存在時測定細胞的環境響應的測定系統；