[發(fā)明專利]用于驗(yàn)證測序結(jié)果的系統(tǒng)和方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201580023686.9
• 申請日: 2015-05-13
• 公開（公告）號(hào): CN106661613B
• 公開（公告）日: 2020-12-08
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: D·布林扎
• 申請（專利權(quán)）人: 生命科技股份有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6806
• 分類號(hào): C12Q1/6806;C12Q1/6869;G16B30/10
• 代理公司: 上海專利商標(biāo)事務(wù)所有限公司 31100
• 代理人: 余穎;楊昀

1.一種檢驗(yàn)核酸樣品中的變異體的方法，其包含：

在引物池存在下使核酸樣品的目標(biāo)區(qū)擴(kuò)增以產(chǎn)生多個(gè)擴(kuò)增子，所述引物池包括第一和第二目標(biāo)特異性引物以及變異體特異性引物，所述變異體特異性引物包括變異體特異性條碼序列和變異體序列；

對所述擴(kuò)增子進(jìn)行測序，以產(chǎn)生多個(gè)讀數(shù)；

將所述讀數(shù)與參考序列比對；

鑒別出作為候選變異體的目標(biāo)區(qū)中的定位的位置處目標(biāo)讀數(shù)序列與參考序列的差異；

以及

基于鑒別定位到候選變異體位置的含有所述變異體特異性條碼序列和變異體序列的讀數(shù)來檢驗(yàn)變異體在目標(biāo)區(qū)的候選變異體位置處的存在。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述變異體包括同聚體。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述變異體包括單核苷酸多態(tài)性。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其進(jìn)一步包含在所述第一和第二目標(biāo)特異性引物存在下使核酸樣品的所述目標(biāo)區(qū)擴(kuò)增以產(chǎn)生全長目標(biāo)擴(kuò)增子。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其進(jìn)一步包含基于來自所述全長目標(biāo)擴(kuò)增子的讀數(shù)序列來確定所述核酸樣品的所述目標(biāo)區(qū)的序列。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其進(jìn)一步包含在測序之前將銜接子接合到擴(kuò)增子。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述銜接子包括樣品特異性條碼序列。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其進(jìn)一步包含基于存在所述樣品特異性條碼序列來鑒別讀數(shù)對應(yīng)于所述核酸樣品。

9.一種驗(yàn)證核酸樣品中變異體的方法，其包含：

在第一和第二目標(biāo)特異性引物存在下使核酸樣品的目標(biāo)區(qū)擴(kuò)增以產(chǎn)生多個(gè)全長目標(biāo)擴(kuò)增子；

在第一和第二目標(biāo)特異性引物以及變異體特異性引物存在下使核酸樣品的所述目標(biāo)區(qū)擴(kuò)增以產(chǎn)生多個(gè)變異體特異性擴(kuò)增子，變異體特異性引物包括變異體特異性條碼和變異體序列；

對所述全長目標(biāo)擴(kuò)增子進(jìn)行測序，以產(chǎn)生多個(gè)全長目標(biāo)讀數(shù)；

對所述變異體特異性擴(kuò)增子進(jìn)行測序，以產(chǎn)生多個(gè)變異體特異性讀數(shù)；

將所述全長目標(biāo)讀數(shù)和變異體特異性讀數(shù)與參考序列比對；

基于所述全長目標(biāo)的序列來確定所述目標(biāo)區(qū)的序列；

鑒別出作為候選變異體的目標(biāo)區(qū)中的定位的位置處全長目標(biāo)讀數(shù)序列與參考序列的差異；

以及

基于鑒別定位到候選變異體位置的含有所述變異體特異性條碼序列和變異體序列的讀數(shù)來檢驗(yàn)變異體在目標(biāo)區(qū)的候選變異體位置處的存在。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中所述變異體包括同聚體。

11.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中所述變異體包括單核苷酸多態(tài)性。

12.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中擴(kuò)增以產(chǎn)生全長目標(biāo)擴(kuò)增子和擴(kuò)增以產(chǎn)生變異體特異性擴(kuò)增子在同一多重PCR反應(yīng)中發(fā)生。

13.如權(quán)利要求12所述的方法，其中相對于所述特異性引物存在過量的所述第一和第二目標(biāo)特異性引物。

14.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其進(jìn)一步包含在測序之前將銜接子接合到所述全長目標(biāo)擴(kuò)增子和變異體特異性擴(kuò)增子。

15.根據(jù)權(quán)利要求14所述的方法，其中所述銜接子包括樣品特異性條碼序列。

16.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其進(jìn)一步包含基于存在所述樣品特異性條碼序列來鑒別讀數(shù)對應(yīng)于所述核酸樣品。