[發明專利]定點檢測變異的方法和裝置

有效

• 申請號: 201510981920.0
• 申請日: 2015-12-22
• 公開（公告）號: CN106909806B
• 公開（公告）日: 2019-04-09
• 發明（設計）人: 劉繼龍;費凌娜;劉足;張紀斌;邵迪
• 申請（專利權）人: 廣州華大基因醫學檢驗所有限公司;深圳華大生命科學研究院
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B25/10
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

本發明公開了一種定點檢出變異的方法，包括：基于變異的已知信息，確定變異的指定位點和包含該變異的參考序列；獲取待測樣本的核酸的測序數據，測序數據包括多個讀段；提取測序數據中包含指定位點的讀段，獲得指定讀段；以指定讀段上的指定位點為中心，往兩端方向各延伸N個bp，獲得指定片段，4≤N≤10；將指定片段與包含變異的參考序列進行比對，獲得支持讀段，支持讀段為與包含變異的參考序列匹配的指定片段所在的讀段；統計支持讀段的量，基于支持讀段的量判斷所述變異是否存在。該方法基于關注讀段中是否存在發生變異后應當具有的序列特征來進行變異定點檢測，能夠規避變異位點附近比對質量下降的問題，能夠快速精確的檢出變異。

技術領域

本發明涉及生物信息領域，具體的，本發明涉及定點檢測變異的方法和裝置，更具體的，本發明涉及一種定點檢出變異的方法、一種定點檢出變異的裝置、一種檢測融合基因突變的方法和一種檢測融合基因突變的裝置。

背景技術

癌癥由遺傳基因的改變導致，不同癌癥、不同患者具有不同類型的基因變異，找到癌癥患者的基因突變類型是個體化的治療的基礎，同時能夠幫助我們更清晰的認識癌癥的機理。

目前，臨床上主要通過armsPCR方法來檢測SNV、INDEL，通過FISH的方法來檢測基因融合，這兩種實驗方法價格高，探針是針對特定突變設計的，難增加新的突變檢測位點。

隨著基因組學和生物信息學的不斷發展，NGS高通量方法逐漸在這個領域內得到應用。利用高通量方法同時對患者的癌癥組織和正常血細胞對照進行測序，首先在癌癥組織中檢測變異，然后去掉在對照中存在的germline變異(生殖細胞變異)，從而得到最終的somatic變異(體細胞變異)。在這種情況下，檢測結果中會包含大量的臨床意義未明的變異，這類變異對臨床醫生并沒有有效的指導作用；檢測過程中同時需要癌癥組織和血細胞進行測序，增加了工作量；更重要的是INDEL附近的堿基的比對質量會下降，例如對EGFRc.2238_2248>GC這類肺癌中存在的復雜INDEL(complex INDEL)變異，缺失(deletion)后插入的GC堿基可能會比對到不同的位置，傳統的變異檢測方法對這種變異的檢測很困難。

發明內容

依據本發明的一方面提供一種定點檢出變異的方法，該方法包括：基于所述變異的已知信息，確定所述變異的指定位點和包含所述變異的參考序列；獲取待測樣本的核酸的測序數據，所述測序數據包括多個讀段；提取所述測序數據中包含所述指定位點的讀段，獲得指定讀段；以所述指定讀段上的指定位點為中心，往兩端方向各延伸N個bp，獲得指定片段，4≤N≤10；將所述指定片段與所述包含所述變異的參考序列進行比對，獲得支持讀段，所述支持讀段為與所述參考序列匹配的指定片段所在的讀段；統計所述支持讀段的量，基于所述支持讀段的量判斷所述變異是否存在。

依據本發明的另一方面提供一種計算機可讀存儲介質，用于存儲供計算機執行的第一程序，本領域普通技術人員可以理解，在執行該第一程序時，通過指令相關硬件可完成上述定點檢出變異的方法的全部或部分步驟。所稱存儲介質可以包括：只讀存儲器、隨機存儲器、磁盤或光盤等。

依據本發明的再一方面提供一種定點檢出變異的裝置，該裝置包括：數據輸入單元，用于輸入數據；數據輸出單元，用于輸出數據；處理器，用于執行第一計算機可執行程序，所述第一計算機可執行程序的執行包括完成上述本發明一方面的定點檢出變異的方法；存儲單元，與所述數據輸入單元、數據輸出單元和處理器相連，用于存儲數據，其中包括所述第一計算機可執行程序。

上述本發明一方面的方法、計算機可讀存儲介質和/或裝置，基于關注讀段中是否存在發生變異后應當具有的序列特征來進行定點變異檢測，能夠規避變異位點附近比對質量下降、變異位點周邊比對存在干擾等問題，能夠快速精確的檢出變異。