[發明專利]定點檢測變異的方法和裝置

有效

• 申請號: 201510981920.0
• 申請日: 2015-12-22
• 公開（公告）號: CN106909806B
• 公開（公告）日: 2019-04-09
• 發明（設計）人: 劉繼龍;費凌娜;劉足;張紀斌;邵迪
• 申請（專利權）人: 廣州華大基因醫學檢驗所有限公司;深圳華大生命科學研究院
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B25/10
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

1.一種定點檢出變異的方法，其特征在于，包括：

基于所述變異的已知信息，確定所述變異的指定位點和包含所述變異的參考序列；

獲取待測樣本的核酸的測序數據，所述測序數據包括多個讀段；

提取所述測序數據中包含所述指定位點的讀段，獲得指定讀段；

以所述指定讀段上的指定位點為中心，往兩端方向各延伸N個bp，獲得指定片段，4≤N≤10；

將所述指定片段與所述包含所述變異的參考序列進行比對，獲得支持讀段，所述支持讀段為與所述參考序列匹配的指定片段所在的讀段；

統計所述支持讀段的量，基于所述支持讀段的量判斷所述變異是否存在；

所述基于支持讀段的量判斷所述變異是否存在，包括：

將所述支持讀段的量代入到以下模型，獲得參考值LOD(m,f)，

所述模型基于以下兩點假設而建立：

(1)對于任一位點，假設參考基因組對應的堿基為r∈{A,T,C,G}，

(2)對于任一位點，假設覆蓋該位點的所有讀段的對應堿基為b_i，堿基質量值為q_i，則對應的堿基錯誤率為d表示該位點對應的測序深度，其中

M₀表示所述位點的變異不存在，該位點與參考基因組堿基不同是由于系統誤差導致的，

表示所述位點的變異真實存在，所述變異為r突變為m，f為等位基因突變頻率，既不為r、也不為m的堿基是系統誤差造成的，

L(M₀)表示所述位點的測序數據的分布情況符合M₀的概率，將所述支持讀段的量代入式I以確定L(M₀)，

表示該所述位點的測序數據的分布情況符合的概率，將所述支持讀段的量代入式III以確定

將所述參考值與閾值比較，當所述參考值大于所述閾值，判定所述待測樣本存在所述變異。

2.權利要求1所述的方法，其特征在于，所述提取測序數據中包含所述指定位點的讀段，獲得指定讀段，包括：

將所述測序數據與包含所述變異的參考序列進行比對，比對到所述參考序列上對應的指定位點位置的讀段為所述指定讀段。

3.權利要求2所述的方法，其特征在于，獲得指定讀段之后，對所述指定讀段進行過濾，其中包括過濾掉指定位點位于讀段的末端N bp內的指定讀段。

4.權利要求1所述的方法，其特征在于，N＝5。

5.權利要求1-4任一所述的方法，其特征在于，所述變異選自SNP和INDEL中的至少一種。

6.一種定點檢出變異的裝置，其特征在于，包括：

數據輸入單元，用于輸入數據；

數據輸出單元，用于輸出數據；

處理器，用于執行第一計算機可執行程序，所述第一計算機可執行程序的執行包括完成權利要求1-5任一所述的方法；

存儲單元，與所述數據輸入單元、數據輸出單元和處理器相連，用于存儲數據，其中包括所述第一計算機可執行程序。

7.一種檢測融合基因突變的方法，其特征在于，包括：

獲取待測樣本的測序結果，所述測序結果包括多個讀段；

提取所述測序結果中的割裂讀段，所述割裂讀段為同一讀段的兩部分分別匹配到參考序列兩個不同位置的讀段；

分析匹配到所述參考序列上相同位置的割裂讀段的數量，確定候選斷點；

截取匹配到第一融合基因位置的割裂讀段的不匹配所述第一融合基因位置的部分，以獲得第一割裂片段，將所述第一割裂片段進行組裝，獲得第一一致性序列，定義所述參考序列上候選斷點相應位置為第一融合基因位置；

將所述第一一致性序列與所述參考序列進行比對，定義所述第一一致性序列與所述參考序列匹配的位置為第二融合基因位置；

截取匹配到所述第二融合基因位置的割裂讀段的不匹配所述第二融合基因位置的部分，獲得第二割裂片段，將所述第二割裂片段進行組裝，獲得第二一致性序列；

將所述第二一致性序列與所述參考序列進行比對，若所述第二一致性序列與所述參考序列匹配的位置為所述第一融合基因位置，確定存在所述融合基因突變。