[發明專利]小細環病毒及其獲得方法和應用

在審

• 申請號: 201510924817.2
• 申請日: 2015-12-11
• 公開（公告）號: CN106867972A
• 公開（公告）日: 2017-06-20
• 發明（設計）人: 張羽;馮希平;李飛;單同領
• 申請（專利權）人: 上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院
• 主分類號: C12N7/00
• 分類號: C12N7/00;C12N15/34;C12N15/10;C12Q1/70;C12Q1/68;C07K16/08;G01N33/569;A61K45/00;A61P31/20;A61P1/02;C12R1/93
• 代理公司: 上海序倫律師事務所31276
• 代理人: 周東萍

技術領域

本發明涉及口腔醫學和病毒學技術領域，尤其涉及一種從牙周炎患者口腔中分離獲得的小細環病毒及其獲得方法和應用。

背景技術

牙周病是一組復雜的感染性疾病，通常認為其由細菌刺激引起、由人體免疫等多因素參與。牙周病以牙槽骨吸收、牙齒松動及脫落為主要臨床癥狀，已經成為成年人失牙的主要原因。重度牙周炎不僅會影響口腔健康，還與糖尿病、心血管疾病、低體重新生兒及早產等系統性疾病相關，對全身健康產生嚴重的負面影響。傳統的牙周病病因學研究通常認為牙周病的發病與特定種類的細菌感染相關，然而細菌致病理論卻并不能完整地解釋牙周病的各種臨床特征。例如，Umeda等研究發現，牙周致病菌廣泛存在于唾液之中，接觸所有牙齒，但是牙周病卻常常不是全口發病，而僅影響有限數目的牙齒，具有位點特異性；盡管牙周環境中總有不同種類和數目的牙周致病菌持續感染和定植，但是牙周病卻通常是短期發病，有自限性；病毒作為另一種潛在的牙周病致病因素逐漸受到關注，牙周病發病過程中，與病毒相關的牙周致病菌的粘附定植、病毒導致的宿主抗牙周致病菌的免疫功能抑制、與牙周病相關的病毒激活等機制可相對合理地解釋菌斑量與牙周炎嚴重程度、進展速度的關系。病毒宏基因組學作為一項新興技術能充分挖掘特定環境中的病毒群落和未知病毒。

TTV是一種無囊膜的單鏈環狀DNA病毒，于1997年首次被發現,屬于指環病毒科(Anelloviridae)。分為三屬:torqueteno virus(TTV)s；torque teno mini virus(TTMV)；torque teno midi virus(TTMDV)。目前TTV的研究較多，但是，指環病毒是否致病仍是一個懸而未決的問題。

發明內容

本發明要解決的技術問題是提供一種小細環病毒(TTMV)，該病毒是從牙周炎患者牙周袋內壁牙齦上皮中分離獲得的新病毒，經病例對照研究發現與牙周病發病有關，為牙周病的治療與預防提供新的解決方案。

此外，還需要提供一種上述小細環病毒的獲得方法和應用。

為了解決上述技術問題，本發明通過如下技術方案實現:

在本發明的一個方面，提供了一種小細環病毒，該病毒包含：編碼SEQ ID NO.1所示氨基酸序列的核苷酸序列。

優選的，所述病毒具有SEQ ID NO.2所示的全長核苷酸序列。

在本發明的另一方面，還提供了一種重組載體，包含上述小細環病毒的全部或部分核苷酸序列。

所述重組載體包括重組克隆載體或重組表達載體。

在本發明的另一方面，還提供了一種抗小細環病毒的抗體，該抗體與SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列或其部分片段特異性結合。

在本發明的另一方面，還提供了一種檢測小細環病毒的試劑盒，包含特異性針對SEQ ID NO.2所示全部或部分核苷酸序列設計的引物對。利用該試劑盒，通過簡單的PCR反應就可以檢測出本發明的小細環病毒。

在本發明的另一方面，還提供了一種檢測小細環病毒的試劑盒，包含上述的抗體。利用該試劑盒，通過ELISA等方法就可檢測出本發明的小細環病毒。

在本發明的另一方面，還提供了一種小細環病毒的獲得方法，包括以下步驟：

取牙周炎患者牙齦組織樣品，提取該樣品中的病毒基因組；

將所述病毒基因組反轉錄成病毒cDNA，再用隨機引物進行PCR擴增，擴增后的產物通過高通量測序，構建測序文庫；

將高通量測序結果進行數據預處理后，把長度大于100bp的短序列拼接為重疊群；

將拼接的序列與數據庫中的已知序列數據進行比對，找出序列之間的相似性；

分析比對結果，依據已知序列設計擴增引物，通過巢式PCR擴增，獲得未知病毒的全長基因序列，該基因序列編碼SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列；

經系統進化樹分析，對未知病毒進行物種分類，將該未知病毒歸類為小細環病毒。

在本發明的另一方面，還提供了一種上述小細環病毒的應用，用于篩選預防或治療牙周病的藥物。

在本發明的另一方面，還提供了一種抗上述小細環病毒的藥物。

在本發明的另一方面，還提供了一種上述藥物的應用，用于制備預防或治療牙周病的藥物。