[發明專利]IL28B基因位點多態性檢測引物組合物和試劑盒

在審

• 申請號: 201510518329.1
• 申請日: 2015-08-21
• 公開（公告）號: CN105002294A
• 公開（公告）日: 2015-10-28
• 發明（設計）人: 李江浩;朱柳;王佳;袁太明
• 申請（專利權）人: 北京鑫諾美迪基因檢測技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京同輝知識產權代理事務所(普通合伙) 11357
• 代理人: 孫艷敏;楊敬

技術領域

本發明涉及基因檢測技術領域，具體涉及IL28B基因位點多態性檢測引物組合物和試劑盒。

背景技術

丙型肝炎是嚴重威脅人類生命的傳染病之一，目前我國約有3700萬~4000萬感染者。每年的新發病例約300萬~400萬，其主要通過血源性途徑進行傳播，包括輸血、性接觸傳播、紋身和吸毒等。

根據丙型肝炎病毒（HCV）基因序列的差異，可將HCV分為6個基因型（1-6），每個基因型又可分為不同亞型。HCV基因型分布具有明顯的地域性，其中1型呈全球性分布，占所有HCV感染者的70%以上。1b和2a基因型在我國較為常見，其中以1b型為主。

目前HCV標準治療方法是聚乙二醇干擾素聯合利巴韋林治療48周，但是對于1型丙型肝炎的病人來說，只有42%~52%的病人可獲得持續的病毒學應答，同時由于干擾素的不良作用，導致10%~14%的病人被迫提前停藥或減量。研究發現編碼γ3干擾素（IFNγ3）的IL28B基因附近有一些單核苷酸多態位點與HCV病毒自發清除能力及對干擾素的應答有關。當這些等位基因發生突變后，患者的HCV自發清除和對干擾素應答能力發生明顯變化。其中IL28B的860C>T?SNP點基因型為C/C的患者的持續病毒學應答百分比明顯高于T/T基因型患者；此外，IL28B的917T>G?SNP點基因型為T/T的患者較T/G和G/G基因型患者的持續病毒學應答率更高。

因此，IL28B基因上的SNP位點860C>T和917T>G的基因多態性對HCV感染者標準化治療影響重大，通過對IL28B基因上860C>T和917T>G兩個SNP點基因型的檢測來輔助臨床診斷，為臨床醫生選擇藥物提供參考。

目前，檢測基因位點多態性的技術手段有很多，但是大多數均停留在實驗室水平，還不能真正應用于醫療機構的日常檢測中，以下介紹目前存在的檢測技術：

2.1?單鏈構象多態性技術(PCR-SSCP)

利用點突變或SNP可以對短的DNA單鏈構象造成影響，從而導致電泳速度的不同來進行檢測。特點是可以進行特定區域突變的篩查，但需要跑PAGE膠，較為繁瑣，并有一定的漏檢率。

2.2?高分辨率融解曲線分析(HRM)

這是近兩年發展起來的新技術，原理簡便，不需要對反應條件和體系進行特別的優化，容易實現，可進行突變的篩查，但需要特定儀器和試劑的支持。并且只能對片段內突變點進行檢測，不能確定檢測突變點的具體位置，容易造成假陽性結果。

2.3?Taqman探針法(定量PCR)

適合已知SNP位點、位點數量少、通量高的檢測。但是探針合成費用價格昂貴，不能同時發現未知SNP位點，并且容易造成假陽性結果。

2.4?變性高效液相色譜(DHPLC)

對于特定位點的突變檢測，需要摸索各種條件，穩定性較差，影響因素太多，所以不容易做好。

2.5?限制性內切酶酶切法

根據突變或SNP位點選擇合適的內切酶對PCR產物進行酶切，然后電泳鑒定。該方法穩定可靠，但要注意酶切效率完全，而且不是所有的突變或SNP位點都有酶可以選擇，容易造成污染。

2.6?芯片技術

與傳統的儀器檢測方法相比具有高通量、微型化、自動化、防污染等特點，僅適用于全基因組SNP掃描，不適宜單個基因的SNP位點檢測，精度低，價格昂貴。

目前國內珠海賽樂奇生物技術有限公司的IL28B基因多態性檢測試劑盒采用的是基因芯片方法已獲得認證。

2.7?位點特異性PCR引物(ARMS)

利用PCR引物的3’端末位堿基必須與其模板DNA互補才能有效擴增的原理，設計等位基因特異性?PCR擴增引物，在嚴格的條件下，只有在引物3’堿基與模板配對時才能出現PCR擴增帶，從而檢測出突變。利用Taqman探針在實時熒光定量PCR平臺上實現對樣品DNA中突變的檢測，具有極高的特異性和敏感度。

2.8?直接測序法

SNP分析的金標準，由于基因序列分析法檢測的是易突變區的完整序列，因此可以檢測未知突變位點。但測序實驗操作較為復雜、實驗周期較長、電泳容易造成實驗室污染。

發明內容

為了解決現有技術中的上述不足，本發明提供了一組IL28B基因位點多態性檢測引物組合物。

該IL28B基因位點多態性檢測引物組合物，包括IL28B860位點檢測引物和/或IL28B917位點檢測引物，其中，

IL28B860位點檢測引物由以下序列組成：