[發明專利]一種沼澤型水牛SSR引物及其應用

有效

• 申請號: 201510426680.8
• 申請日: 2015-07-20
• 公開（公告）號: CN104988148B
• 公開（公告）日: 2017-12-15
• 發明（設計）人: 鄧廷賢;梁賢威;龐春英;譚正準;朱鵬;陸杏蓉;段安琴;黃健;李輝;陳明棠
• 申請（專利權）人: 廣西壯族自治區水牛研究所
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 北京海虹嘉誠知識產權代理有限公司11129
• 代理人: 張濤

1.一種沼澤型水牛SSR引物，其特征在于：所述SSR引物的序列如SEQ ID NO.1～138所示。

2.如權利要求1所述的沼澤型水牛SSR引物的應用，其特征在于：該引物用于檢測不同水牛品種遺傳多樣性。

3.如權利要求2所述的沼澤型水牛SSR引物的應用，其特征在于：該引物用于檢測不同水牛品種遺傳多樣性的方法包括以下步驟：

1)沼澤型水牛SSR引物的獲得：分別提取沼澤型水牛各組織器官的總RNA，利用轉錄組測序獲得沼澤型水牛轉錄組的Raw Reads，構建沼澤型水牛Unigene序列，對Unigene進行SSR位點的檢索，再對含有SSR位點信息的Unigene序列進行引物設計，獲得一系列沼澤型水牛SSR引物；

2)血液基因組DNA提取：隨機選取7個水牛品種，采集其血樣并提取基因組DNA；.

3)SSR引物擴增：根據上述篩選的SSR引物，針對上述水牛個體基因組DNA進行PCR擴增；PCR擴增體系為：DNA模板1.0μL，引物混合物1.0μL，Premix rTaq 10.0μL，雙蒸水8.0μL，PCR反應程序為：95℃預變性3分鐘；95℃變性30秒，58℃～60℃退火30秒，72℃延伸30秒，循環35次；72℃延伸8分鐘；

4)SSR擴增產物檢測及片段大小判讀：針對每一份PCR產物取10.0μL，以1：3的比例加入雙蒸水進行稀釋；根據HT DNA 5K Reagent Kit的操作說明進行上機前的膠、Marker和Ladder等試劑的灌注，之后利用LabChip GX生物大分子分析儀檢測PCR產物并判讀片段大小；

5)沼澤型水牛SSR引物遺傳多樣性分析：采用PowerMarker 3.25軟件分析35頭水牛個體的等位基因數(N_A)、期望雜合度(H_E)、觀察雜合度(H_O)和多態性信息含量(PIC)等遺傳參數信息，同時計算出Nei遺傳距離參數；以UPGMA算法對供試材料進行聚類分析。

4.如權利要求3所述的沼澤型水牛SSR引物在檢測不同水牛品種遺傳多樣性中的應用，其特征在于：在步驟3)中，SSR擴增的PCR反應條件為95℃預變性3分鐘；95℃變性30秒，58℃～60℃退火30秒，72℃延伸30秒，循環35次；72℃延伸8分鐘。

5.如權利要求3所述的沼澤型水牛SSR引物在檢測不同水牛品種遺傳多樣性中的應用，其特征在于：在步驟2)中，所述水牛品種為摩拉水牛、尼里水牛、西林水牛、富鐘水牛、貴州水牛、德昌水牛和德宏水牛。