[發明專利]一種MUC13和FUT1基因的分子標記輔助選擇方法

有效

• 申請號: 201510272566.4
• 申請日: 2015-05-25
• 公開（公告）號: CN104982387B
• 公開（公告）日: 2018-01-23
• 發明（設計）人: 吳珍芳;楊明;王青來;蔡更元;曾海玉;楊懷古
• 申請（專利權）人: 廣東溫氏食品集團股份有限公司;廣東省農業科學院畜牧研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;A01K67/027
• 代理公司: 廣州番禺容大專利代理事務所(普通合伙)44326
• 代理人: 劉新年

技術領域

本發明屬于豬分子育種領域，更具體地說，本發明涉及一種MUC13和FUT1基因的分子標記輔助選擇方法。

背景技術

現有的關于粘蛋白13(mucin 13，MUC13)、a1-巖藻糖轉移酶基因(FUT1)抗腹瀉基因的分子標記輔助選擇育種大多都是單獨的基因，或是僅僅是科研研究，并沒有與現場的傳統育種方法有效結合，不能兼顧企業效益，致使不能長期堅持在種豬核心群開展抗腹瀉基因分子標記輔助選擇育種。大多數的研究主要針對兩個基因在不同豬群的遺傳變異分析，或者是與腹瀉表型、肉質、胴體性狀以及產仔數等性狀的相關性分析，并沒有具體的針對企業分子育種應用方案方面的研究和論述。有些只針對MUC13、FUT1中的一個基因來進行簡單分子育種方面的研究，沒有考慮到企業實際操作，尤其是大量種豬選擇淘汰對企業效益的影響，可操作性不強，沒有較為實用的分子育種方案建立方法。

現有技術最突出的問題是沒有與現場實踐育種結合，沒有與現有的種豬選育目標結合，沒有考慮企業效益，無法做到企業效益與育種效率兼顧，使分子育種不能長期堅持開展。

發明內容

有鑒于此，為了克服上述現有技術中存在的問題，本發明提供了一種如何在現有的種豬核心群中建立兩個不同的抗腹瀉基因MUC13和FUT1基因的分子標記輔助選擇方法。該方法可以與現場傳統育種有效結合，通過各環節的分析，對不同的群體采用不同的抗腹瀉基因分子標記輔助選擇育種方案，更適合企業育種應用，兼顧企業效益與育種效率。

為了實現上述發明目的，本發明采取了以下技術方案：

一種MUC13和FUT1基因的分子標記輔助選擇方法，包括以下步驟：

1)分析MUC13基因和FUT1基因在現有群體中的基因頻率；

2)分析現有群體的兩個基因組合基因型個體數量及頻率分布情況；

3)分析現有群體中兩個基因的組合基因型與傳統育種主選性狀的相關性；

4)制定適應的分子標記輔助方法。

在其中一些實施例中，步驟1)為：利用plink軟件進行MUC13基因和FUT1基因在現有群體中的基因頻率分析，若最小等位基因頻率MAF<0.05，說明此位點基本純合，不需進行分子標記輔助選擇；若MAF>0.05，說明群體存在變異，則進行分子標記輔助選擇。

在其中一些實施例中，步驟2)為：對現有群體的兩個基因組合基因型個體數量及頻率分布情況進行分析，若優勢等位基因組合基因型在現有核心群中頻率較高時，則同時在公豬及母豬的選留中選擇優勢組合基因型個體；若優勢等位基因組合基因型在現有核心群中頻率不高不低時，則僅要求在公豬選留時選擇優勢組合基因型個體；若優勢等位基因組合基因型在現有核心群中頻率較低時，則僅要求選留時測定表型同等表現下，優先選留優勢組合基因型個體。

在其中一些實施例中，所述頻率較高為頻率大于0.7，所述頻率不高不低為頻率為0.3-0.7，所述頻率較低為頻率小于0.3。

在其中一些實施例中，步驟3)為：分析現有群體中兩個基因的組合基因型與傳統育種主選性狀的相關性，所述傳統育種主選形狀為日增重、料肉比、背膘厚、瘦肉率、父系指數、母系指數、和體型外貌；若兩個基因的組合基因型與日增重、瘦肉率、父系指數、母系指數、體型外貌正相關或無相關性，與料肉比、背膘厚負相關或者無相關性，則說明兩個基因分子育種選擇與現場選育目標一致，在選留時將優勢等位基因型作為選擇的必要條件；若是與上述情況不同，與有些選育性狀相矛盾，則采取先以現場測定性狀的選育為第一參考，抗腹瀉基因型為第二參考，選留時同等性能表現的種豬，優先選留優勢組合基因型個體，不做必要條件進行選留，長期堅持選擇，逐步完成抗腹瀉基因的優化。

在其中一些實施例中，步驟1)-3)中所述現有群體的規模大于500頭核心群，群體規模越大，選擇空間越大，分子標記和現場表型測定性狀結合選擇的準確性更高。

本發明通過不同研究分析方法，發明了可與傳統育種相結合的MUC13、FUT1基因分子標記輔助選擇應用方法，根據MUC13和FUT1基因分子標記輔助選擇方法建立的分析流程，以及對不同分析結果，如何進行分子育種研究的判斷和評估。與現有技術相比，本發明具有以下有益效果：

1)本發明方法同時針對影響斷奶前仔豬腹瀉MUC13基因和影響斷奶后仔豬腹瀉FUT1基因兩個基因進行分子育種，對仔豬腹瀉抗病性的選育比較全面；