[發(fā)明專利]一種快速檢測(cè)甘蔗屬SPSB基因多態(tài)性的方法及應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201510060627.0
• 申請(qǐng)日: 2015-02-05
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN104561364A
• 公開(kāi)（公告）日: 2015-04-29
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 劉洪博;劉新龍;范源洪;蔡青;陸鑫;毛鈞;徐超華;李旭娟;蘇火生;馬麗
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院甘蔗研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 昆明正原專利商標(biāo)代理有限公司 53100
• 代理人: 陳左

1.一種快速檢測(cè)甘蔗屬SPSB基因多態(tài)性的方法，其特征在于，設(shè)計(jì)一對(duì)引物SPSB2177P2擴(kuò)增含多態(tài)的DNA片段，經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，依據(jù)獲得的電泳圖譜條帶類型判斷SPSB基因多態(tài)類型，

包括如下步驟：

步驟（1），模板的制備：提取被測(cè)樣本的基因組DNA；

步驟（2），引物設(shè)計(jì)：所述的引物對(duì)SPSB2177P2為：

上游引物：5’–TGACGACAATAAGGAGAAGAA–3’

下游引物：5’–CAAAGGAACAGCTAGTGAAAC–3’

步驟（3），PCR擴(kuò)增和瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)；

步驟（4），基因型的判斷；

步驟（5），SPSB基因多態(tài)結(jié)果鑒定。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的快速檢測(cè)甘蔗屬SPSB基因多態(tài)性的方法，其特征在于，所述的模板為甘蔗屬大莖野生種51NG3、印度種Nagori、甘蔗品種ROC22、熱帶種Badila、中國(guó)種光澤竹蔗或甘蔗細(xì)莖野生種印割1號(hào)的DNA。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的快速檢測(cè)甘蔗屬SPSB基因多態(tài)性的方法，其特征在于，所述的PCR擴(kuò)增體系為：

Buffer，含Mg²⁺，2.5μL

dNTP2.5mM2μL

EasyTaq DNA聚合酶0.5μL

上游引物 10uM0.5μL

下游引物 10uM0.5μL

DNA模板 40ng/μL1.5μL

ddH₂O 17.5μL

總體積25μL。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的快速檢測(cè)甘蔗屬SPSB基因多態(tài)性的方法，其特征在于，所述的擴(kuò)增程序?yàn)?4℃預(yù)變性5min ；35個(gè)循環(huán)94℃變性30s，55℃退火30s，72℃延伸45s；72℃延伸7min。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的快速檢測(cè)甘蔗屬SPSB基因多態(tài)性的方法，其特征在于，所述的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)的具體方法如下：配2.5%（w/v）瓊脂糖凝膠，取5μL擴(kuò)增的產(chǎn)物與2μL loading buffer混勻后上樣，140V下電泳30min，紫外判斷PCR結(jié)果。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的快速檢測(cè)甘蔗屬SPSB基因多態(tài)性的方法，其特征在于，所述的基因型的判斷的具體方法為：根據(jù)步驟（3）電泳檢測(cè)的結(jié)果，當(dāng)出現(xiàn)大小為287bp片段，為未插入性片段，則該SPSB基因型命名為C1型；當(dāng)出現(xiàn)大小為331bp片段，為插入性片段，則該SPSB基因型命名為C2型。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的快速檢測(cè)甘蔗屬SPSB基因多態(tài)性的方法，其特征在于，所述的C1型與C2型的差別在于C2型插入了一段44bp的序列，該序列如SEQ ID NO.5所示。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的快速檢測(cè)甘蔗屬SPSB基因多態(tài)性的方法，其特征在于，所述的SPSB基因多態(tài)結(jié)果鑒定采用測(cè)序驗(yàn)證。