[發(fā)明專利]用于檢測(cè)核酸相鄰性的方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201480064201.6
• 申請(qǐng)日: 2014-11-21
• 公開（公告）號(hào): CN105765080A
• 公開（公告）日: 2016-07-13
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 史蒂文·T·奧基諾;鄭旻
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 伯樂實(shí)驗(yàn)室公司
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;C40B30/00;C40B30/04;C40B40/06
• 代理公司: 中科專利商標(biāo)代理有限責(zé)任公司 11021
• 代理人: 賀衛(wèi)國(guó)

對(duì)相關(guān)專利申請(qǐng)的交叉引用

本申請(qǐng)要求2013年11月26日提交的美國(guó)臨時(shí)專利申請(qǐng)?zhí)?1/909,283的優(yōu)先權(quán)的利益，所述申請(qǐng)通過引用完整地結(jié)合。

發(fā)明背景

核酸分子之間和核酸分子的區(qū)域之間的相互作用，無(wú)論是核酸之間的直接的物理相互作用還是通過與其他分子的復(fù)合物的間接相互作用，均涉及細(xì)胞過程的調(diào)節(jié)。例如，DNA成環(huán)(looping)涉及許多細(xì)胞過程，包括轉(zhuǎn)錄、復(fù)制和重組。此外，RNA與基因組DNA的相互作用能夠影響和調(diào)節(jié)DNA的轉(zhuǎn)錄。

發(fā)明簡(jiǎn)述

本發(fā)明提供確定樣品中的兩個(gè)以上的核酸分子或一個(gè)核酸分子的兩個(gè)以上的區(qū)域是否由于直接的或間接的物理相互作用而彼此緊鄰的方法。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括：

提供核酸的混合物；

將所述混合物區(qū)室化到足夠數(shù)目的區(qū)室中以致能夠?qū)⒑怂岱肿踊蚝怂岱肿拥膮^(qū)域由于緊鄰所致的在區(qū)室中的共定位與隨機(jī)共定位相區(qū)別；以及

檢測(cè)在相同的區(qū)室中兩個(gè)以上的核酸分子或一個(gè)核酸分子的兩個(gè)以上的區(qū)域的存在；由此確定所述樣品中的所述兩個(gè)以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個(gè)以上的區(qū)域彼此緊鄰。

在一些實(shí)施方案中，所述提供步驟包括在這樣的條件下提供所述核酸的混合物以致蛋白質(zhì)保持與所述混合物中的所述核酸分子或所述核酸分子的區(qū)域結(jié)合。

在一些實(shí)施方案中，檢測(cè)兩個(gè)以上的核酸分子。在一些實(shí)施方案中，檢測(cè)一個(gè)核酸分子的兩個(gè)以上的區(qū)域。

在一些實(shí)施方案中，所述兩個(gè)以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個(gè)以上的區(qū)域由于直接相互作用而彼此緊鄰。在一些實(shí)施方案中，所述兩個(gè)以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個(gè)以上的區(qū)域由于分子的復(fù)合物中的間接相互作用而彼此緊鄰。在一些實(shí)施方案中，所述兩個(gè)以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個(gè)以上的區(qū)域由于核酸-蛋白質(zhì)復(fù)合物中的間接相互作用而彼此緊鄰。

在一些實(shí)施方案中，所述核酸是雙鏈的。在一些實(shí)施方案中，所述核酸是單鏈的。在一些實(shí)施方案中，所述核酸是DNA。在一些實(shí)施方案中，所述核酸是RNA。

在一些實(shí)施方案中，所述方法包括分析各區(qū)室是否存在所述兩個(gè)以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個(gè)以上的區(qū)域。

在一些實(shí)施方案中，所述檢測(cè)步驟包括擴(kuò)增所述核酸分子或所述核酸分子的所述區(qū)域。在一些實(shí)施方案中，所述擴(kuò)增步驟包括PCR、定量PCR或?qū)崟r(shí)PCR。

在一些實(shí)施方案中，所述檢測(cè)步驟包括對(duì)所述核酸分子或所述核酸分子的所述區(qū)域進(jìn)行核苷酸測(cè)序。

在一些實(shí)施方案中，所述檢測(cè)步驟包括檢測(cè)一種或多種試劑，所述一種或多種試劑與所述核酸分子或所述核酸分子的所述區(qū)域雜交。在一些實(shí)施方案中，所述一種或多種試劑是熒光團(tuán)。

在一些實(shí)施方案中，所述方法包括：

將所述核酸與至少兩種試劑接觸，其中第一試劑與第一核酸分子或核酸分子的第一區(qū)域雜交并且其中第二試劑與第二核酸分子或核酸分子的第二區(qū)域雜交；以及

檢測(cè)所述第一試劑和所述第二試劑的存在；由此確定所述樣品中的所述兩個(gè)以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個(gè)以上的區(qū)域彼此緊鄰。

在一些實(shí)施方案中，所述第一試劑和所述第二試劑聯(lián)合產(chǎn)生在不存在所述第一試劑、不存在所述第二試劑或兩者都不存在的情況下不產(chǎn)生的信號(hào)。

在一些實(shí)施方案中，所述提供步驟包括從所述樣品分離所述核酸，并且其中所述分離基本上不破壞所述樣品中的核酸分子之間或核酸分子的區(qū)域之間的直接的或間接的相互作用。在一些實(shí)施方案中，所分離的核酸被重懸在溶液中。在一些實(shí)施方案中，所分離的核酸被重懸在溶液中，所述溶液包含一種或多種用于檢測(cè)所述核酸分子或所述核酸分子的所述區(qū)域的試劑。在一些實(shí)施方案中，所述一種或多種試劑是寡核苷酸探針。

在一些實(shí)施方案中，所述樣品是來(lái)自動(dòng)物、植物、細(xì)菌或病毒來(lái)源的提取物。在一些實(shí)施方案中，所述樣品包含一種或多種細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，所述樣品包含分離的細(xì)胞核。

在一些實(shí)施方案中，所述提供步驟包括破壞或溶解一種或多種細(xì)胞的細(xì)胞膜。在一些實(shí)施方案中，所述提供步驟包括對(duì)一種或多種細(xì)胞的細(xì)胞膜進(jìn)行滲透化處理。

在一些實(shí)施方案中，所述提供步驟包括所述核酸的核酸剪切或核酸酶消化。在一些實(shí)施方案中，所述提供步驟包括從所述樣品中的其他組分中純化所述核酸。