[發明專利]用于檢測核酸相鄰性的方法

在審

• 申請號: 201480064201.6
• 申請日: 2014-11-21
• 公開（公告）號: CN105765080A
• 公開（公告）日: 2016-07-13
• 發明（設計）人: 史蒂文·T·奧基諾;鄭旻
• 申請（專利權）人: 伯樂實驗室公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C40B30/00;C40B30/04;C40B40/06
• 代理公司: 中科專利商標代理有限責任公司 11021
• 代理人: 賀衛國

1.一種確定樣品中的兩個以上的核酸分子或一個核酸分子的兩個以上的區域是否彼此緊鄰的方法，所述方法包括：

提供核酸的混合物；

將所述混合物區室化到足夠數目的區室中以致能夠將核酸分子由于緊鄰所致的在區室中的共定位與隨機共定位相區別；以及

檢測在相同的區室中兩個以上的核酸分子或一個核酸分子的兩個以上的區域的存在；由此確定所述樣品中的所述兩個以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個以上的區域彼此緊鄰。

2.權利要求1所述的方法，其中檢測兩個以上的核酸分子。

3.權利要求1所述的方法，其中檢測一個核酸分子的兩個以上的區域。

4.權利要求1所述的方法，其中所述兩個以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個以上的區域由于直接相互作用而彼此緊鄰。

5.權利要求1所述的方法，其中所述兩個以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個以上的區域由于分子的復合物中的間接相互作用而彼此緊鄰。

6.權利要求5所述的方法，其中所述兩個以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個以上的區域由于核酸-蛋白質復合物中的間接相互作用而彼此緊鄰。

7.權利要求1所述的方法，其中所述核酸是雙鏈的。

8.權利要求1所述的方法，其中所述核酸是單鏈的。

9.權利要求1所述的方法，其中所述核酸是DNA。

10.權利要求1所述的方法，其中所述核酸是RNA。

11.權利要求1所述的方法，其中所述方法包括分析各區室是否存在所述兩個以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個以上的區域。

12.權利要求1所述的方法，其中所述檢測步驟包括擴增所述核酸分子或所述核酸分子的所述區域。

13.權利要求12所述的方法，其中所述擴增步驟包括PCR、定量PCR或實時PCR。

14.權利要求1所述的方法，其中所述檢測步驟包括對所述核酸分子或所述核酸分子的所述區域進行核苷酸測序。

15.權利要求1所述的方法，其中所述檢測步驟包括檢測與所述核酸分子或所述核酸分子的所述區域雜交的一種或多種試劑。

16.權利要求15所述的方法，其中所述一種或多種試劑是熒光團。

17.權利要求1所述的方法，其中所述方法包括：

將所述核酸與至少兩種試劑接觸，其中第一試劑與第一核酸分子或核酸分子的第一區域雜交并且其中第二試劑與第二核酸分子或核酸分子的第二區域雜交；以及

檢測所述第一試劑和所述第二試劑的存在；由此確定所述樣品中的所述兩個以上的核酸分子或所述核酸分子的兩個以上的區域彼此緊鄰。

18.權利要求17所述的方法，其中所述第一試劑和所述第二試劑聯合產生在不存在所述第一試劑、不存在所述第二試劑或兩者都不存在的情況下不產生的信號。

19.權利要求1所述的方法，其中所述提供步驟包括從所述樣品分離所述核酸。

20.權利要求19所述的方法，其中所述分離基本上不破壞所述樣品中的核酸分子之間或核酸分子的區域之間的直接的或間接的相互作用。

21.權利要求19所述的方法，其中所分離的核酸被重懸在溶液中。

22.權利要求21所述的方法，其中所分離的核酸被重懸在溶液中，所述溶液包含一種或多種用于檢測所述核酸分子或所述核酸分子的所述區域的試劑。

23.權利要求22所述的方法，其中所述一種或多種試劑是寡核苷酸探針。

24.權利要求1所述的方法，其中所述樣品是來自動物、植物、細菌或病毒來源的提取物。

25.權利要求1所述的方法，其中所述樣品包含一種或多種細胞。

26.權利要求25所述的方法，其中所述提供步驟包括破壞或溶解所述一種或多種細胞的細胞膜。

27.權利要求25所述的方法，其中所述提供步驟包括對所述一種或多種細胞的細胞膜進行滲透化處理。