[發明專利]用于檢測癌前病損的方法

在審

• 申請號: 201480043715.3
• 申請日: 2014-08-14
• 公開（公告）號: CN105452485A
• 公開（公告）日: 2016-03-30
• 發明（設計）人: 安城皖;吳泰禎
• 申請（專利權）人: 基因特力株式會社
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G01N33/574;C12N15/11
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務所 11494
• 代理人: 陳桉

1.一種在受試者中檢測癌前病損(precancerouslesion)的方法，該方法包括如下步驟：

(a)從取自所述受試者的生物樣品分離基因組DNA；

(b)測量分離的基因組DNA或其片段中的SDC2(多配體聚糖-2(syndecan-2))基因的CpG島的甲基化，從而確證癌前病損。

2.權利要求1的方法，其中所述CpG島的甲基化的存在或CpG島的甲基化的增加指示存在癌前病損。

3.權利要求1的方法，其中步驟(b)中的所述甲基化的測量包括用修飾含CpG島的片段的試劑處理分離的基因組DNA或其片段以區分甲基化的DNA和非甲基化的DNA，然后測量經處理的DNA或其經處理的片段的甲基化。

4.權利要求3的方法，其中所述試劑是選自重亞硫酸鹽(bisulfite)、亞硫酸氫鹽(hydrogensulfite)、焦亞硫酸鹽(disulfite)及其組合的一個或多個。

5.權利要求1的方法，其中所述CpG島位于SDC2基因的5’調控區中。

6.權利要求1的方法，其中所述CpG島位于具有選自SEQIDNO:1-5所示核苷酸序列的一個核苷酸序列的區域中。

7.權利要求1的方法，其中步驟(b)中的所述甲基化的測量是通過選自下組的方法來進行的：PCR、甲基化特異性的PCR、實時甲基化特異性的PCR、使用甲基化的DNA特異性結合蛋白的PCR、使用甲基化的DNA特異性結合抗體的PCR、定量PCR、核酸芯片方法、測序、通過合成的測序、和通過連接的測序(sequencing-by-ligation)。

8.權利要求7的方法，其中所述用測序或通過合成的測序方法測量甲基化包括擴增分離的基因組DNA或其片段，所述擴增使用選自下組的一個引物對來進行：SEQIDNO:6和7所示的引物對、SEQIDNO:9和10所示的引物對、和SEQIDNO:12和13所示的引物對。

9.權利要求7的方法，其中所述用測序或通過合成的測序方法測量甲基化包括擴增分離的基因組DNA或其片段，所述擴增使用選自下組的一個測序引物：SEQIDNO:8、11和14所示的測序引物。

10.權利要求7的方法，其中所述通過核酸芯片方法測量甲基化包括使分離的DNA或其片段與一個選自下組的探針雜交：SEQIDNO:21-46所示的探針。

11.權利要求7的方法，其中所述通過實時甲基化特異性PCR測量甲基化包括用具有SEQIDNO:15和16所示的核苷酸序列的引物對擴增分離的基因組DNA或其片段，以及使擴增的基因組DNA或其片段與具有SEQIDNO:17所示核苷酸序列的探針雜交。

12.權利要求7的方法，其中所述通過實時甲基化特異性PCR測量甲基化包括用具有SEQIDNO:47和48所示的核苷酸序列的引物對擴增分離的基因組DNA或其片段，以及使擴增的基因組DNA或其擴增的片段與具有SEQIDNO:49所示核苷酸序列的探針雜交。

13.權利要求7的方法，其中所述通過實時甲基化特異性PCR測量甲基化包括用具有SEQIDNO:53和54所示核苷酸序列的引物對擴增分離的基因組DNA或其片段，以及使擴增的基因組DNA或其擴增的片段與具有SEQIDNO:55所示核苷酸序列的探針雜交。

14.一種在受試者中檢測癌前病損的方法，該方法包括如下步驟：

(a)使分離自取自受試者的生物樣品的基因組DNA與至少一個試劑接觸，所示試劑能在基因組DNA的至少一個靶區域內區分甲基化和非甲基化的CpG二核苷酸；

(b)基于所示接觸來確定多配體聚糖-2基因的甲基化狀態；和

(c)確定多配體聚糖-2基因的甲基化與正常對照樣品中的相比增加，從而檢測受試者中的癌前病損。

15.權利要求14的方法，其中所述試劑是選自重亞硫酸鹽、亞硫酸氫鹽、焦亞硫酸鹽及其組合的一個或多個。