[發明專利]基于鏈侵入的DNA擴增方法

在審

• 申請號: 201480036626.6
• 申請日: 2014-04-23
• 公開（公告）號: CN105358711A
• 公開（公告）日: 2016-02-24
• 發明（設計）人: S·費倫恩
• 申請（專利權）人: 歐雷恩診斷公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京北翔知識產權代理有限公司 11285
• 代理人: 孫占華;姜建成

1.一種檢測樣品中的產毒艱難梭菌(C.difficile)的靶核酸序列的方法，所述方法包括在促進所述靶核酸序列的擴增的條件下使所述樣品與至少一種上游引物、至少一種下游引物和至少一種鏈侵入寡核苷酸接觸，

其中每種所述引物和所述鏈侵入寡核苷酸包含與所述靶核酸序列互補的區域；并且

其中所述鏈侵入寡核苷酸使至少一部分靶核酸序列成為單鏈以允許結合所述上游引物和下游引物。

2.權利要求1的方法，其中所述靶核酸序列存在于位于艱難梭菌的致病性基因座(PaLoc)的基因中，任選地其中所述艱難梭菌基因是tcdB或tcdA。

3.權利要求1或2的方法，其中所述靶核酸序列的GC含量為至少30％。

4.權利要求2或3的方法，其中所述艱難梭菌基因是tcdB，并且所述靶核酸序列包含SEQIDNO:1或其變體。

5.權利要求2或3的方法，其中所述艱難梭菌基因是tcdA，并且所述靶核酸序列包含SEQIDNO:6或其變體。

6.權利要求4的方法，其中所述上游引物是長度少于30個核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:2或其變體的序列，和/或其中所述下游引物是長度少于30個核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:3或其變體的序列，和/或其中所述鏈侵入寡核苷酸是長度大于30個核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:4或其變體的序列并且在其3'區域還包含一個或多個經修飾的核苷酸。

7.權利要求5的方法，其中所述上游引物是長度少于30個核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:7或其變體的序列，和/或其中所述下游引物是長度少于30個核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:8或其變體的序列，和/或其中所述鏈侵入寡核苷酸是長度大于30個核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:9或其變體的序列并且在其3'區域還包含一個或多個經修飾的核苷酸。

8.前述權利要求中任一項的方法，所述方法還包括使所述樣品與重組酶接觸。

9.前述權利要求中任一項的方法，其是在促進所述靶核酸序列的擴增的等溫條件下進行。

10.一種組合物，其包含至少兩種選自(a)上游引物、(b)下游引物和(c)鏈侵入寡核苷酸的寡核苷酸，

其中每種所述寡核苷酸是如權利要求6中所定義的或其中每種所述寡核苷酸是如權利要求7中所定義的。

11.一種試劑盒，其包括至少兩種選自(a)上游引物、(b)下游引物和(c)鏈侵入寡核苷酸的寡核苷酸，

其中每種所述寡核苷酸是如權利要求6中所定義的或其中每種所述寡核苷酸是如權利要求7中所定義的。

12.權利要求10的組合物或權利要求11的試劑盒，其包括至少一種(a)的寡核苷酸、至少一種(b)的寡核苷酸和至少一種(c)的寡核苷酸。

13.權利要求12的組合物或試劑盒，其還包括DNA聚合酶和/或重組酶。

14.每一種均如權利要求6中所定義或每一種均如權利要求7中所定義的上游引物、下游引物和任選的鏈侵入寡核苷酸在用于檢測產毒艱難梭菌的方法中的用途。

15.一種診斷受試者中艱難梭菌的感染的方法，所述方法包括在來自所述受試者的樣品中實施如權利要求1至9中任一項中所定義的方法。