[發(fā)明專(zhuān)利]用于個(gè)人表觀基因組學(xué)的至天然染色質(zhì)的轉(zhuǎn)座

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201480028601.1
• 申請(qǐng)日: 2014-05-20
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN105339503B
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-04-10
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: P·吉里西;J·D·比恩羅斯特羅;張?jiān)?/a>;W·J·格林里夫
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 斯坦福大學(xué)托管董事會(huì)
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6806
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6806;C12Q1/6869;G16B30/00;G16B20/00
• 代理公司: 中國(guó)國(guó)際貿(mào)易促進(jìn)委員會(huì)專(zhuān)利商標(biāo)事務(wù)所 11038
• 代理人: 李程達(dá)

1.用于分析染色質(zhì)的方法，包括：

(a)用插入酶復(fù)合物處理分離自細(xì)胞群的染色質(zhì)以產(chǎn)生基因組DNA的標(biāo)記片段；

(b)測(cè)序至少一些標(biāo)記片段以產(chǎn)生多個(gè)序列讀數(shù)；和

(c)通過(guò)將獲自序列讀數(shù)的信息映射至細(xì)胞的基因組的區(qū)域而制作所述細(xì)胞的基因組的該區(qū)域的表觀遺傳圖譜。

2.權(quán)利要求1的方法，其中所述信息通過(guò)使用在序列讀數(shù)的開(kāi)頭的核苷酸序列和任選末端的核苷酸序列獲得。

3.權(quán)利要求1-2之任一項(xiàng)的方法，其中在(c)中映射的所述信息選自下列的一種或多種：

(i)轉(zhuǎn)座酶的切割位點(diǎn)；

(ii)在步驟(a)中產(chǎn)生的片段的大小；

(iii)序列讀數(shù)長(zhǎng)度；

(iii)確定長(zhǎng)度范圍的序列讀數(shù)的位置；和

(iv)序列讀數(shù)豐度。

4.權(quán)利要求3的方法，其中確定大小范圍的片段是無(wú)核小體的片段。

5.權(quán)利要求1-4之任一項(xiàng)的方法，其中所述表觀遺傳圖譜顯示下列的一項(xiàng)或多項(xiàng)：

(i)沿所述區(qū)域的染色質(zhì)可接近性的特征譜；

(ii)針對(duì)所述區(qū)域中結(jié)合位點(diǎn)的DNA結(jié)合蛋白的占據(jù)；

(iii)所述區(qū)域中的無(wú)核小體的DNA；

(iv)沿所述區(qū)域的核小體定位；

(v)染色質(zhì)狀態(tài)。

6.權(quán)利要求5的方法，其還包括測(cè)量所述DNA結(jié)合蛋白對(duì)結(jié)合位點(diǎn)的總體占據(jù)。

7.權(quán)利要求5的方法，其中所述DNA結(jié)合蛋白是轉(zhuǎn)錄因子。

8.權(quán)利要求1-7之任一項(xiàng)的方法，其中所述細(xì)胞群包括500至100,000個(gè)細(xì)胞。

9.權(quán)利要求1-8之任一項(xiàng)的方法，其中所述細(xì)胞分離自個(gè)體。

10.權(quán)利要求1-9之任一項(xiàng)的方法，其中所述細(xì)胞分離自所述個(gè)體的血液。

11.權(quán)利要求1-10的方法，其中所述細(xì)胞是相同的細(xì)胞類(lèi)型。

12.權(quán)利要求11的方法，其中所述細(xì)胞是FACS選擇的細(xì)胞。

13.權(quán)利要求1-12之任一項(xiàng)的方法，其中所述處理步驟(a)包括：

從細(xì)胞群分離細(xì)胞核；和

將分離的細(xì)胞核與所述插入酶復(fù)合物組合，其中所述組合導(dǎo)致細(xì)胞核裂解以釋放所述染色質(zhì)，以及導(dǎo)致產(chǎn)生基因組DNA的所述標(biāo)記片段。

14.權(quán)利要求1-13之任一項(xiàng)的方法，其中所述轉(zhuǎn)座酶來(lái)源于Tn5轉(zhuǎn)座酶。

15.權(quán)利要求1-14之任一項(xiàng)的方法，其中所述轉(zhuǎn)座酶來(lái)源于MuA轉(zhuǎn)座酶。

16.用于比較兩種樣品的方法，包括：

(a)使用權(quán)利要求1的方法分析第一細(xì)胞群，以產(chǎn)生第一表觀遺傳圖譜；和

(b)使用權(quán)利要求1的方法分析第二細(xì)胞群，以產(chǎn)生第二表觀遺傳圖譜；和

(c)比較所述第一表觀遺傳圖譜與所述第二表觀遺傳圖譜。

17.權(quán)利要求16的方法，其中所述第一細(xì)胞群和所述第二細(xì)胞群是在不同的時(shí)間從相同個(gè)體收集的。

18.權(quán)利要求16的方法，其中所述第一細(xì)胞群和所述第二細(xì)胞群是從不同個(gè)體收集的不同細(xì)胞群。

19.診斷方法，其包括：

使用權(quán)利要求1的方法分析來(lái)自患者的染色質(zhì)，以產(chǎn)生表觀遺傳圖譜；和

基于所述表觀遺傳圖譜提供診斷或預(yù)后。

20.試劑盒，其包含：

(a)用于從細(xì)胞群分離細(xì)胞核的試劑；

(b)插入酶復(fù)合物，和

(c)轉(zhuǎn)座酶反應(yīng)緩沖液，

其中所述試劑盒的組分被配置為使得反應(yīng)緩沖液、轉(zhuǎn)座子標(biāo)簽和銜接子與細(xì)胞核的體外組合導(dǎo)致細(xì)胞核裂解以釋放染色質(zhì)，以及導(dǎo)致產(chǎn)生基因組DNA的標(biāo)記片段。

21.用于測(cè)定多核苷酸在某位點(diǎn)上的可接近性的方法，其中所述多核苷酸來(lái)自細(xì)胞樣品，所述方法包括：

(a)用插入酶將多個(gè)分子標(biāo)簽插入所述多核苷酸；和

(b)使用所述分子標(biāo)簽來(lái)測(cè)定所述位點(diǎn)上的可接近性。