[發明專利]用于基于納米結構的核酸測序的方法和組合物

在審

• 申請號: 201480022008.6
• 申請日: 2014-02-20
• 公開（公告）號: CN105308062A
• 公開（公告）日: 2016-02-03
• 發明（設計）人: T.科特塞羅格洛;S.帕帕德米特里奧
• 申請（專利權）人: 伊芙生物醫學股份有限公司
• 主分類號: C07H19/04
• 分類號: C07H19/04;C07H19/20;C07H21/00
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 張文輝

1.一種測定靶核酸分子的序列的方法，其包括：

在測序條件下使聚合酶與靶核酸分子接觸，其中測序條件包括至少一種核苷三磷酸的存在，其中所述聚合酶固定化于固體基片上；

檢測所述靶核酸分子和/或一個或多個新生鏈經過納米結構、在納米結構上或在納米結構上方的移動；

將所述接觸和檢測步驟重復多次；并

在所述至少一種核苷三磷酸存在的情況下，序貫地基于移動中變化的存在或缺乏來測定所述靶核酸分子的序列。

2.權利要求1的方法，其中所述測序條件包括單一核苷三磷酸的存在。

3.權利要求1的方法，其中所述測序條件包括四種核苷三磷酸的存在，其中所述四種核苷三磷酸中的第一種核苷三磷酸以速率限制量存在。

4.權利要求1的方法，其中所述固體基片是玻璃。

5.權利要求1的方法，其中所述聚合酶是RNA聚合酶。

6.權利要求5的方法，其中所述RNA聚合酶選自下組：噬菌體RNA聚合酶和細菌RNA聚合酶。

7.權利要求6的方法，其中所述噬菌體RNA聚合酶選自下組：T7RNA聚合酶和T3RNA聚合酶。

8.權利要求6的方法，其中所述細菌RNA聚合酶是大腸桿菌RNA聚合酶。

9.權利要求1的方法，其中所述聚合酶是DNA聚合酶。

10.權利要求9的方法，其中所述DNA聚合酶選自下組：phi29、T7DNA聚合酶、枯草芽孢桿菌(Bacillussubtilis)DNA聚合酶和TaqDNA聚合酶。

11.權利要求1的方法，其中所述聚合酶經由His標簽固定化于固體表面上。

12.權利要求1的方法，其中所述聚合酶經由一個或多個生物素-鏈霉親合素鍵固定化于固體表面上。

13.權利要求1的方法，其中所述靶核酸分子是真核生物的。

14.權利要求1的方法，其中所述靶核酸分子為雙鏈。

15.權利要求1的方法，其中所述靶核酸分子為單鏈。

16.權利要求1的方法，其中所述靶核酸分子包含在生物樣品中。

17.權利要求1的方法，其中所述靶核酸分子包含聚合酶啟動子序列。

18.權利要求1的方法，其中所述靶核酸分子還包含磁性標簽。

19.權利要求1的方法，其中所述納米結構選自下組：納米孔、納米管和納米絲。

20.權利要求1的方法，其中所述納米結構選自下組：生物學納米結構、固態納米結構或其組合。

21.權利要求1的方法，其中所述檢測步驟包括測量所述納米結構的電流中的變化。

22.權利要求1的方法，其中所述檢測步驟包括測量所述納米結構的離子導電中的變化。

23.權利要求1的方法，其中所述檢測步驟還包括捕獲基于CMOS的制備的納米結構和電子設備上的移動。

24.權利要求1的方法，還包括對所述靶核酸分子應用定向力。

25.權利要求24的方法，其中用磁體產生所述定向力。

26.權利要求24的方法，其中用流或壓力產生所述定向力。

27.一種測定靶核酸分子的序列的方法，其包括：

提供固定化有聚合酶的固體基片；

在第一測序條件下使所述聚合酶與所述靶核酸分子接觸，其中所述第一測序條件包括四種核苷三磷酸的存在，其中所述四種核苷三磷酸的第一種核苷三磷酸以速率限制量存在；

在所述第一測序條件下檢測所述靶核酸分子和/或一個或多個新生鏈經過納米結構、在納米結構上面或通過納米結構上方的移動；并

基于移動中的變化沿著所述靶核酸分子測定所述第一種核苷三磷酸的位置信息。