[發(fā)明專(zhuān)利]癌癥中的TERT(端粒酶逆轉(zhuǎn)錄酶)基因啟動(dòng)子突變

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201480018134.4
• 申請(qǐng)日: 2014-03-27
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN105431549A
• 公開(kāi)（公告）日: 2016-03-23
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 麥克·明照·邢
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 麥克·明照·邢
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/68
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 北京捷誠(chéng)信通專(zhuān)利事務(wù)所(普通合伙) 11221
• 代理人: 王衛(wèi)東

本申請(qǐng)享有起初在美國(guó)的兩個(gè)臨時(shí)申請(qǐng)61/833773(2013年6月11日提交)和61/805710(2013年3月27日提交)的所授予的權(quán)益,這里對(duì)兩個(gè)臨時(shí)申請(qǐng)做了完整參考引用和整合。

本發(fā)明得到了美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院R01CA134225的資助，政府享有一定的發(fā)明權(quán)。

本申請(qǐng)包含有序列表格。已通過(guò)EFS-網(wǎng)絡(luò)提交電子板，以ASCII文本形式，文件名為“P12422-03_ST25.txt”。序列列表的大小為1605字節(jié)，2014年3月27日產(chǎn)生，在此做完整整合。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及癌癥領(lǐng)域。更具體地，本發(fā)明提供了與某些癌癥中基因啟動(dòng)子突變有關(guān)的方法和組合系統(tǒng)。

背景技術(shù)

甲狀腺癌是最常見(jiàn)的經(jīng)典的內(nèi)分泌惡性腫瘤，其發(fā)病率已經(jīng)在過(guò)去的幾十年里迅速攀升，包括在美國(guó)以及其他工業(yè)化國(guó)家。甲狀腺癌中組織學(xué)上分類(lèi)為四組：乳頭，濾泡，髓樣，和未分化甲狀腺癌。如果診斷在早期階段，甲狀腺癌是一個(gè)好治療的疾病。總體而言，患者5年平均存活率為97％。然而，有高度期進(jìn)展侵襲性甲狀腺癌的病人5年存活率較差，約40％。舉例來(lái)說(shuō)，腫瘤大，有浸潤(rùn)性，或有轉(zhuǎn)移的病人預(yù)后很差。還有，對(duì)失去放射性碘攝取能力的轉(zhuǎn)移性疾病，現(xiàn)沒(méi)有有效的治療方法，這些患者10年存活率小于15％。

盡管相對(duì)少見(jiàn)(占美國(guó)所有惡性腫瘤的1％)，甲狀腺癌的發(fā)病率在美國(guó)從1984年至2004年間增加了一倍。1995年至2004年，甲狀腺癌是第三個(gè)增長(zhǎng)最快的癌癥，僅次于腹膜，大網(wǎng)膜，腸系膜及癌癥和其他消化道癌癥。同樣，大幅增加甲狀腺癌的發(fā)病率也已在加拿大，澳大利亞，以色列和一些歐洲國(guó)家的觀察到。因此，需要對(duì)甲狀腺癌的分子機(jī)制有更好的理解，以幫助開(kāi)發(fā)新的診斷工具和更好的治療選擇。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明是基于或至少部分地基于下述發(fā)現(xiàn)，即在某些癌，包括甲狀腺癌，膀胱癌和腦膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中的端粒酶逆轉(zhuǎn)錄酶(TERT)基因啟動(dòng)子區(qū)的某些多發(fā)突變，因此代表新的診斷，風(fēng)險(xiǎn)預(yù)后評(píng)估和治療靶點(diǎn)和手段。

更具體地講，通過(guò)大量的原發(fā)腫瘤的基因測(cè)序，我們探討在端粒酶逆轉(zhuǎn)錄酶(TERT)基因的啟動(dòng)子突變1,295,228C>T和1,295,250C>T(分別被稱(chēng)為C228T和C250T)，其分別對(duì)應(yīng)從翻譯起始位點(diǎn)的-124C>T和-146C>T。我們發(fā)現(xiàn)C228T突變率在良性甲狀腺腫瘤中為0/85(0.0％)，在乳頭狀甲狀腺癌(PTC)中為30/257(11.7％)，在濾泡狀甲狀腺癌(FTC)為9/79(11.4％)，在低分化甲狀腺癌(PDTC)中為3/8(37.5％)，在未分化甲狀腺癌(ATC)中為23/54(42.6％)，在甲狀腺癌的細(xì)胞系中為8/12(66.7％)。C250T突變是不常見(jiàn)的，但與C228T突變相互排斥的，這兩個(gè)突變一并發(fā)生在11/79(13.9％)甲狀腺濾泡狀癌，25/54(46.3％)未分化甲狀腺癌，11/12(91.7％)甲狀腺癌細(xì)胞系。在乳頭狀甲狀腺癌各亞型中，C228T突變被發(fā)現(xiàn)在4/13(30.8％)高細(xì)胞亞型PTC(TCPTC)，23/187(12.3％)常規(guī)亞型PTC(CPTC)，和2/56(3.6％)濾泡亞型PTC(FVPTC)。在16例檢測(cè)的甲狀腺髓樣癌樣本中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)TERT突變。C228T突變與BRAFV600E突變?cè)赑TC中相關(guān)，存在于19/104(18.3％)BRAF突變陽(yáng)性的PTC，但只存在于11/153(7.2％)的BRAF突變陰性PTC樣品(P＝0.0094)。相反地，BRAF突變發(fā)現(xiàn)存在于85/227(37.4％)C228T突變陰性的PTC樣本，而在19/30(63.3％)C228T突變陽(yáng)性的PTC。因此，就我們所知，這是第一次證明TERT啟動(dòng)子突變?cè)诩谞钕侔┐嬖冢诰哂懈叨绕诟咔忠u性甲狀腺癌TCPTC，PDTC，ATC和BRAF突變陽(yáng)性的PTC尤其常見(jiàn)，揭示了甲狀腺癌新的遺傳背景。另外，如本文進(jìn)一步描述的，我們發(fā)現(xiàn)，高度重復(fù)發(fā)生的TERT啟動(dòng)子突變也高頻率地發(fā)生在膀胱癌和腦膠質(zhì)細(xì)胞瘤中。