[發明專利]測序免疫組庫的方法

有效

• 申請號: 201480016198.0
• 申請日: 2014-03-14
• 公開（公告）號: CN105189748B
• 公開（公告）日: 2021-06-08
• 發明（設計）人: 愛德華·A·哈欽斯;海-姆·克里斯蒂娜·范
• 申請（專利權）人: 血統生物科學公司
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12Q1/6874;C12Q1/6881
• 代理公司: 上海勝康律師事務所 31263
• 代理人: 樊英如;李獻忠

本發明提供一種用于在含有多個不同的細胞群的生物樣品中免疫組庫的檢測和定量的非侵入性技術。方法使用測序技術來執行以檢測和列舉異種生物樣品中的免疫組庫。

相關申請

本申請要求于2013年3月28日提交的美國臨時申請No.61/806143和2013年3月15日提交的美國臨時申請No.61/801785的權益和優先權，其全部內容通過引用并入本文。

技術領域

本發明涉及定量核酸分析領域。更具體地，本發明提供了使用高通量測序確定免疫組庫的方法。

背景技術

適應性免疫反應的特征是產生廣泛多樣性的結合分子的能力，如：T細胞抗原受體和抗體。各種分子機制可以用來產生最初的多樣性，包括在多個位點的基因重組。初始(naive)B細胞和初始T細胞裝備有結合部分的初始組庫，它們在能與抗原接觸的位置處循環。在暴露于抗原時，可以進行陽性選擇處理，其中表達具有所期望的結合性質的免疫受體的細胞被擴增，并且可經歷進一步的序列修飾，例如體細胞突變，以及額外的重組。還可以進行陰性選擇處理，使其中表達具有不期望的結合性質(例如，自反應性)的免疫受體的細胞缺失。作為這些選擇處理的結果，個體樣品中具有結合特異性的組庫可以提供過去的抗原暴露的歷史，以及作為固有組庫能力和限制的信息。

感興趣的適應性免疫受體包括免疫球蛋白或抗體。這個組庫是高度適應性的并可被引導以產生具有廣泛的化學多樣性和高選擇性的抗體。對可獲得的潛在多樣性以及這種多樣性是如何產生的機理方面的問題還存在很好的認識。抗體由兩種類型的鏈(重鏈和輕鏈)組成，每種類型都包含高度多樣化的抗原結合結構域(可變)。抗體重鏈可變區基因的V、D和J基因片段通過一系列的重組事件以產生新的重鏈基因。抗體通過基因區段的重組，在這些片段的連接處序列多樣化以及在整個基因點突變的混合來形成。對機制進行了綜述，例如在Mzizels(2005)Annu.Revu.Genet.39：23-46；Jones和Gellert(2004)Immunol.Rev.200：233-248；Winter和Gearhart(1998)Immunol.Rev.162：89-96中。

另一種感興趣的適應性免疫受體是T細胞抗原受體(TCR)，其是兩個鏈的異源二聚體，其中每一個鏈是免疫球蛋白超家族的成員，具有N-末端可變(V)結構域和C端恒定結構域。TCR的α鏈和β鏈的可變結構域具有三個高可變或互補決定區(CDR)。β鏈具有通常不接觸抗原的高可變性(HV4)的額外區域。用于產生TCR的多樣性的工藝類似于針對免疫球蛋白所描述的工藝。TCRα鏈通過VJ重組產生，而β鏈由V(D)J重組產生的。同樣地，TCRγ鏈的產生涉及VJ重組，而TCRδ鏈的產生通過V(D)J重組而發生。這些特定區域(α或γ鏈的V和J，β鏈或δ鏈的V D和J)的交叉點對應于CDR3區，CDR3區對抗原MHC識別是重要的。它是在這個區域中的段的以及回文結構的和無規的N-和P-核苷酸添加獨特的組合，其導致TCR結合組庫。

雖然參考了結合特異性，以及實際上大量血清學分析基于抗原和受體之間的物理相互作用，但多樣性的潛在原因在于由淋巴細胞表達的基因序列，該序列反映已經施于細胞的重組、變異和選擇的無數進程。

精確確定個體或來自個體的感興趣的樣品的免疫受體組庫的方法對預后、診斷和表征均具有極大的意義。

發明內容