[發明專利]固體支持物上的樣品制備

有效

• 申請號: 201480004440.2
• 申請日: 2014-01-08
• 公開（公告）號: CN104968805B
• 公開（公告）日: 2017-03-15
• 發明（設計）人: 尼爾·安東尼·葛姆雷;杰弗里·保羅·史密斯
• 申請（專利權）人: 伊魯米納劍橋有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司11262
• 代理人: 劉小立,鄭霞

1.一種制備加標簽的DNA片段的固定的文庫的方法，所述方法包括：

(a)提供具有轉座體復合物固定于其上的固體支持物，其中所述轉座體復合物包含結合至第一多核苷酸的轉座酶，所述第一多核苷酸包含

(i)3’部分，所述3’部分包含轉座子末端序列，以及

(ii)第一標簽，所述第一標簽包含第一標簽域；

(b)在靶DNA藉以被所述轉座體復合物片段化，并且所述第一多核苷酸的3'轉座子末端序列藉以轉移至所述片段的至少一條鏈的5'末端的條件下，將所述靶DNA施加于所述固體支持物；從而產生雙鏈片段的固定的文庫，其中至少一條鏈是用所述第一標簽在5'-加標簽的。

2.根據權利要求1所述的方法，其中所述第一多核苷酸被固定至所述固體支持物。

3.根據權利要求1所述的方法，其中所述轉座體復合物包含第二多核苷酸，所述第二多核苷酸包含與所述轉座子末端序列互補的區域。

4.根據權利要求1所述的方法，所述方法還包括洗滌所述固體支持物以移除任何未結合的核酸。

5.根據權利要求1所述的方法，其中所述轉座體復合物以至少10³、10⁴、10⁵、10⁶個復合物每mm²的密度存在于所述固體支持物上。

6.根據權利要求1所述的方法，其中所述轉座體復合物包含超活性Tn5轉座酶。

7.根據權利要求1所述的方法，其中所述固定的文庫中的所述雙鏈片段的長度通過增加或減少存在于所述固體支持物上的轉座體復合物的密度來調整。

8.根據權利要求1所述的方法，其中存在于所述固體支持物上的至少50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％的所述標簽包含相同的標簽域。

9.根據權利要求1所述的方法，所述方法還包括：

(c)提供溶液中的轉座體復合物，并在所述靶DNA藉以被轉座體復合物溶液片段化的條件下使所述轉座體復合物與所述固定的片段接觸；從而獲得具有一個末端在溶液中的固定的核酸片段。

10.根據權利要求9所述的方法，其中所述溶液中的轉座體復合物包含第二標簽，從而產生具有第二標簽在溶液中的固定的核酸片段。

11.根據權利要求10所述的方法，其中所述第一標簽和所述第二標簽是不同的。

12.根據權利要求9所述的方法，其中溶液中的至少50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％的所述轉座體復合物包含第二標簽，所述第二標簽包含第二標簽域。

13.根據權利要求9所述的方法，所述方法還包括通過提供聚合酶和對應于所述第一多核苷酸的部分的擴增引物來擴增所述固體表面上的所述片段。

14.根據權利要求1所述的方法，其中所述標簽域包含用于簇擴增的區域。

15.根據權利要求1所述的方法，其中所述標簽域包含用于引發測序反應的區域。

16.根據權利要求1所述的方法，其中所述固體支持物包括微粒。

17.根據權利要求1所述的方法，其中所述固體支持物包括模式化的表面。

18.根據權利要求1所述的方法，其中所述固體支持物包括孔。

19.根據權利要求1所述的方法，所述方法還包括將嵌入染料施加于所述固定的片段的至少一部分以獲得染色的固定的片段的組；并獲得所述染色的固定的片段的圖像。

20.根據權利要求1所述的方法，其中施加靶DNA包括將生物樣品添加至所述固體支持物。

21.根據權利要求20所述的方法，其中所述生物樣品包括細胞裂解物。

22.根據權利要求20所述的方法，其中所述生物樣品包括全細胞。