[發(fā)明專利]一種心肌病基因數(shù)據(jù)處理方法及裝置

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201410827322.3
• 申請日: 2014-12-25
• 公開（公告）號: CN104573404B
• 公開（公告）日: 2018-05-04
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 周豐豐;孫國權(quán);麥國琴
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳先進(jìn)技術(shù)研究院
• 主分類號: G06F19/10
• 分類號: G06F19/10
• 代理公司: 廣州三環(huán)專利商標(biāo)代理有限公司44202
• 代理人: 郝傳鑫,熊永強(qiáng)

1.一種心肌病基因數(shù)據(jù)處理方法，其特征在于，包括：

獲取樣本基因表達(dá)譜，所述樣本基因表達(dá)譜包括缺血性心肌病患者、特發(fā)性心肌病患者以及非心肌病患者的基因表達(dá)譜；

對所述樣本基因表達(dá)譜進(jìn)行分析，以獲取對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)，各個所述基因數(shù)據(jù)包括若干基因的基因表達(dá)量；

獲取預(yù)先設(shè)定的篩選算法；

通過所述篩選算法，在包括非心肌病患者的基因表達(dá)譜的樣本基因表達(dá)譜對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)中篩選出第一共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)；

通過所述篩選算法，在包括缺血性心肌病患者的基因表達(dá)譜的樣本基因表達(dá)譜對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)中篩選出第二共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)；

通過所述篩選算法，在包括特發(fā)性心肌病患者的基因表達(dá)譜的樣本基因表達(dá)譜對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)中篩選出第三共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)；

確定所述第二共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)和第三共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)為所述心肌病生物標(biāo)志物；

所述獲取樣本基因表達(dá)譜包括：

通過平臺GPL96，從高通量基因表達(dá)GEO數(shù)據(jù)庫中獲取數(shù)據(jù)集GSE5406；

所述對所述樣本基因表達(dá)譜進(jìn)行分析，以獲取對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)包括：

對所述數(shù)據(jù)集中的樣本基因表達(dá)譜，進(jìn)行魯棒的多芯片平均RMA標(biāo)準(zhǔn)化處理，以獲取對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)是通過以下篩選算法篩選得出的：

max(T(i,j))-min(T(i,j))＜δ；

其中，T(i,j)＝X(i,k)/X(j,k)，k＝1，2…N，N表示所述樣本基因表達(dá)譜中為缺血性心肌病患者、特發(fā)性心肌病患者或者非心肌病患者的基因表達(dá)譜的數(shù)量，X(i,k)表示基因i的第k個樣本的基因表達(dá)量，X(j,k)表示基因j的第k個樣本的基因表達(dá)量，δ表示基因i和基因j的近似程度。

3.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，還包括：

在所述基因數(shù)據(jù)中獲取關(guān)于心臟肌肉收縮和心肌病的基因數(shù)據(jù)；

在所述共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)中，獲取包括所述關(guān)于心臟肌肉收縮和心肌病的基因數(shù)據(jù)的共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)。

4.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，還包括：

在所述基因數(shù)據(jù)中獲取關(guān)于生物代謝過程的基因數(shù)據(jù)；

在所述共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)中，獲取包括所述關(guān)于生物代謝過程的基因數(shù)據(jù)的共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)。

5.一種心肌病基因數(shù)據(jù)處理裝置，其特征在于，包括：

第一獲取單元，用于獲取樣本基因表達(dá)譜，所述樣本基因表達(dá)譜包括缺血性心肌病患者、特發(fā)性心肌病患者以及非心肌病患者的基因表達(dá)譜；

分析單元，用于對所述樣本基因表達(dá)譜進(jìn)行分析，以獲取對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)，各個所述基因數(shù)據(jù)包括若干基因的基因表達(dá)量；

第二獲取單元，用于獲取預(yù)先設(shè)定的篩選算法；

篩選單元，用于通過所述篩選算法，在包括非心肌病患者的基因表達(dá)譜的樣本基因表達(dá)譜對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)中篩選出第一共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)；

所述篩選單元，還用于通過所述篩選算法，在包括缺血性心肌病患者的基因表達(dá)譜的樣本基因表達(dá)譜對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)中篩選出第二共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)；

所述篩選單元，還用于通過所述篩選算法，在包括特發(fā)性心肌病患者的基因表達(dá)譜的樣本基因表達(dá)譜對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)中篩選出第三共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)；

確定單元，用于確定所述第二共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)和第三共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)為所述心肌病生物標(biāo)志物；

所述第一獲取單元，用于通過平臺GPL96，從高通量基因表達(dá)GEO數(shù)據(jù)庫中獲取數(shù)據(jù)集GSE5406；

所述分析單元，用于對所述數(shù)據(jù)集中的樣本基因表達(dá)譜，進(jìn)行魯棒的多芯片平均RMA標(biāo)準(zhǔn)化處理，以獲取對應(yīng)的基因數(shù)據(jù)。

6.如權(quán)利要求5所述的裝置，其特征在于，所述共表達(dá)基因?qū)?shù)據(jù)是通過以下篩選算法篩選得出的：

max(T(i,j))-min(T(i,j))＜δ；

其中，T(i,j)＝X(i,k)/X(j,k)，k＝1，2…N，N表示所述樣本基因表達(dá)譜中為缺血性心肌病患者、特發(fā)性心肌病患者或者非心肌病患者的基因表達(dá)譜的數(shù)量，X(i,k)表示基因i的第k個樣本的基因表達(dá)量，X(j,k)表示基因j的第k個樣本的基因表達(dá)量，δ表示基因i和基因j的近似程度。