[發(fā)明專利]確定探針集的方法、試劑盒及其用途

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201410817092.2
• 申請(qǐng)日: 2014-12-24
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN105787294B
• 公開(kāi)（公告）日: 2018-09-14
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 周欣;劉山林;王欣;張浩;李振宇
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 深圳華大生命科學(xué)研究院
• 主分類號(hào): G06F19/20
• 分類號(hào): G06F19/20;C12Q1/68
• 代理公司: 北京清亦華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

1.一種確定探針集的方法，所述探針集包含多個(gè)探針，其特征在于，所述方法包括，

獲取DNA序列集，所述DNA序列集包含多條長(zhǎng)度為K₀的DNA序列，獲取所述DNA序列集包括，

從長(zhǎng)度為L(zhǎng)的參考序列的一端的第i個(gè)核苷酸開(kāi)始，沿另一端方向拷貝所述參考序列的K₀個(gè)連續(xù)核苷酸為一條DNA序列，i依次取{1，2，…，(L-K₀)，(L-K₀+1)}中的數(shù)值；

篩選所述DNA序列集，以獲得所述探針，其中包括，過(guò)濾掉與所述參考序列的匹配位置個(gè)數(shù)大于1的DNA序列；其中，

L＞K₀，200nt≥K₀≥50nt；

其中篩選所述DNA序列集還包括，計(jì)算過(guò)濾后的各條DNA序列的長(zhǎng)度為K₁的單元序列的頻數(shù)，過(guò)濾掉頻數(shù)超出預(yù)定范圍的DNA序列，

所述預(yù)定范圍是依據(jù)參考序列的單元序列的頻數(shù)的中位數(shù)來(lái)確定的，所述參考序列的單元序列的頻數(shù)中位數(shù)通過(guò)以下確定，

將所述參考序列拆分成多個(gè)長(zhǎng)度為K₁的單元序列，所述單元序列通過(guò)以下獲得，

從長(zhǎng)度為L(zhǎng)的參考序列的一端的第j個(gè)核苷酸開(kāi)始，沿另一端方向拷貝所述參考序列的K₁個(gè)連續(xù)核苷酸為一條單元序列，j依次取{1，2，…，(L-K₁)，(L-K₁+1)}中的數(shù)值，

依據(jù)序列相同的單元序列分到相同的組，對(duì)所述單元序列進(jìn)行分組，獲得q個(gè)單元序列組，將單元序列組r包含的單元序列的個(gè)數(shù)表示為A_r，A_r為所述參考序列對(duì)單元序列組r中的單元序列的頻數(shù)，

取{A₁，A₂，…，A_q}中的中位數(shù)為所述參考序列的單元序列的頻數(shù)中位數(shù)，其中，

4*K₁≤K₀，r為單元序列組的編號(hào)，1≤r≤q，q≤L-K₁+1，A_r≥1。

2.權(quán)利要求1的方法，其特征在于，所述參考序列為線粒體參考序列。

3.權(quán)利要求1的方法，其特征在于，所述參考序列為多個(gè)物種的線粒體參考序列，所述物種為昆蟲(chóng)。

4.權(quán)利要求1的方法，其特征在于，所述DNA序列的單元序列的頻數(shù)＝匹配到該DNA序列的單元序列的數(shù)目/包含匹配到該DNA序列的單元序列的單元序列組的個(gè)數(shù)。

5.權(quán)利要求1的方法，其特征在于，所述預(yù)定范圍為0.8-1.2倍的所述參考序列的單元序列的頻數(shù)中位數(shù)。

6.權(quán)利要求1的方法，其特征在于，篩選所述DNA序列集還包括，

將所述參考序列劃分成不連接的大小為m的窗口，相鄰窗口間距為n，

將過(guò)濾后的DNA序列與所述參考序列比對(duì)，獲得各個(gè)窗口的比對(duì)結(jié)果，

當(dāng)一個(gè)窗口的比對(duì)結(jié)果包含的DNA序列數(shù)目大于等于1且包含的DNA序列中至少有一條的GC含量為40％～60％時(shí)，選擇其中的GC含量為40％～60％的一條DNA序列，剔除該窗口比對(duì)結(jié)果包含的其它DNA序列，

當(dāng)一個(gè)窗口的比對(duì)結(jié)果包含的DNA序列數(shù)目大于等于1且不包含GC含量為40％～60％的DNA序列時(shí)，選擇其中的GC含量最接近60％的一條DNA序列并且拷貝該條DNA序列一次，剔除該窗口比對(duì)結(jié)果包含的其它DNA序列，其中，K₀+10≥m+n≥K₀，m≥n。

7.權(quán)利要求6的方法，其特征在于，還包括，

反轉(zhuǎn)錄篩選后的DNA序列，獲得RNA序列。

8.一種試劑盒，其包括探針集，所述探針集能夠特異性識(shí)別線粒體DNA，所述探針集利用權(quán)利要求1-7任一方法確定。

9.權(quán)利要求8的試劑盒在獲取線粒體DNA中的用途。

10.一種確定物種豐度的方法，其特征在于，包括，

(1)獲得多個(gè)物種的混合線粒體DNA的測(cè)序數(shù)據(jù)，其中包括，利用權(quán)利要求8的試劑盒捕獲多個(gè)物種混合核酸中的混合線粒體DNA，所述測(cè)序數(shù)據(jù)包括多個(gè)讀段；

(2)將所述測(cè)序數(shù)據(jù)與各個(gè)所述物種的線粒體參考序列比對(duì)，獲得各個(gè)物種的比對(duì)結(jié)果；

(3)基于所述物種的比對(duì)結(jié)果中的讀段數(shù)目，確定該物種的豐度。