[發(fā)明專利]確定探針集的方法、試劑盒及其用途

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201410817092.2
• 申請(qǐng)日: 2014-12-24
• 公開（公告）號(hào): CN105787294B
• 公開（公告）日: 2018-09-14
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 周欣;劉山林;王欣;張浩;李振宇
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 深圳華大生命科學(xué)研究院
• 主分類號(hào): G06F19/20
• 分類號(hào): G06F19/20;C12Q1/68
• 代理公司: 北京清亦華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

本發(fā)明公開一種確定探針集的方法，所述探針集包含多個(gè)探針，所述方法包括：獲取DNA序列集，所述DNA序列集包含多條長度為K₀的DNA序列，獲取所述DNA序列集包括，從長度為L的參考序列的一端的第i個(gè)核苷酸開始，沿另一端方向拷貝所述參考序列的K₀個(gè)連續(xù)核苷酸為一條DNA序列，i依次取{1，2，…，(L?K₀)，(L?K₀+1)}中的數(shù)值；篩選所述DNA序列集，以獲得所述探針，其中包括，過濾掉與所述參考序列的匹配位置個(gè)數(shù)大于2的DNA序列；其中，200nt≥K₀≥50nt。本發(fā)明還公開一種試劑盒、該試劑盒的用途以及一種確定物種豐度的方法。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，具體的，本發(fā)明涉及一種確定探針集的方法、一種試劑盒、試劑盒的用途以及一種確定物種豐度的方法。

背景技術(shù)

特定環(huán)境中的生物多樣性狀況是了解該生態(tài)環(huán)境健康程度及可持續(xù)發(fā)展能力的重要參考，也是解決管理過程中出現(xiàn)的問題的重要依據(jù)[1-3]。時(shí)至今日，迅速發(fā)展起來的第二代測序平臺(tái)越來越多的應(yīng)用到包括節(jié)肢動(dòng)物、線蟲等各種類群[4-9]及環(huán)境DNA中植物、真菌和蚯蚓的生物多樣性研究中[10-12]。此類研究多利用基于PCR產(chǎn)物測序的技術(shù)，此技術(shù)有著難以克服的缺點(diǎn)，即物種偏向性[7，13]。

線粒體因其獨(dú)特的系統(tǒng)發(fā)育歷史常被用作系統(tǒng)發(fā)育研究的重要分子標(biāo)記物。近期，許多研究為了進(jìn)行物種劃分和系統(tǒng)發(fā)育推演，都致力于利用全基因鳥槍法構(gòu)建線粒體基因文庫[14-17]。理論上，此方法與傳統(tǒng)的疊瓦式PCR或大片段PCR相比，效率更高且對(duì)DNA質(zhì)量要求更低[18]，但是離心技術(shù)難以回收線粒體基因?qū)е麓罅繙y序數(shù)據(jù)的浪費(fèi)(利用率僅0.5％)束縛了此技術(shù)的推廣。因此，探索新理論、開發(fā)新技術(shù)以針對(duì)性地富集線粒體基因組可以加速推廣以生物多樣性為基礎(chǔ)生物監(jiān)測的應(yīng)用。

人工合成的寡核苷酸探針對(duì)DNA進(jìn)行雜交捕獲的技術(shù)廣泛應(yīng)用于分子生物學(xué)、分子遺傳學(xué)及臨床醫(yī)學(xué)等研究領(lǐng)域，進(jìn)行基因診斷及核酸的定性定量檢測。一般情況下，探針的雜交捕獲對(duì)象與探針設(shè)計(jì)時(shí)使用的參考數(shù)據(jù)庫物種是統(tǒng)一的，同時(shí)還可根據(jù)不同目的進(jìn)行調(diào)整，如人外顯子捕獲[19]等，但也有研究者利用探針捕獲非設(shè)計(jì)來源物種的DNA，有研究表明人類外顯子捕獲芯片對(duì)非人靈長目外顯子的部落效率高達(dá)約95％[20]。也有報(bào)道稱在高度分化的物種間可捕獲保守的直系同源基因，但捕獲效率較低[21，22]。雜交捕獲在生物多樣性研究中的應(yīng)用受到限制主要由于探針效率低及缺少對(duì)異源序列捕獲條件的摸索。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明旨在至少一定程度解決上述問題之一或者至少提供一種商業(yè)選擇。