[發(fā)明專利]用于檢測罕見序列變體的組合物和方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201410765164.3
• 申請日: 2014-12-11
• 公開（公告）號: CN104946737B
• 公開（公告）日: 2019-02-22
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 林盛榕;孫朝輝;趙奇志;鄧凌鋒
• 申請（專利權(quán)）人: 安可濟(jì)控股有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12N15/10;C12M1/34
• 代理公司: 北京安信方達(dá)知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11262
• 代理人: 鄭霞

1.一種鑒定包含多個多核苷酸的核酸樣品中的序列變體的方法，所述多個多核苷酸中的每個多核苷酸具有5’末端和3’末端，該方法包括：

(a)將所述多個多核苷酸中的單獨(dú)多核苷酸進(jìn)行環(huán)化形成多個環(huán)狀多核苷酸，其中每個環(huán)狀多核苷酸在5’末端與3’末端之間具有接點(diǎn)；

(b)擴(kuò)增(a)的環(huán)狀多核苷酸；

(c)對擴(kuò)增的多核苷酸進(jìn)行測序以生成多個測序讀取；

(d)將測序讀取與參考序列進(jìn)行比對以鑒定它們之間的序列差異；以及

(e)僅在相對于同一參考序列的序列差異存在于至少兩個具有不同接點(diǎn)的環(huán)狀多核苷酸時將所述序列差異判定為序列變體。

2.一種鑒定序列變體的方法，該方法包括：將測序讀取與參考序列進(jìn)行比對以鑒定它們之間的序列差異，以及僅在相對于同一參考序列的序列差異存在于至少兩個具有不同接點(diǎn)的包含相同靶序列的環(huán)狀多核苷酸時將所述序列差異判定為序列變體，其中：

(a)所述測序讀取對應(yīng)于所述至少兩個環(huán)狀多核苷酸的擴(kuò)增產(chǎn)物；且

(b)所述至少兩個環(huán)狀多核苷酸中的每一個包含通過連接相應(yīng)多核苷酸的5’末端和3’末端而形成的不同的接點(diǎn)。

3.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述多個多核苷酸是單鏈的。

4.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中環(huán)化是通過將所述多個多核苷酸進(jìn)行連接反應(yīng)而實(shí)現(xiàn)的。

5.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中單獨(dú)的環(huán)狀多核苷酸具有在環(huán)化的多核苷酸中獨(dú)特的接點(diǎn)。

6.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述序列變體是單核苷酸多態(tài)性。

7.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述參考序列是通過將測序讀取彼此進(jìn)行比對而形成的共有序列。

8.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述參考序列是已知的參考序列。

9.如權(quán)利要求1所述的方法，其中環(huán)化包括將銜接子多核苷酸連接到所述多個多核苷酸中的多核苷酸的5’末端、3’末端或5’末端和3’末端兩者的步驟。

10.如權(quán)利要求1所述的方法，其中擴(kuò)增通過使用具有鏈置換活性的聚合酶而實(shí)現(xiàn)。

11.如權(quán)利要求1所述的方法，其中擴(kuò)增包括將所述環(huán)狀多核苷酸置于含有隨機(jī)引物的擴(kuò)增反應(yīng)混合物中。

12.如權(quán)利要求1所述的方法，其中擴(kuò)增包括將所述環(huán)狀多核苷酸置于含有一種或多種引物的擴(kuò)增反應(yīng)混合物中，其中每一種引物通過序列互補(bǔ)性與不同的靶序列特異性地雜交。

13.如權(quán)利要求11或12所述的方法，其中不進(jìn)行富集而對所述擴(kuò)增的多核苷酸進(jìn)行測序步驟。

14.如權(quán)利要求11或12所述的方法，其進(jìn)一步包括通過在測序前進(jìn)行富集步驟而在所述擴(kuò)增的多核苷酸中富集一種或多種靶多核苷酸。

15.如權(quán)利要求14所述的方法，其中所述富集步驟包括使擴(kuò)增的多核苷酸與多個與基底附接的探針進(jìn)行雜交。