[發明專利]從福爾馬林固定石蠟包埋的組織樣品中檢測基因表達的方法

在審

• 申請號: 201410737231.0
• 申請日: 2014-12-05
• 公開（公告）號: CN105713963A
• 公開（公告）日: 2016-06-29
• 發明（設計）人: 茅矛;許青;趙偉潔
• 申請（專利權）人: 上海藥明康德新藥開發有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京商專永信知識產權代理事務所(普通合伙) 11400
• 代理人: 鄔玥;葛強

發明領域

本發明涉及檢測基因表達的方法，特別涉及從福爾馬林固定石蠟包埋的組織樣品 中快速檢測基因表達的方法。

背景技術

人類基因組DNA全序列數據的公布標志著生命科學發展已逐步進入基因組學時 代。隨著分子生物學的充分發展，以核酸為主要研究對象的分子生物學技術越來越廣 泛地被人類用于疾病診斷的領域，為疾病的預防、預測、診斷和治療提供信息和決策 依據。

福爾馬林固定石蠟包埋組織(formalinfixedandparaffinembeddedtissues，簡稱 FFPE)作為醫療機構最常用的保存病理組織的方法，是一個可靠的分子生物學研究的 材料來源。由于新鮮標本難以得到，為進行實體腫瘤分子生物學研究，對已有病例進 行回顧性研究時，只能從石蠟包埋組織中進行基因提取，因此石蠟包埋組織就成為來 源最豐富的珍貴資源。目前檢測FFPE樣品中的基因表達需要從FFPE樣品中分離出高 質量的RNA。但是，由于FFPE樣品中RNA已經部分降解了，并且往往與組蛋白緊 密交聯，因此想要提取其中的核酸信息相當有難度。目前常用的從FFPE樣品中提取 總RNA的方法耗時長，并且繁雜的純化步驟造成RNA樣品的大量損失，當樣品含量 有限時，則可能影響下游檢測的進行。因此，需要開發一種簡單，快速，準確的方法 從FFPE樣品中檢測基因的表達情況。

發明概述

本申請的一個方面特別涉及從福爾馬林固定石蠟包埋的組織樣品中快速檢測基因 表達的方法，包括：(a)將福爾馬林固定石蠟包埋的組織樣品用脫蠟液處理以獲得脫蠟 的組織樣品；(b)將所述脫蠟的組織樣品裂解以獲得組織樣品裂解液；和(c)直接檢測所 述裂解液中的基因表達。

在某些實施方式中，步驟(c)包括直接檢測所述裂解液中的所述基因的mRNA。

在某些實施方式中，步驟(c)包括：提供由報告探針和捕獲探針組成的探針對，其 中所述報告探針包含(1)與所述基因的mRNA雜交的第一核酸序列；(2)連接在所述第 一核酸序列上的熒光標記條形碼；其中所述捕獲探針包含(1)與所述基因的mRNA雜交 的第二核酸序列；(2)連接在所述第二核酸序列上的生物素；將所述探針對與所述基因 的mRNA雜交形成復合物；將所述復合物以延伸的狀態固定在具有親和素的基板上； 檢測熒光標記條形碼的信號計數。

在某些實施方式中，在步驟(c)中使用nCounter分析系統檢測所述裂解液的基因表 達。

在某些實施方式中，所述福爾馬林固定石蠟包埋的組織樣品為微量組織樣品。在某 些實施例中，所述福爾馬林固定石蠟包埋的組織樣品為細針穿刺活檢樣品。在某些實 施例中，所述福爾馬林固定石蠟包埋的樣品的體積大于0.75×10^-2mm³。在某些實施例 中，所述福爾馬林固定石蠟包埋的樣品的體積大于1.5×10^-2mm³。在某些實施例中，所 述福爾馬林固定石蠟包埋的樣品的體積大于3×10^-2mm³。在某些實施例中，所述福爾 馬林固定石蠟包埋的樣品的體積大于6×10^-2mm³。在某些實施例中，所述福爾馬林固 定石蠟包埋的樣品的體積大于12×10^-2mm³。

在某些實施方式中，所述脫蠟液包含二甲苯。

在某些實施方式中，在步驟(b)中使用蛋白酶k將所述脫蠟的組織樣品裂解。

在某些實施方式中，將所述裂解液在步驟(c)之前用脫氧核酸酶處理。

在某些實施方式中，所述福爾馬林固定石蠟包埋的組織樣品是人組織樣品。在某些 實施方式中，所述人組織樣品是來源于病人的病理組織樣品。在某些實施方式中，所 述病理組織樣品是腫瘤組織樣品。在某些實施方式中，所述腫瘤組織來源于選自下組 的腫瘤：小細胞或非小細胞性肺癌、胃癌、腸癌、食道癌、結腸直腸癌、前列腺癌、 卵巢癌、乳腺癌、腦癌、泌尿道癌、腎癌、膀胱癌、惡性黑素瘤、肝癌、子宮癌、胰 腺癌、骨髓瘤癌、子宮內膜癌、頭頸癌、小兒腫瘤、肉瘤。

在某些實施方式中，所述基因為ALK。

附圖的簡要說明