[發明專利]控制黃瓜無卷須性狀的基因及與黃瓜卷須性狀相關的SNP標記

在審

• 申請號: 201410642693.4
• 申請日: 2014-11-07
• 公開（公告）號: CN104672315A
• 公開（公告）日: 2015-06-03
• 發明（設計）人: 黃三文;王深浩;張忠華;楊學勇;邵光金;齊建建
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院蔬菜花卉研究所
• 主分類號: C07K14/415
• 分類號: C07K14/415;C12N15/29;C12N15/82;C12Q1/68;C12N15/11;C12N1/15;C12N1/19;C12N1/21;A01H5/00
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君

技術領域

本發明涉及基因工程及分子生物學領域，具體地說，涉及控制黃瓜無卷須性狀的基因Csa5G64452及與黃瓜卷須性狀相關的SNP標記。

背景技術

無卷須是黃瓜的重要株型性狀。幾乎所有的黃瓜資源和品種都具有卷須性狀，在來源于西雙版納地區的黃瓜品種中發現一份罕見的無卷須的黃瓜資源，該黃瓜資源沒有卷須。卷須是黃瓜的攀援器官，但在人工栽培條件下通過支架和綁蔓，卷須已經失去它應有的作用，變為無用器官。但卷須作為一個器官仍然存在于植株上，幾乎節節都會發生，卷須攀援消耗大量的養分，并且卷須會與同節位雌花強烈地競爭養分。在黃瓜的大田生產中，為實現高產，經常需要打掉卷須，花費大量的人力物力。因此培養無卷須黃瓜成為黃瓜株型育種改良的新方向。

分子育種，即分子標記輔助選擇育種，是指利用DNA分子標記對育種材料進行選擇，綜合改良作物的重要經濟性狀，是傳統遺傳育種與現代分子生物學有機結合的育種方法。分子育種為農作物育種開辟了一條新的途徑，隨著現代生物技術的發展，分子標記在農作物育種中的作用將日益突出。在黃瓜育種中，人們希望選擇與黃瓜卷須性狀密切相關的DNA標記，以實現早期選種和提高育種準確性的目標，從而加快遺傳育種進程。

傳統的遺傳學表明，黃瓜無卷須性狀由一對隱性基因控制，但關于黃瓜無卷須性狀的遺傳定位和分子機制還不清楚，導致相關的分子育種工作進展緩慢。

發明內容

本發明的目的是提供控制黃瓜無卷須性狀的基因Csa5G64452。

本發明的另一目的是提供與黃瓜卷須性狀相關的SNP標記及其應用。

本發明的再一目的是提供用于檢測所述與黃瓜卷須性狀相關的SNP標記的引物對及含有該引物對的試劑盒。

為了實現本發明目的，本發明首先提供一種黃瓜Csa5G644520蛋白，其氨基酸序列如SEQ?ID?No.1所示，或該序列經替換、缺失或添加一個或幾個氨基酸形成的具有同等功能的氨基酸序列。

本發明還提供控制黃瓜無卷須性狀的，且編碼所述Csa5G644520蛋白的基因Csa5G64452，其核苷酸序列如SEQ?ID?No.2所示，或在嚴格條件下與Seq?ID?No.2所示序列雜交的核苷酸序列。所述嚴格條件為在含0.1％SDS的0.1×SSPE或含0.1％SDS的0.1×SSC溶液中，在65℃下雜交，并用該溶液洗膜。

本發明還提供含有基因Csa5G64452的載體。

本發明還提供含有基因Csa5G64452的轉基因細胞系。

本發明還提供含有基因Csa5G64452的工程菌。

本發明還提供基因Csa5G64452在控制黃瓜無卷須性狀中的應用。

進一步地，本發明提供一種與黃瓜卷須性狀相關的SNP標記，其位于如Seq?ID?No.2所示的控制黃瓜卷須發育的基因Csa5G644520第1012bp處，此處堿基為T的黃瓜表現為無卷須性狀，而此處堿基為A的黃瓜表現為有卷須性狀。

本發明還提供用于檢測上述與黃瓜卷須性狀相關的SNP標記的特異性引物對，包括正向引物F?5’-AATAATATCATTGGGATCATGTGG-3’和反向引物R?5’-TTGGAAGCTGGAAAATAGAAAATAT-3’。

本發明還提供一種鑒定有無卷須性狀的黃瓜品種的方法，包括以下步驟：1)提取待測黃瓜的基因組DNA；2)以待測黃瓜的基因組DNA為模板，利用上述引物F和R，進行PCR擴增反應；

PCR擴增體系以20μl計為：10-20ng/μl模板DNA?1μl，10pmol/μl引物F和R各1μl，10mmol/L?dNTP?mix?0.4μl，0.5U/μL?Taq?DNA聚合酶0.3μl，10×PCR反應緩沖液2μl，余量為水；

PCR反應條件為：94℃4分鐘；94℃20秒，55℃20秒，72℃30秒，35個循環；72℃5分鐘；

3)檢測PCR擴增產物，具體如下：