[發(fā)明專利]一種檢測奶牛乳腺組織lncRNA基因芯片的設計方法

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• 申請?zhí)枺?/td>: 201410629821.1
• 申請日: 2014-11-10
• 公開（公告）號: CN104561261A
• 公開（公告）日: 2015-04-29
• 發(fā)明（設計）人: 毛永江;朱小瑞;邢世宇;李銳;楊章平
• 申請（專利權）人: 揚州大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 南京鐘山專利代理有限公司 32252
• 代理人: 戴朝榮

1.一種檢測奶牛乳腺組織lncRNA基因芯片的設計方法，其特征在于：包括以下步驟：(1)以1頭正常泌乳奶牛和1頭患有乳房炎奶牛為樣本，取其乳腺組織，提取其總RNA，并混合；(2)混合后的總RNA去核糖體RNA，再去含polyA的RNA，以去除大部分coding序列；(3)得到的mRNA隨機打斷成為短片段，再以片斷后的mRNA為模板，合成cDNA第一鏈，再合成cDNA第二鏈，經過QiaQuick?PCR試劑盒純化并加EB緩沖液洗脫經末端修復、加堿基A，加測序接頭，然后降解第二條鏈；(4)然后進行片段大小選擇，進行PCR擴增，構建文庫；(5)最后建好的測序文庫用Illumina?HiSeqTM?2000進行測序；(6)然后獲取Clean?reads、Cufflinks重構轉錄本、non-coding?RNA庫注釋，和KEGG、NR、COG、SWISSPROT四個數(shù)據(jù)庫進行蛋白庫比對，過濾和去除mRNA，最后經CPC預測，得到所需要的Long?Chain?Non-Coding?RNA預測序列結果文件；(7)在此基礎上，根據(jù)牛編碼蛋白質的基因序列和lncRNA序列，開發(fā)并設計同時檢測奶牛乳腺組織lncRNA和mRNA的芯片。

2.如權利要求1所述的檢測奶牛乳腺組織lncRNA基因芯片的設計方法，其特征在于：步驟(3)中，以片斷后的mRNA為模板，用六堿基隨機引物合成cDNA第一鏈，并加入緩沖液、dNTPs、RNase?H和DNA?polymerase?I合成cDNA第二鏈。

3.如權利要求1所述的檢測奶牛乳腺組織lncRNA基因芯片的設計方法，其特征在于：步驟(3)中，通過UNG酶降解第二條鏈。

4.如權利要求1所述的檢測奶牛乳腺組織lncRNA基因芯片的設計方法，其特征在于：步驟(4)中，用瓊脂糖凝膠電泳進行片段大小選擇。