[發明專利]一種開發基因組SSR分子標記的方法

無效

• 申請號: 201410550682.3
• 申請日: 2014-10-16
• 公開（公告）號: CN104313146A
• 公開（公告）日: 2015-01-28
• 發明（設計）人: 劉宇婧;郭鈺;龍春林;吳沿友;付為國;邢德科;張川
• 申請（專利權）人: 江蘇大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 江蘇縱聯律師事務所 32253
• 代理人: 蔡棟

1.一種開發基因組SSR分子標記的方法，其特征在于：取兩個植物樣本即樣本A和樣本B，分別對樣本A和樣本B進行DNA建庫，得兩個對應的文庫A和文庫B；分別對文庫A和文庫B采用Illumina測序技術進行測序，然后進行微組裝，再從經過微組裝后得到的Contigs中尋找得樣本A的SSR和樣本B的SSR，篩選出樣本A和樣本B共有SSR即染色體位置相同且重復單元相同的SSR，利用所述的共有SSR對樣本A和樣本B進行多態性篩選，根據樣本A和樣本B的SSR重復次數不同判斷是否具有多態性，從而直接在數據分析的層面進行預篩選步驟，直接得到多態性的SSR，而不需要再進行繁瑣的實驗操作。

2.一種開發基因組SSR分子標記的方法，其特征在于所述多態性的判斷方法如下：當同一重復單元在兩個樣本中重復次數不一致時，則認為該SSR分子標記具有多態性，便可以進行引物設計并驗證其多態性；例如，AG重復單元在樣本A中重復了10次，AGAGAGAGAGAGAGAGAGAG，而在樣本B中重復了11次，AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG，我們認為該SSR分子標記具有多態性。