[發(fā)明專利]對在人類血清中指示人類肺組織的病理學狀態(tài)的蛋白質(zhì)的鑒定

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201410482100.2
• 申請日: 2008-09-11
• 公開（公告）號: CN104297490A
• 公開（公告）日: 2015-01-21
• 發(fā)明（設(shè)計）人: R·T·斯特里佩;E·伊茲比卡;S·H·貝克
• 申請（專利權(quán)）人: 癌癥預防和治療有限公司
• 主分類號: G01N33/68
• 分類號: G01N33/68;G01N30/88
• 代理公司: 上海專利商標事務(wù)所有限公司 31100
• 代理人: 余穎

1.鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學狀態(tài)的蛋白質(zhì)的方法，當與來自未患有所述病理學狀態(tài)的人類的血清中相同的所述蛋白質(zhì)的表達水平相比時，所述蛋白質(zhì)具有改變的表達水平，所述方法包括以下步驟：

第一獲得步驟，從不患有所述人類肺組織的所述病理學狀態(tài)的人類群體獲得大量人類血清；

第二獲得步驟，從患有哮喘的人類群體獲得大量人類血清；

第三獲得步驟，從患有非小細胞肺癌的人類群體獲得大量人類血清；

暴露步驟，將在所述第一獲得步驟、所述第二獲得步驟和所述第三獲得步驟中獲得的所述人類血清暴露于消化劑，所述消化劑將在所述人類血清中的所述蛋白質(zhì)裂解成可預測和定義的肽；

分離步驟，從所述人類血清分離所述肽；

使用液相色譜質(zhì)譜儀，將來自在所述第一獲得步驟、所述第二獲得步驟和所述第三獲得步驟中獲得的各個所述大量人類血清的所述肽進行分析，所述質(zhì)譜儀其中具有疏水性固定相的柱，以及流過所述柱的溶劑系統(tǒng)，所述溶劑系統(tǒng)分離所述肽，以及檢測機構(gòu)以產(chǎn)生質(zhì)譜讀數(shù)，所述質(zhì)譜讀數(shù)包括所述肽的質(zhì)量和測量隨著所述肽通過所述柱的時間階段的所述肽的所述強度的圖解說明；

第一比較步驟，將來自在所述第一獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)與來自在所述第二獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)進行比較；

第二比較步驟，將來自在所述第一獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)與來自在所述第三獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)進行比較；

第三比較步驟，將來自在所述第二獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)與來自在所述第三獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)進行比較；

選擇步驟，選擇在所述第一比較步驟、所述第二比較步驟和所述第三比較步驟中比較的所述質(zhì)譜讀數(shù)，其中所述質(zhì)譜讀數(shù)指示在以下之間相同的所述肽的基本上變化的所述強度：(a).患有所述哮喘的所述人類群體與不患有所述肺組織病的所述病理學狀態(tài)的所述人類群體；(b).患有所述非小細胞肺癌的所述人類群體與不患有所述肺組織病的所述病理學狀態(tài)的所述人類群體；和(c).患有所述哮喘的所述人類群體與患有所述非小細胞肺癌的所述人類的所述群體；

鑒定步驟，通過從在所述選擇步驟期間選擇的所述質(zhì)譜讀數(shù)獲得所述肽的特征，鑒定指示所述人類肺組織的所述病理學狀態(tài)的所述蛋白質(zhì)；和

其中所述人類肺組織的所述病理學狀態(tài)包括所述哮喘和所述非小細胞肺癌。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學狀態(tài)的蛋白質(zhì)的方法，其中所述消化劑為胰蛋白酶或其它內(nèi)切蛋白酶。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學狀態(tài)的蛋白質(zhì)的方法，其中所述鑒定步驟進一步包括以下步驟：

分析步驟，通過預定義的計算機程序分析在所述選擇步驟期間選擇的所述質(zhì)譜讀數(shù)，所述預定義的計算機程序?qū)⑺鲭牡乃鲑|(zhì)譜讀數(shù)與預鑒定的蛋白質(zhì)的質(zhì)譜讀數(shù)的至少一個文庫比較，并且將在所述質(zhì)譜讀數(shù)中的所述肽的所述質(zhì)量和所述強度與所述預鑒定的蛋白質(zhì)的質(zhì)量和強度匹配；和

獲得步驟，從所述預定義的計算機程序獲得作為結(jié)果的鑒定的蛋白質(zhì)。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學狀態(tài)的蛋白質(zhì)的方法，其中所述鑒定步驟進一步包括以下步驟：

運行步驟，通過預定義的計算機程序運行在所述分析步驟期間選擇的所述質(zhì)譜讀數(shù)，所述預定義的計算機程序?qū)⑺鲭牡乃鲑|(zhì)譜讀數(shù)與預鑒定的蛋白質(zhì)的質(zhì)譜讀數(shù)的至少一個文庫比較，并且將在所述質(zhì)譜讀數(shù)中的所述肽的所述質(zhì)量和所述強度與所述預鑒定的蛋白質(zhì)的候選物列表的質(zhì)量和強度匹配，所述候選物列表包括具有與所述肽的所述質(zhì)量和所述強度基本上類似的所述質(zhì)量和所述強度的大量所述預鑒定的蛋白質(zhì)；和

確定步驟，從所述候選物列表確定作為結(jié)果的鑒定的蛋白質(zhì)。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學狀態(tài)的蛋白質(zhì)的方法，其中所述確定步驟包括消除在所述候選物列表中不是所述得到的鑒定的蛋白質(zhì)的蛋白質(zhì)的步驟，包括以下步驟：

消除步驟，消除在所述候選物列表上的與所述肽的所述強度和質(zhì)量不是最基本上相似的所述蛋白質(zhì)的所述強度和所述質(zhì)量；和

選擇步驟，從所述候選物列表選擇與所述肽的所述強度和質(zhì)量最基本上相似的所述強度和所述質(zhì)量。